طراحی پرایمر برای PCR کمی و زمان واقعی برای کروناویروس در حال ظهور SARS-CoV-2

Primer design for quantitative real-time PCR for the emerging Coronavirus SARS-CoV-2

چکیده
مقدمه
چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
توالی مرجع و از بین رفتن پرایمرهای SARS-CoV-2
ضرورت طراحی یک توالی مرجع
ایجاد توالی مرجع
ضرورت طراحی پرایمرهای از بین رفته
طراحی پرایمرهای از بین رفته
تجزیه و تحلیل پرایمرهای و کاوشگرهای از قبل گزارش شده
مقایسه ژن های هدف: ژن E، ORF 1 ab و ژن N
بهبود حساسیت تست RT-qPCR
اصول کلی استراتژی طراحی پرایمر/کاوشگر
نتیجه گیری
منابع

چکیده
در دسامبر 2019، یک بیمار کروناویروس جدید (COVID-19) در ووهان چین شیوع پیدا کرد. سندرم کروناویروس-2 حاد تنفسی (SARS-CoV-2) که هفتمین کروناویروس شناخته شده عفونی انسان است، بسیار واگیر بوده و از زمان کشف آن به سرعت در سراسر جهان گسترش یافته است. تست کمی نوکلئیک اسید استانداردی طلایی برای تشخیص و هدایت تصمیمات بالینی با توجه به درمان ضدویروسی است. اگرچه آزمایشات RT-qPCR، SARS-CoV-2 را هدف قرار می دهند دارای چالش هایی نیز هستند، به ویژه در رابطه با طراحی پرایمر. پرایمرها اجزای کلیدی تست RT-qPCR هستند. وقتی جهش ویروسی و بازآرایی رخ می دهد، تشخیص موثر عفونت ویروسی از طریق پرایمرهای RT-qPC موجود دشوار است. برخی پرایمرها و کاوشگرها در وبسایت WHO برای مراجعه وجود دارند. با این وجودف هیچ بررسی سیستماتیکی در مقایسه با پرایمرها و کاوشگرهای گزارش شده از قبل وجود ندارد توضیحی وجود ندارد که پرایمرهای جدید در زمان شیوع آلودگی کرونایروس چطور طراحی می شوند. این مطالعه بر روش و عقلانی بودن نحوه طراحی کاوشگرها و پرایمرها تاکید دارد، و نشان می دهد که چطور حساسیت و اختصاصیت فرایند شناسایی می تواند بهبود پیدا کند. این مطالعه مروری مختصر برای تشخیص صحیح و درمان عفونت کروناویروس جدید مفید است.

چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
در حال حاضر، توالی های ژنی شش کروناویروس شناخته شده منتشر شده است (HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoVHKU1, HCoV-OC43,MERS-CoV, and SARS-CoV) و پرایمرها و کاوشگرها می توانند بر اساس اطلاعات ژنومی موجود طراحی شوند. وقتی یک کروناویروس ناشناخته به طور ناگهانی ظاهر می شود و نوع جدیدی از آلودگی مسری را سبب مب شود، چطور باید واکنش نشان دهیم؟ در چنین شرایطی، طراحی پرایمرهای موثر با اختصاصیت و حساسیت بالا می تواند ارزش بالایی در تشخیص، ردیابی و پیگیری داشته باشد. طراحی پرایمرهای SARS-CoV-2 و کاوشگرها و فرایند تجزیه و تحلیل گام به گام برای تشخیص درست ویروس در شکل 1 نشان داده شده است.

ژانگ و همکاران اولین افرادی بودند که تمام طول توالی ژنومی ویروس SARS-CoV-2 را تعیین کردند (18). در 26 دسامبر، شش روز بعد از وقوع بیماری، یک مرد 41 ساله با تب، سرفه خشک، درد و ضعف به بیمارستان مرکزی ووهان مراجعه کرد. مایع لاواژ برونکوآلوئولار (BALF) برای انجام توالی عمیق رونوشت برداری متا جمع-آوری شد. پرایمرهای مورد استفاده برای RT-qPCR بر اساس کل ژنوم کروناویروس WH-Human 1 طراحی شدند (MN908947). توالی های مرجع مفصل از RNA ویروسی (بانک ژن MN908947) در جدول 1 نشان داده شده است. توالی ژنومی عامل کروناویروس جدید از طریق سازمان جهانی برای به اشتراک گذاشتن همه داده-های آنفلوانزا (GISAID) (http://www. gisaid.org/) از 12 ژوئن 2020 منتشر شد (32). پس از آن تعدادی از سایر توالی های SARS-CoV-2 منتشر شدند. این توالی های یافت شده تقریباً همسان بوند (17).

در یکم ژانویه 2020، کورمان و همکاران، از همبستگی نزدیک بین SARS-CoV-2 و ژنوم های SARS کروناویروس برای تولید مصنوعی توالی 2019-nCoV و ایجاد یک فرایند تشخیص آزمایشگاهی در نبود ویروس جدا شده استفاده کردند (33). در 10 ژانویه 2020، چن و همکاران دو بیماری دارای تب، علائم تنفسی و ارتشاح ریوی در رادیوگرافی قفسه سینه را گزارش کردند که که بیمارستان دانشگاه هونگ کونگ-شنزن کار می کردند. پس از آن، بین 11م تا 15م ژانویه 2020، 5 عضو دیگر از خانواده بیمار برای ارزیابی بالینی به بیمارستان آورده شدند (19). اولین مجموعه از پرایمرها 344 bp از ژن RdRp را در همه کروناویروس های مرتبط با SARS را هدف قرار دادند. سپس، این نمونه های بالیمی مثبت توسط توالی های نانوحفره مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و مجموعه دوم پرایمرها از توالی ژنوم SARS-CoV-2 طراحی شدند و یک ناحیه 158 bp ژن درهم پیچیده (S) این کروناویروس جدید را هدف قرار می دهد (19). علاوه بر این، Won et al پرایمرهایی را بر اساس توالی اولین بیمار آلوده شده با SARS-CoV-2 در کره طراحی کردند (34.35). در 22 ژانویه 2020، توالی بارگیری شده و کروناویروس های سارس، کروناویروس های شبه سارس خفاش، و سایر کرونا ویروس های شاخص در میان اولین توالی عمومی موجود در بانک ژن (شماره ورودی: MN908947) ویرایش و مرتب شدند. دو ناحیه توالی (ORF1b و N) که در میان ساربوکروناویروس ها به شدت حفاظت شده هستند برای طراحی پرایمر و کاوشگر در این مطالعه توسط Chu et al. انتخاب شدند (14). در 14 فوریه 202، 95 توالی ژنومی کامل از سویه های SARS-CoV-2 از پایگاه داده NCBI و GISAID استخراج شدند و یک توالی مرجع منتشر شد. محققان دریافتند که تنوع کل در نواحی ORF پایین بود؛ 13 محل متنوع در نواحی 1a، 1b, S, 3a, M, 8 و N شناسایی شد، در میان این موقعیت ها nt28144 در ORF8 و nt8782 در ORF 1a به ترتیب نشاندهنده نرخ جهش 30.53% (29/95) و 29.47% (28/95) هستند (36). ممکن است جهش های انتخابی در SARS-CoV-2 وجود داشته باشد و لازم است تا از نواحی خاص در زمان طراحی پرایمر و کاوشگر اجتناب شود.

تشخیص مولکولی بهبود یافته کووید 19 با روش جدید، بسیار حساس و اختصاصی COVID-19-RdRp/Hel رونویسی معکوس-PCR در زمان واقعی که در شرایط آزمایشگاهی و با نمونه های بالینی تایید شده است

Improved Molecular Diagnosis of COVID-19 by the Novel, Highly Sensitive and Specific COVID-19-RdRp/Hel Real-Time Reverse Transcription-PCR Assay Validated In Vitro and with Clinical Specimens

چکیده
مواد و روش ها
نتایج
بحث
منابع

چکیده
در 31 دسامبر 2019، سازمان بهداشت جهانی از گروهی از موارد واگیردار ناشی از علل ناشناخته در ووهان چین باخبر شد. ارزیابی های بعدی یک کرونا ویروس جدید را شناسایی کردند که در حال حاضر بر اساس بیماران تحت تاثیر قرارگرفته، سندرم شدید حاد تنفسی کرونا ویروس 2 (SARS-CoV-2) نامگذاری شده است. تشخیص های به شدت حساس و خاص آزمایشگاهی برای کنترل سریع اپیدمی بیماری کرونا ویروس مرتبط با SARS-CoV-2 (COVID-19) حائز اهمیت هستند. در این مطالعه، ما عملکرد سه آزمایش جدید رونویسی معکوس در زمان واقعی-PCR (RT-PCR) را توسعه داده و مقایسه کردیم که هدف آن RNA پلیمراز وابسته به RNA، (RdRp)/helicase (Hel), spike (S) و ژن های نوکلئوکپسید (N) SARS-CoV-2 با موارد گزارش شده در آزمون RdRp-P2 بود که در بیش از 30 آزمایشگاه اروپا مورد استفاده قرار می گیرد. در میان این سه آزمایش جدید، تست COVID-19-RdRp/Hel دارای کمترین حد شناسایی در شرایط in vitro است (1.8 از 50% بافت کشت شده از دزهای آلوده شده [TCID50]/ml با RNA ژنومی و 11.2 واکنش/کپی از RNA در رونویسی in vitro در RNA). در میان 273 نمونه حاصل از 15 بیمار که در آزمایشگاه هونگ کونگ از نظر COVID-19 تایید شدند، 77 مورد (28.2%) آن ها از نظر تست COVID-19-RdRp/Hel و RdRp-P2 مثبت بودند. تست RdRp/Hel کووید19 برای 42 نمونه دیگر RdRp-P2-negative نیز مثبت بود (119/273 (43.6%) در مقابل 77/273 (28.2%)؛ P<0.001)، شامل 120/29 (24.2%) نمونه دستگاه تنفسی و 153/13 (8.5 %) نمونه های غیر از دستگاه تنفسی بوده است. میانگین حجم ویروس در این نمونه ها 3.21 ×104 رونوشت RNA/ml است ( در محدوده 2.21 ×102 تا 4.71 ×105 رونوشت RNA/ml). تست COVID-19-RdRp/Hel واکنش متقابلی با سایر کروناویروس های بیماری زای انسانی و عوامل بیماری زای تنفسی در کشت سلولی و نمونه های بالینی ندارد، در حالی که بین تست RdRp-P2 و SARS-CoV در کشت سلولی واکنش متقابل وجود دارد. تست به شدت حساس و خاص COVID-19-RdRp/Hel ممکن است به بهبود تشخیص آزمایشگاهی COVID-19 کمک کنند.

در 31 دسامبر 2019، سازمان بهداشت جهانی از گروهی از موارد واگیر یک بیماری ناشناخته در ووهان، استان هوبی در چین خبر داد (https://www.who.int/westernpacific/emergencies/covid-19). ارزیابی بعدی نشاندهنده یک کروناویروس جدید است که ارتباط نزدیکی با سندرم حاد تنفسی کرونا ویروس (SARS_CoV) در این بیماران دارد (1-3). این ویروس جدید اخیراً توسط گروه مطالعاتی کروناویروس در انجمن بین المللی رده بندی ویروس ها به نام سندرم حاد تنفسی کروناویروس 2 نامگذاری شده است (4). بیشتر بیماران مبتلا به آلودگی SARS-CoV-2 یا بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) علائمی از تب شدید، درد عضله، سرفه و شواهد رادیولوژی از کدر شدن زمینه شفاف شش خبر می دهند که قابل مقایسه با بیماری ذات الریه است (5-7). با این وجود، موارد بدون علامت یا علامت خفیف نیز گزارش شده است (2، 8-10). ارزیابی های اپیدمیولوژی اولیه نشان داد که بازار خرده فروشی غذاهای دریایی هونان در ووهان به عنوان یک منبع مکانی مرتبط بوده، اما ارزیابی اپیدمیولوژی مفصل بعدی نشان داد که بیش از 45% موارد اخیر با بروز علائم قبل از 1 ژانویه 2020 ارتباطی با این بازار نداشتند (5.11). انتقال فرد به فرد در میان تماس نزدیک خانواده و کارکنان بخش مراقبت بهداشتی، از جمله افرادی که سابقه سفر به ووهان را داشتند، گزارش شد (2، 7، 12، 13). در نتیجه خصوصیات بالینی و ارتباط اپیدمیولوژی با ووهان به تنهایی برای تشخیص COVID-19 قابل اتکا نیست.

مواد و روش ها
ویروس ها و نمونه های بالینی. SARS-CoV-2 از یک بیمار در هنگ کنگ گرفته شد که COVID-19 آن در آزمایشگاه تایید شد (22). جدایه ویروس با یک قطعه اضافی در سلول های VeroE6 تکثیر شد تا یک استوک کاری از ویروس ساخته شود ( 1.8 ×107 یعنی 50% کشت بافت دزهای آلوده [TCID50]/ml). برای ارزیابی اختصاصیت در شرایط in vitro، آرشیو ایزوله های کشت آزمایشگاهی (n=17) در سایر کروناویروس های بیماریزای انسان و ویروس های تنفسی مورد استفاده از دپارتمان میکروبیولوژی دانشگاه هنگ کنگ که پیشتر توضیح داده شده به دست آمدند (23). همه پروتکل های آزمایشگاهی شامل SARS-CoV-2 زنده، SARS-CoV و MERS-CoV بودند که از روش اجرای استاندارد تایید شده در سطح 3 امکانات امنیت زیستی پیروی می کنند که پیشتر توضیح داده شد (24.25). برای ارزیابی بالینی، تعداد 273 نمونه بالینی (120 مورد از دستگاه تنفسی و 153 مورد از غیر دستگاه تنفسی) از 15 بیمار جمع آوری شد که COVID-19 آن ها در آزمایشگاه هنگ کنگ تایید شد که تست نمونه های آسپیرات/سواب، نازوفارنکس، سواب های گلو، و یا نمونه های خلط آن ها برای SARS-CoV-2 RNA از طریق آزمایش RdRp2 مثبت شد (22). علاوه بر این، عصاره نوکلئیک اسید کل در 22 نمونه ذخیره شده (ذخیره در -80 درجه تا زمان مصرف)، آسپیرات های نازوفارنکس/سواب ها و سواب-های گلو از 22 بیمار بالغ جمع آوری شدند که در بیمارستان هنگ کنگ از نظر علائم تنفسی زیاد/یا پایین مدیریت شده و این تست برای سایر عوامل بیماریزای تنفسی FilmArray RP2 مثبت بود (تشخیص BioFire، Salt Lake City, UT, USA) و بر اساس دستورالعمل کارخانه برای ارزیابی پتانسیل واکنش متقابل با سایر عوامل بیماریزای تنفسی در نمونه های بالینی مورد ارزیابی قرار گرفت. این مطالعه توسط بررسی صورت گرفته در دانشگاه هنگ کنگ/مدیریت بیمارستان تایید شد (UW 14-249).

استخراج اسید نوکلئیک. عصاره نوکلئیک اسید (TNA) در نمونه های بالینی و کشت سلول آزمایشگاهی در جدایه های ویروسی با استفاده از سیستم عصاره گیری NucliSENS easyMAG (bioMérieux,Marcy-l’Étoile, France) و بر اساس دستورالعمل کارخانه که پیشتر توضیح داده شده بود، انجام شد (24). حجم نمونه های مصرفی برای استخراج و حجم رقیق سازی به نوع نمونه و مقدار نمونه موجود بستگی دارد. به طور کلی، 250 lµ از نمونه دستگاه تنفسی، نمونه ادرار، سواب روده و مدفوع تحت عصاره گیری با یک حجم رقیق شده 55 lµ قرار گرفت و 100 lµ از هر نمونه پلاسما با حجم رقیق سازی 25 lµ عصاره گیری شد. عصاره حاصل تا زمان مصرف در 80- درجه سانتیگراد ذخیره شد. عصاره مشابه حاصل از هر نمونه برای همه RT-PCRها مورد استفاده قرار گرفت.

کووید-19، سارس و مرس: آیا آنها ارتباط نزدیکی دارند؟

COVID-19, SARS and MERS: are they closely related?

چکیده
مقدمه
رشد تکاملی در موجود زنده(فیلوژنی)
بیماریزایی
قابلیت سرایت
ویژگی های بالینی
نتایج
منابع

چکیده
پیشینه:کرونا ویروس جدید 2019 (سارس کووید-2) کرونا ویروس انسانی جدیدی است که با ویژگی های اپیدمی درچین ودیگر کشورهای آسیایی در حال گسترش است؛مواردی نیز در سراسرجهان گزارش شده اند.این بیماری کرونا ویروس جدید (کووید 19) مرتبط با یک بیماری تنفسی است که ممکن است منجربه پنومونی شدید و سندروم دیسترس تنفسی حاد ریه (ARDS ) شود. با اینحال، کووید19 در ارتباط با سندروم تنفسی حاد (سارس) و سندروم تنفسی خاورمیانه (مرس)،ویژگی های بالینی،همه گیری شناختی و بیماریزایی خاصی را نشان میدهد که تا به حالا درک کاملی از آنها نداریم.

اهداف کلی:ارئه یک بررسی از تفاوت های ویژگی های بالینی،همه گیری شناختی و بیماریزایی کووید 19،سارس و مرس

منابع:جدیدترین پژوهش انگلیسی زبان در مورد کووید 19 اصلاح گردیده و اطلاعات استخراجی با مدرک علمی فعلی در مورد اپیدمی سارس و مرس مقایسه گردیده است.

محتوا: به نظر میرسد کووید 19 با توجه به ویژگی های بالینی که دارد،چندان متفاوت ازسارس نباشد،هرچند که میزان تلفات در آن با مقدار 2.3% کمتراز سارس(9.5%) وبسیار پایینترازمرس(34.4) است.اما نمیتوان از این امکان چشم پوشید که کووید 19 به دلیل تصویر بالینی کمتر شدید خود،میتواند بسیارآسانتراز مرس وسارس در اجتماع گسترش یابد.عدد سرایت پایه فعلی کووید 19(R0) با مقدار 2.5-2.0 هنوز هم جای بحث دارد.این عدد احتمالا کمی بیشتراز R0 سارس(1.9-1.7) و بالاتر از R0 مرس (1>)است.نمیتوان انتقال بیماری از طریق مسیر دستگاه گووارشی را که برای سارس کووید و مرس کووید در نظرگرفه میشد،درسارس کووید-2 غیرمحتمل شمرد و این امر محتاج به تحقیقات بیشتراست.

دلالت ها: هنوز برای شناخت کووید 19 مخصوصا دررابطه با میرایی و ظرفیت گسترش آن در سطح اپیدمی راه درازی در پیش داریم، بااین وجود تمام دروسی که ما درگذشته از اپیدمی های مرس و سارس آموختیم،بهترین سلاح فرهنگی هستند که میتوان با آنها با این تهدید جدید جهانی روبرو شد.

رشد تکاملی در موجود زنده (فیلوژنی)
با تحلیل توالی ژنوم مشخص شده است سارس کووید-2 متعلق به رده بتاکرونا ویروسی است که شامل کروناویروس مشابه سارس خفاشی،سارس کووید،مرس کووید میشود.[6]سارس کووید-2 دارای ساختار ژنومی است که از خصوصیات بتاکروناهای دیگر است.ژنوم این بیماری مانند دیگرکرونا ویروس ها،شامل 4 قالب خواندن باز (ORFS) میشود که 27 پروتئین را رمزگذاری میکند.ORF1 و ORF2 در ناحیه 5’ ترمینال ژنوم ،15 پروتئین غیرساختاری مهم را برای همانندسازی ویروس رمز گذاری میکند. [7-8] ناحیه 3’ترمینال ژنوم پروتئین های ساختاری به نام های پروتئین سنبله (S)،پروتئین پاکتی (E)،پروتئین غشایی (M) و هسته پوشه (N) بعلاوه 8 پروتئین جانبی را رمزگذاری میکند.[7-8] تحلیل درخت فیزیولوژیک کرونا ویروس جدید نشان داده است که سارس کووید-2 همراه با سارس کووید و کرونا ویروس مشابه سارس خفاشی، متعلق به دودمان متفاوتی از مرس کووید است و از نظر فیلوژنیک بیشتر از سارس کووید با کرونا ویروس های مشابه سارس خفاشی (قرنطینه شده از خفاش های نعل اسبی بین سالهای 2015 و 2018 در چین) مرتبط بودند.]جدول1[ این امرحاکی از نوع دیگری از تکامل ویروسی سارس و مرس است که شامل خفاش های از منابع غیراهلی میشود.[5-13] مقایسه ژنوم بین سارس وسارس کووید-2 نشان داده است که تنها 380 جانشین آمینواسید بین سارس کووید-2 وکرونا ویروس های مشابه سارس وجود دارد که اکثرا در ژن های پروتئین غیرساختاری تمرکز یافته اند، درحالیکه 27 جهش یافتگی درژن هایی یافت شده است که پروتئین سنبله ویروسی (S) مسئول در اتصال گیرنده و ورود سلول را رمزگذاری میکنند.[8] این جهش یافتگی ها شاید بتواند بیماریزایی کمتر آشکار در سارس کووید-2 را در مقایسه با سارس کووید توضیح دهد،اما مطالعات بیشتری لازم خواهدبود.[9]

بیماریزایی
گردآوری مدرک بر پایه تحلیل ژنوم نشان میدهد که سارس کووید-2 گیرنده سلولی و آنژیم مبدل آنژیوتانسین(ACE2) یکسانی را با سارس کووید به اشتراک میگذارد،درحالیکه مرس کووید از دی پپتیدیل پپتیداز4 (DPP4) برای ورود به سلول میزبان استفاده میکند]جدول1[ [14]. مسلم است که سارس کووید ظهور خود را بعنوان پاتوژن انسانی ممنون جهش یافتگی های مطلوب در دامنه اتصال گیرنده (RBD) پروتئین سنبله (S) است که بیماریزایی خود را با تقویت میل ترکیبی آن باگیرنده افزایش داده است.از اینرو در نظرگرفته میشود که سارس کووید-2 به شکلی مشابه رفتار کرده است.[14]با این وجود در سارس کووید-2 برخلاف سارس کووید هیچ جانشین آمینواسیدی درRBD موجود نبود که مستقیما با ACE2 گیرنده انسانی تعامل داشته باشد،اما 6 جهش یافتگی در دیگر نواحی RBD رخ داد.[8] نقش چنین جانشین هایی در بیماریزایی سارس کووید-2 باید بیشتر مورد بررسی قرار بگیرد.تحلیل میل ترکیبی گیرنده نشان میدهد که سارس کووید-2 نسبت به گونه 2003 سارس کووید به طرز موثرتری به ACE2 متصل میشود هرچند که اثر اتصال آن از گونه 2002 کمتر میباشد[14].علاوه بر این، یک جهش یافتگی نوکلئوتید واحد برروی RBD سارس کووید-2 پیش بینی میشود که اگر روی دهد ،میتواند بیماریزایی آنرا افزایش دهد[14].

بررسی میزان اسید سیالیک تام سرم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون علائم دستگاه گوارشی

Evaluation of serum total sialic acid in moderate COVID-19 patients with and without gastrointestinal tract manifestations

چکیده
1 مقدمه
2 مواد و روش ها
2.1 جامعه انسانی مورد مطالعه
2.2 تعیین مقدار اسید سیالیک تام سرم
2.3 تعیین مقدار الکترولیت های سرم
2.4 تحلیل آماری
3 یافته ها
3.1 داده های دموگرافیکی و بیوشیمیایی بیماران کووید-19 متوسط با و بدون علائم GIT
3.2 مقادیر سرمی TSA در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون علائم GIT
4 بحث
اظهارات نویسندگان
اظهارات اخلاقی
منابع مالی
دسترسی به داده‌ها
بیان تنازع منافع
منابع

چکیده

سابقه و هدف: به خوبی روشن است که SARS-CoV-2 غالبا سیستم تنفسی را آلوده می‌نماید و باعث ایجاد ذات‌الریه می‌شود؛ با این حال، این بیماری همچنین می‌تواند بخش‌ هایی از مجاری گوارشی (GIT) را که پوشانده شده با مخاط دو لایه‌ی غنی از پروتئین های قنددار ختم شده به ریشه‌ی اسید سیالیک است درگیر نماید. بنابراین، این مطالعه با هدف ارزیابی اسید سیالیک تام سرم (TSA) در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط دارای علائم GIT و بدون آن انجام شد.

روش مطالعه: در مجموع 161 بیمار مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون داشتن علائم GIT و 50 گروه کنترل وارد مطالعه ی ما شدند. در حالیکه مقدار الکترولیت های سرم با استفاده از کیت های سنجش تجاری رنگ سنجی یا کدورت ‌سنجی اندازه گیری شد، مقدار TSA سرم با استفاده از کیت تجاری ELISA تعیین گردید.

یافته ها: نتایج ما نشان داد که مقدار سرمی TSA در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط همراه با علائم گوارشی (91/8±43/81) به طور شدیدا معناداری در مقایسه با کنترل (41/6±24/61) یا حتی بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط بدون علائم گوارشی (03/7±46/69) افزایش یافت. تجزیه و تحلیل منحنی ROC مشخص کرد که AUC برای TSA برابر 84/0 با یک حساسیت 2/76 درصدی و اختصاصیت 7/73 درصدی در تمایز بین بیماران کووید-19 متوسط با و بدون عوارض گوارشی بود. مقادیر سدیم و پتاسیم سرمی به طور کاملا معناداری در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط همراه با عوارض گوارشی نسبت به کنترل یا حتی بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط بدون عوارض گوارشی کاهش نشان داد؛ با این حال، مقدار سرمی کلسیم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط همراه با عوارض گوارشی فقط نسبت به کنترل کاهش داشت.

نتیجه‌ گیری: در نهایت، استنتاج می‌شود که SA نقش مهمی در ایجاد عوارض گوارشی مرتبط با کووید-19 دارد و می‌تواند یک نشانگر زیستی بالقوه برای عارضه ی گوارشی در این بیماری باشد.

4 بحث

ما در رابطه با پاتوژنز کووید-19، در مطالعه‌ی قبلی خود (Haroun و همکاران، a,b2021) نشان دادیم که مقادیر پروتئین 10کیلودالتونی القا شده با اینترفرون گاما (IP-10)، سرم آمیلوئید A (SAA) و miRNA-155 در بیماران مبتلا به کووید-19 افزایش می‌یافت. در مطالعه‌ی حاضر، هدف ما اندازه‌گیری TSA سرم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط دارای علائم گوارشی و بدون آن بود تا نقش‌ اسیدسیالیک تام سرم را در پاتوژنز بیماری کووید-19 و عوارض گوارشی ناشی از آن بررسی کند. نتایج ما نشان داد که میانگین مقادیر TSA در بین بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط دارای علائم گوارشی در مقایسه با گروه شاهد یا حتی بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط بدون علائم گوارشی به طور معناداری افزایش می‌یافت.

Abstract

Background It is known that SARS-CoV-2 mostly infects the respiratory system causing pneumonia; although it can also affect the gastrointestinal tract (GIT), which covered with a bi-layer of mucus rich in glycosylated proteins that terminated by sialic acid. Therefore; this study aimed to evaluate serum total sialic acid (TSA) in moderate COVID-19 patients with and without GIT manifestations.

Methods A total of 161 moderate COVID-19 patients without and with GIT manifestations and 50 controls were enrolled into our study. Serum electrolytes levels were measured by using colorimetric or turbidmetric commercial assay kits, while the level of serum TSA was measured by using a commercial ELISA kit.

Results Our results showed that serum TSA level was highly significantly increased in moderate COVID-19 patients with GIT manifestations (81.43 ± 8.91) when compared with controls (61.24 ± 6.41) or even moderate COVID-19 patients without GIT manifestations (69.46 ± 7.03). ROC curve analysis showed that AUC for TSA is 0.84 with 76.2 % sensitivity and 73.7 % specificity in discrimination between moderate COVID-19 patients with and without GIT manifestations. Serum potassium and sodium levels were highly significantly decreased in moderate COVID-19 patients with GIT manifestations when compared with controls or even moderate COVID-19 patients without GIT manifestations; while serum calcium level was found to be significantly decreased in moderate COVID-19 patients with GIT manifestations when compared with controls.

Conclusion Finally, we can conclude that SA plays a crucial role in the pathogenesis of GIT complications associated with COVID-19 and could be a potential biomarker for the COVID-19 gastrointestinal complications.

4 Discussion

Authors concerning mainly with the pathogenesis of COVID-19, as our previous work (Haroun et al., 2021a,b) showed that the increased levels of interferon-γ-induced protein-10 (IP-10), serum amyloid A (SAA), and miRNA-155 among COVID-19 patients. Here, we intended to measure serum TSA in moderate COVID-19 patients with and without GIT manifestations to investigate its roles in the pathogenesis of COVID-19 disease and its GIT complications. Our results revealed that the mean levels of TSA were significantly increased among moderate COVID-19 patients with GIT manifestations as compared with controls or even with mild COVID-19 patients without GIT manifestations.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

بررسی میزان اسید سیالیک تام سرم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون علائم دستگاه گوارشی

Evaluation of serum total sialic acid in moderate COVID-19 patients with and without gastrointestinal tract manifestations

ترومبوآمبولی وریدی و COVID-19: گزارش موردی و بررسی ادبیات

Venous thromboembolism and COVID-19: a case report and review of the literature

چکیده

مقدمه

گزارش مورد

بحث

نتیجه گیری

منابع

چکیده

پیش زمینه: در حال حاضر اطلاعات کمی در دسترس است که بر شیوع ترومبوآمبولی وریدی در بیماران آلوده به کرونا ویروس تاکید کند. این گزارش موردی به همراه مرور متون تخصصی، مورد منحصر به فردی از کووید- 19 را معرفی می کند که از نظر بالینی برای مراقبان سلامت در زمان درمان بیمارانشان بسیار اهمیت دارد.

گزارش مورد: یک مرد سفید پوست 65 ساله بعد از اینکه اخیرا کووید 19 در همسرش تشخیص داده شده بود، با سابقه ی دو روز تنگی نفس به بخش اورژانس بیمارستان مراجعه کرد. او قبل از مراجعه به بیمارستان، در چند روز اخیر دچار اسهال شده بود و با خود درمانی مشکل را برطرف کرده بود. بر اساس تظاهرات بالینی بیمار و بررسی آزمایشگاهی افزایش دی دایمر تشخیص داده شد، یک آنژیوگرام توموگرافی کامپیوتری از قفسه ی سینه به دست آمد که آمبولی ریوی دو طرفه ی نسبتا بزرگی که توسط یک لخته به وجود آمده بود و انفارکتوس ریوی ناشی از لخته در لوب چپ ریه را نشان داد. سونوگرافی از اندام های تحتانی ترومبوز وریدی عمیق غیر مسدود کننده را در سیاهرگ فمورال چپ دیستال که به سوی سیاهرگ پشت زانویی می رود، نشان داد. علاوه بر این، زمانی که نتایج تست واکنش زنجیره پلیمراز کووید 19، مثبت اعلام شد، کووید 19 در بیمار تشخیص داده شد. بیمار در بخش کووید 19 بستری شد و به منظور مدیریت آمبولی ریوی دو طرفه و ترومبوز وریدی عمقی، هپارین معمولی به صورت وریدی به او تزریق شد. بعد از تزریق داروهای ضد انعقاد وضعیت بالینی بیمار به صورت قابل توجهی بهبود یافت و به مدت 3 روز در بیمارستان تحت نظر بود و بعد از دریافت انوکساپارین و هپارین از بیمارستان مرخص شد. تماس های تلفنی که در روز دهم و هفته ی چهارم بعد از ترخیص با بیمار گرفته شد نشان داد که بیمار به خوبی به داروهای ضد انعقاد پاسخ داده است و عود علائم ترومبوآمبولیسم وریدی و کووید 19 را نشان نمی داد.

نتیجه گیری: از آنجایی که ادامه ی علائم بیماری کووید 19 منجر به مرگ و میر قابل توجهی می شود، اطلاعات بیشتری به دست آمده است که بیماری زایی پیچیده ی این ویروس را نشان می دهد. در ضمن، ظهور ترومبوآمبولیسم وریدی در بیماران مبتلا به کووید 19 هنوز هم به عنوان یک یافته ی غیر معمول باقی مانده است. برای مراقبان سلامت ضروری است که به فکر این ارتباط منحصر به فرد باشند تا بتوانند ارزیابی های تشخیصی لازم را انجام داده و روش درمانی مناسب را در اختیار بیماران قرار دهند.

بحث

پاندمی کووید 19 در دسامبر 2019 شروع شد و جمعی از بیماران با پنومونی با منشا ناشناخته که به بازار عمده فروشی غذاهای دریایی در ووهان چین مربوط بود؛ به بیمارستان ها مراجعه کردند. علت مراجعه ی این بیماران، یک نوع کروناویروس جدید بود که بعدا سندروم حاد تنفسی کرونا ویروس-2 (SARS-CoV-2) را ایجاد کرد و بیماری که این ویروس ایجاد می کند بیماری کرونا ویروس 2019 (کووید-19) نامیده شد. کروناویروس ها گروه بزرگی از ویروس های پوشش دار حاوی ریبونوکلئیک اسید (RNA) هستند که در میان حیواناتی همچون خوک ها، خفاش ها، شترها و گربه ها پراکنده اند. زمانی که انسان ها به این ویروس ها آلوده می-شوند؛ این ویروس ها معمولا بیماری های خفیف تا متوسطی را در سیستم تنفسی فوقانی ایجاد می‌کنند. تا کنون به این موضوع پی برده شده است که سه مورد از این کروناویروس ها، کرونا ویروس سندروم تنفسی حاد شدید (SARS)، کروناویروس سندروم تنفسی خاورمیانه (MERS) و SARS-CoV-2 بیماری های شدید و اغلب کشنده ای را در انسان ها ایجاد می کنند.

در حال حاضر با وجود اینکه شواهد جدید محدودی وجود دارد؛ اما این شواهد نشان می دهند که ترومبوآمبولیسم وریدی (VTE) به عنوان یکی از عوارض کووید- 19 ظاهر می شود. مکانیسم دقیق تشکیل لخته می تواند متغیر باشد؛ اما اصل مسلم این است که کووید- 19 می تواند موجب افزایش پاسخ التهابی، هیپوکسی، بی حرکت شدن و انعقاد منتشره درون رگی (DIC) شود؛ تمامی این عوارض می توانند فرد را مستعد ابتلا به بیماری ترومبوآمبولیک شریانی و وریدی کنند.

آمفیزم زیرپوستی و افزایش کربن دی اکسید به عنوان عارضه عمل لاپاراسکوپی: گزارش موردی

Subcutaneous emphysema and hypercarbia as a complication of laparoscopic procedure: case report

چکیده

مقدمه

گزارش مورد

بحث

چکیده

آمفیزم زیرپوستی (SE) با میزان بروز 0.43- 2.3 درصد یک عارضه ی نادر روش های لاپاروسکوپی است. در این گزارش موردی، ما وضعیت یک مرد 28 ساله را شرح می دهیم که تحت عمل  لاپاروسکوپی انتخابی فتق کشاله ی ران دچار آمفیزم پیشرفته، افزایش کربن دی اکسید و اسیدوز تنفسی در حین عمل جراحی شده بود. بر اساس یافته های خود، نتیجه گرفتیم که علیرغم بروز پایین آمفیزم زیر پوستی، به منظور جلوگیری از عوارض ناشی از عمل لاپاروسکوپی بایستی از عوامل خطرساز آگاهی حاصل شود.

مقدمه

آمفیزم زیر پوستی (SE) به عنوان “یافتن گاز درون بافت های نرم زیر پوستی، معمولا در ناحیه ی قفسه ی سینه یا گردن” تعریف شده است. شدت آمفیزم زیر پوستی بر اساس مطالعه ی اخیر و بر اساس گسترش آناتومیکی آمفیزم زیر پوستی به پنج گروه تقسیم شده است؛ اول: آمفیزم زیر پوستی که پایه ی گردن را درگیر می کند، دوم: تمام ناحیه ی گردن را درگیر می کند، سوم: ناحیه ی بزرگ زیر سینه، چهارم: دیواره ی قفسه ی سینه و تمام ناحیه ی گردن و پنجم: دیواره ی قفسه ی سینه، گردن، حدقه ی چشم، جمجمه، دیواره ی شکم، اندام های فوقانی و کیسه  ی بیضه.

بحث

در کل روش های لاپاروسکوپی بی خطر هستند و عوارض جانبی اندکی دارند که تا 50 درصد در هنگام دست زدن به شکم بیمار یا در زمان قرار دادن پورت دستگاه لاپاروسکوپی اتفاق می افتند. در حالی که بقیه ی عوارض در طول تزریق گاز در حفره ی شکم، برش بافت و هموستاز رخ می دهند. گاز اولیه ی مورد استفاده برای تزريق به داخل حفره صفاقي در روش های لاپاروسکوپی، کربن دی اکسید است که به دلیل حلالیت بالای خود نسبت به گازهای دیگر بیشتر مورد استفاده قرار می گیرد.

Abstract

Subcutaneous emphysema (SE) is a rare complication of laparoscopic procedures, with an incidence rate of only 0.43–2.3%. In this report, we present a case of a 28-year-old male who underwent an elective laparoscopic inguinal hernia repair and developed surgical emphysema, hypercarbia and respiratory acidosis intraoperatively. Based on our findings, we concluded that regardless of the low incidence of SE, awareness of the associated risk factors should be ensured to avoid laparoscopic procedure-related complications.

INTRODUCTION

Subcutaneous emphysema (SE) is defined as a “finding of gas within subcutaneous soft tissues, usually in the thorax or neck” [1]. The severity of SE has been classified according to a recent study based on the anatomical extension of SE into five grades: first including the base of the neck; second, all the neck area; third, the subpectoralis major area; fourth, the chest wall and all of the neck area and fifth, the chest wall, neck, orbit, scalp, abdominal wall, upper limbs and scrotum [2].

DISCUSSION

Laparoscopic procedures are overall considered safe, with a low rate of serious complications, of which up to 50% occur while gaining abdominal access or at the time of port placement [5]. While the rest of the complications occur during abdominal insuff lation, tissue dissection and hemostasis [6]. The primary insuff lation gas used in laparoscopic procedures to create a pneumoperitoneum is CO2, which has been favored over other gases due to its high solubility [7].

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

آمفیزم زیرپوستی و افزایش کربن دی اکسید به عنوان عارضه عمل لاپاراسکوپی: گزارش موردی

Subcutaneous emphysema and hypercarbia as a complication of laparoscopic procedure: case report

تأثیر آموزش احیای قلبی ریوی (CPR) بر دانش آموزان مدرسه و دانش احیای قلبی ریوی، نگرش نسبت به CPR و تمایل به کمک به دیگران و انجام CPR: طراحی تحقیق ترکیبی

The impact of cardiopulmonary resuscitation (CPR) training on schoolchildren and their CPR knowledge, attitudes toward CPR, and willingness to help others and to perform CPR: mixed methods research design

چکیده

پس زمینه

هدف مطالعه

مواد و روش ها

طرح

تنظیم سازی و شرکت کنندگان

طراحی قبل و بعد نمونه های جداگانه

گروه کانونی (متمرکز)

ابزار

طرح قبل و بعد نمونه های مجزا

مطالعه آزمایشی

ابزار گروه تمرکز

جمع آوری داده

تحلیل داده ها

نتایج

دانش CPR و تمایل، نگرش و نیت برای کمک به دیگران قبل و بعد از آموزش CPR

دیدگاه مربیان و تجربه های آموزش CPR

بحث

محدودیت ها و نقاط قوت

نتیجه گیری

منابع

چکیده

     پس زمینه: فواید آموزش احیای قلبی- ریوی برای دانش آموزان کاملاً مشخص است، اما سن مناسب برای معرفی آموزش هنوز مورد بحث می باشد. این یک مسئله بسیار مهم است، زیرا ایست قلبی خارج از بیمارستان یک نگرانی عمده در مورد بهداشت عمومی به شمار می رود. هدف از این مطالعه بررسی تأثیرات اجرای احیای قلبی ریوی بر دانش دانش آموزان در سه کلاس آخر مدارس ابتدایی اسلوونی و تمایل، نگرش و اهداف آنها برای کمک به دیگران و انجام احیای قلبی ریوی بوده است. همچنین تجربه مربیان آموزشی مورد بررسی قرار گرفت.

روش ها: با استفاده از یک طرح قبل و بعد نمونه های مجزا و گروه های کانونی، از یک طرح تحقیقاتی با روش های ترکیبی استفاده شد. تحقیق در 15 مدرسه ابتدایی دولتی اسلوونی با ارائه آموزش احیای قلبی ریوی انجام شد. گروه های کانونی شامل مربیان و توسعه دهندگان آموزش بودند. داده ها با استفاده از پرسشنامه ساختار یافته از آوریل تا ژوئن 2018 جمع آوری و با استفاده از تحلیل های تک متغیره و دو متغیره تجزیه و تحلیل شدند. سه گروه کانونی در سپتامبر و اکتبر 2018 تشکیل شد. تجزیه و تحلیل محتوای رونویسی بحث انجام شد. این نمونه شامل 764 دانش آموز در سنین 12.5–14.5 سال قبل از آموزش احیای قلبی ریوی و 566 دانش آموز پس از آموزش بود. سه گروه کانونی غیر همگن شامل هشت مربی احیای قلبی ریوی بودند.

نتایج: پس از اجرای آموزش، پیشرفت چشمگیری در دانش احیای قلبی ریوی مشاهده شد که بیشترین پیشرفت در جوانترین گروه سنی (میانگین سنی 12.5 سال) مشاهده شد. بیشترین افزایش بعد از آموزش برای متغیرهای نگرش نسبت به کمک به دیگران (0.001 = p) و اعتماد به نفس (0.001 = p) مشاهده شد. تجزیه و تحلیل گروه های کانونی دو موضوع را به همراه داشت: (الف) تأثیرات آموزش احیای قلبی ریوی بر دانش آموزان و (ب) مسئولیت سیستمی سیستم مدرسه و نهادهای حرفه ای.

نتیجه گیری: پیشرفت چشمگیری در دانش احیای قلبی – ریوی دانش آموزان پس از آموزش ایجاد شد. آشناسازی زودهنگام آموزش توصیه می شود. دانش احیای قلبی ریوی، آگاهی از مسئولیت کمک به دیگران و اعتماد به نفس را برای تأمین احیای قلبی ریوی در کنار هم افزایش می دهد. می توان نتیجه گرفت که آموزش احیای قلبی ریوی زودهنگام برای کودکان بسیار مهم است. این موضوع در کشورهایی که احیای قلبی ریوی هنوز اجباری نیست، باید به عنوان بخش اجباری از برنامه های درسی مدارس گنجانده شود.

هدف مطالعه

تحقیق ما با هدف بررسی تأثیرات آموزش CPR اجرا شده بر تمایل، نگرش و نیت برای کمک به دیگران و انجام CPR و دانش CPR در دانش آموزان سه کلاس آخر دبستان در اسلوونی انجام شد. علاوه بر این، ما تجربیات و نظرات مربیان آموزش را در مورد تأثیرات آموزش اجرای CPR بررسی نمودیم.

مواد و روش ها

طرح

در این مطالعه از طرح تحقیق ترکیبی استفاده شده است. هدف، دستیابی به رویکرد جامع تری برای موضوع بررسی شده، اندازه گیری ها و تجزیه و تحلیل و تفسیر یافته ها بود. برای به دست آوردن داده های کمی از یک طرح قبل و بعد نمونه های مجزا و از یک روش تحقیق گروهی متمرکز برای بدست آوردن داده های کیفی استفاده شد. هر دو روش در مرحله تفسیر ترکیب شدند.

تنظیم سازی و شرکت کنندگان

طراحی قبل و بعد نمونه های جداگانه

یک مطالعه مداخله ای با استفاده از ” طرح قبل و بعد نمونه های مجزا ” هنگام بررسی گروه ها مورد استفاده قرار می گیرد، اما در مواردی که اندازه گیری های متوالی برای اندازه گیری همان افراد مطمئن نیستند، متغیر وابسته قبل و بعد از اجرای یک مداخله خاص اندازه گیری شد. این مطالعه مداخله ای شامل مدارس ابتدایی اسلوونی (15) بود که در ماه آوریل و مه 2018 آموزش CPR را ارائه می دادند. اطلاعاتی که در آن مدارس و کلاس ها در آن دوره آموزش CPR را ارائه می دهند از خدمات پزشکی پیشگیری و ارتقا سلامت (بخشی از مراکز بهداشت جامعه) به دست آمده است. آنها ما را از پیشرفت آموزشهای برنامه ریزی شده CPR مطلع می ساختند. آموزش CPR در برنامه درسی مدارس اسلوونی اجباری نیست. مدارس، خود تصمیم می گیرند که CPR را شامل سازند یا خیر. برای اهداف تحقیق، مربیان محتوای آموزشی یکسانی را پوشش می دادند و از روشهای آموزشی یکسان استفاده می کردند. آنها برنامه ملی CPR مبتنی بر دستورالعمل های شورای احیا اروپا را دنبال می کردند. بنابراین، مطالعه مداخله ای شامل کلیه دانش آموزان کلاس های هفتم، هشتم و نهم 15 مدرسه ابتدایی بود که آموزش های CPR را در بازه زمانی مشاهده شده ارائه می دادند. قبل از ارائه آموزش CPR با استفاده از AED، 893 کودک دبستانی برای شرکت در مطالعه دعوت شدند و 764 نفر متعهد به انجام آن شدند (نرخ پاسخ %85.6). یک تا دو ماه پس از آموزش CPR، فقط آن دسته از دانش آموزان مدرسه ای که آموزش دیده اند برای شرکت دعوت شدند (764 نفر = n) و 566 نفر به آن پاسخ دادند (نرح پاسخ %74.1).

گزارش مقدماتی از رمدسیویر برای درمان کووید-19

Remdesivir for the Treatment of Covid-19 — Preliminary Report

چکیده

پس زمینه

روش‌ها

نتایج

نتیجه‌گیری

روش‌ها

طرح

روندها

تحلیل آماری

نتایج

بیماران

نتایج اولیه

نتایج کلیدی ثانویه

بحث

منابع

چکیده

پس زمینه

گرچه چندین عامل درمانی برای درمان بیماری کورونا ویروس 2019 (Covid-19) مورد ارزیابی قرارگرفته است، اما هیچ یک از این عوامل موثر نبوده‌اند.

روش‌ها

ما یک کارآزمایی دو سو کور، تصادفی، کنترل‌شده با دارونمای درون وریدی مربوط به رمدسیویر را در بزرگسالان بستری‌شده مبتلا به Covid-19 با شواهدی از درگیری دستگاه تنفسی تحتانی، انجام دادیم. بيماران به‌طور تصادفی تعیین ‌شدند كه يك بار رمدسیویر (مقدار (دوز) اولیه 200 میلی‌گرم در روز اول و به دنبال آن 100 میلی‌گرم در روز تا حداکثر 9 روز دیگر) يا دارونما تا 10 روز دریافت کنند. پیامد اولیه، زمان بهبودی بود که با ترخیص از بیمارستان یا بستری شدن برای کنترل عفونت، تعریف شد.

نتایج

درکل 1063 بیمار به صورت تصادفی انتخاب شدند. هیئت نظارت بر داده¬ها و ایمنی، بر اساس یافته‌های حاصل از تجزیه و تحلیل که مدت زمان کوتاه‌تر را برای بهبود در گروه رمدسیویر نشان می‎دهد، کورسازی نکردن (unblinding) اولیه را توصیه می‌کند. نتایج اولیه¬ی 1059 بیمار (مقرر شد که 538 نفر رمدسیویر و 521 دارونما دریافت کنند) همراه با داده‌های موجود پس از تصادفی‌سازی نشان داد افرادی که رمدسیویر دریافت کرده‌اند دارای مدت زمان بهبودی 11 روز بودند (بازه اطمینان 95٪ [CI] ، 9 تا 12)، در مقایسه با 15 روز (بازه اطمینان95%، 13 تا 19) در افرادی که دارونما دریافت کرده بودند (نسبت سرعت برای بهبودی، 32/1؛ بازه اطمینان95٪ ، 1.12 تا 1.55؛ P <0.001). برآورد کاپلان–میر میزان مرگ در طی 14 روز 7.1% با رمدسیویر و 11.9% با دارونما بود (نسبت خطر مرگ، 70/0، بازه اطمینان 95٪، 47/0 تا 04/0). برای 114 مورد از 541 بیمار در گروه رمدسیویر که تحت تصادفی‌سازی قرار گرفتند (1/21٪) و 141 بیمار از 522 بیمار در گروه دارونما که تحت آمایش تصادفی‌سازی قرار گرفتند، پیامدهای نامطلوب رخ داد.

نتیجه‌گیری

رمدسیویر در كوتاه كردن زمان بهبودی در بزرگسالان بستری شده مبتلا به کووید-19 و شواهدی ازعفونت دستگاه تنفسی تحتانی، نسبت به دارونما بهتر بود. (تأمین مالی شده توسط موسسه ملی آلرژی و بیماری‌های واگیردار ایالات متحده آمریکا و سایرین؛ شمارهACCT-1 ClinicalTrials.gov ،NCT04280705.) کرونا ویروس جدید، کروناویروس سندرم حاد تنفسی ۲ (SARS-CoV-2) ، برای اولین بار در دسامبر سال 2019 به عنوان علت بیماری تنفسی منتصب به بیماری کروناویروس 2019 یا Covid-19 شناخته شد. چندین عامل درمانی برای درمان Covid-19 مورد ارزیابی قرار گرفته است، اما هنوز هیچ یک از آن‌ها موثر نبوده¬اند. رمدسیویر (GS-5734)، مهارکننده ویروسی وابسته به RNA است، RNA پلیمراز با فعالیت مهاری در برابر SARSCoV و سندرم تنفسی خاورمیانه (MERS-CoV)، در ابتدا به دلیل توانایی آن در مهار SARS-CoV-2 در شرایط آزمایشگاهی، به¬عنوان یک کاندید درمانی امیدوارکننده برایCovid-19 شناخته شد. علاوه بر این، در مطالعات پریمات‎های (نخستی‌سانان) غیرانسانی، رمدسیویر 12 ساعت پس از تلقیح با MERS-CoVشروع به کاهش سطح ویروس ریه و آسیب ریه کرد.

برای ارزیابی اثربخشی بالینی و ایمنی عوامل درمانی تحقیقاتی فرضی در میان بزرگسالان بستری شده مبتلا به Covid- 19 که توسط آزمایشگاه تایید شدند، ما یک پلتفرم ‌تطبیق‌پذیر برای انجام سریع آزمایشات فاز 3، تصادفی، دو سو کور و کنترل شده با دارونما طراحی کردیم. ما در اینجا نتایج اولیه مرحله اول کارآزمایی درمانی Covid-19‌تطبیق‌پذیر (ACTT-1) را شرح می‌دهیم، که در آن درمان با رمدسیویر را در مقایسه با دارونما ارزیابی کردیم.

روش‌ها

طرح

ثبت نام برای ACTT-1 در 21 فوریه 2020 آغاز شد و در 19 آوریل 2020 به پایان رسید. 60 مکان و 13 مکان فرعی برای کارآزمایی وجود داشت، در ایالات متحده (45 مکان)، دانمارک (8)، انگلیس (5)، یونان (4)، آلمان (3)، کره (2)، مکزیک (2)، اسپانیا (2)، ژاپن (1) و سنگاپور (1). بیماران واجد شرایط به طور تصادفی به نسبت 1: 1 برای دریافت رمدسیویر یا دارونما تعیین شدند. تصادفی‌سازی با استفاده از مکان مطالعه و شدت بیماری در هنگام ثبت‌ نام طبقه‌بندی شد (برای جزئیات بیشتر در مورد معیارهای طبقه‌بندی، به پیوست تکمیلی، که با متن کامل این مقاله در NEJM.org موجود است، مراجعه کنید). رمدسیویر به صورت درون‌وریدی به عنوان مقدار اولیه 200 میلی‌گرم در روز اول و به دنبال آن یک مقدار نگهدارنده 100 میلی‌گرم روزانه در روزهای 2 تا 10 یا تا زمان ترخیص از بیمارستان یا مرگ تزریق شد. دارونما مطابق با همان برنامه و در همان حجم داروی فعال، تزریق شد. به دلیل کمبود دارونمای متناظر، از دارونمای نرمال سالین در مکا‌ن‌های اروپایی و برخی از مکان‌های غیراروپایی استفاده شد؛ مواد تزریقی با یک کیسه مات و پوشش‌هایی برای لوله، پوشانده شدند تا کورسازی حفظ شود. مطابق با استاندارد مراقبت از بيمارستان محل کارآزمایی، تمامی بيماران تحت مراقبت قرار گرفتند. اگر یک بیمارستان سیاست مکتوب یا دستورالعملی برای استفاده از سایر روش‌های درمانی Covid-19 داشته باشد، بیماران می‌توانند آن درمان را دریافت کنند. در صورت عدم ‌وجود سیاست مکتوب یا دستورالعمل، سایر درمان‌های تجربی یا استفاده از داروهای عرضه ‌شده در بازار به عنوان درمان خاص برای درمان Covid-19 که هنوز تاییدیه نگرفته‌اند از روز اول تا روز 29 ممنوع بود (اگرچه می توان قبل از ثبت‌نام در این کارآزمایی از چنین داروهایی استفاده کرد).

پروتکل آزمایشی در هر مکان توسط هیئت مدیره بررسی نهادی (یا توسط یک هیئت مدیره بررسی نهادی متمرکز در صورت لزوم) تصویب می‌شد و توسط یک هیئت نظارت بر داده‌ها و ایمنی مستقل نظارت می‌شد. رضایت آگاهانه از بیماران یا نماینده قانونی مورد تایید بیمار در صورتی که بیمار قادر به رضایت نبود‌، کسب شد. جزئیات کامل در مورد طرح کارآزمایی، اجرا، نظارت و تجزیه و تحلیل را می‌توان در پروتکل و برنامه تحلیل آماری (موجود در NEJM.org) یافت.

مواجهه با COVID-19 در بخشICU : اختلال عملکرد عروقی، ترومبوز و التهاب نامنظم

Facing COVID-19 in the ICU: vascular dysfunction, thrombosis, and dysregulated infammation

کووید ـ19 شدید با بیماری دیسترس تنفسی حاد و سندروم آزادسازی سیتوکاین متفاوت می باشد

واسکولیت و اختلال در التهاب بیماری کووید ـ19

مفهوم درمان و بررسی

نتیجه گیری

منابع

راهنمایی های جاری برای مدیریت بیماری کووید ـ 19 این گمان را منعکس می کند که بیماران با شرایط بحرانی که با SARS-CoV-2 سارس ـ کووید ـ 19 دچار عفونت شده اند، سندروم دیسترس حاد تنفسی (ARDS) در آن ها بروز پیدا می کند. با این وجود، اطلاعات به دست آمده و گزارشات بالینی، به طور فزاینده ای، نگرش جدیدی را نسبت به بیماری کووید ـ 19 نشان می دهند و این نگرش نشان دهنده این است که بیماری کوویدـ 19 شدید، اختلال در عملکرد عروق، ترومبوز والتهابات نامنظم را موجب می شود. 

(ترومبوز: به موقعیتی گفته می شود که یک لخته خون در داخل عروق سالم تحت شرایطی خاص ایجاد می شود که می تواند مانع جریان خون در عروق شود.)

کووید ـ19 شدید با بیماری دیسترس تنفسی حاد و سندروم آزادسازی سیتوکاین متفاوت می باشد

اطلاعات چاپ شده (1،2)، مشاهده نظرات و بحث های انجام شده با همکاران در سراسر جهان، با توجه به چندین روش نشان می دهد که که فنوتیپ های تنفسی ناشی از کووید ـ19 با بیماری دیسترس تنفسی حاد به طور کلی متفاوت می باشد (2).  بیماران مبتلا به ویروس کووید ـ 19، در ابتدای طول دوره بیماری خود،  دچار هیپوکسی شدید می شوند ( هیپوکسی؛ غلظت پایین اکسیژن در خون است). با این وجود، علائم اختلال عملکرد تنفسی در مراحل اولیه این بیماری غیر معمول می باشد. در بیماران مبتلا به کووید ـ19، پذیرش ریوی برای اجرای عمل لوله گذاری به نسبت متوسطی کاهش یافته است، و بنابراین بیماران نسبتا برای تنفس مشکل ندارند (1).  

Current management guidelines for COVID-19 refect the assumption that critically ill patients infected with SARS-CoV-2 develop acute respiratory distress syndrome (ARDS). However, emerging data and clinical reports increasingly suggest an alternative view that severe COVID-19 refects a confuence of vascular dysfunction, thrombosis, and dysregulated infammation.

Severe COVID‑19 is distinct from ARDS and cytokine‑release syndromes

Published data [1, 2], anecdotal observations, and discussions with colleagues worldwide indicate that COVIDinduced respiratory phenotypes are distinct from typical ARDS in several ways [2]. COVID-19 patients develop profound hypoxemia early in their disease course. However, overt respiratory dysfunction at these early stages is unusual. Pulmonary compliance in intubated COVID19 patients appears to be only modestly decreased, and patients are therefore relatively easy to ventilate [1].

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

مواجهه با COVID-19 در بخشICU : اختلال عملکرد عروقی، ترومبوز و التهاب نامنظم

Facing COVID-19 in the ICU: vascular dysfunction, thrombosis, and dysregulated infammation

تجزیه و تحلیل تکاملی ژنوم کامل ویروس جدید کرونا (2019-nCoV) و رد فرضیه ظهور در نتیجه یک رویداد نوترکیبی اخیر

Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event

چکیده

     پیش زمینه: اخیراً کروناویروس نوظهوری (2019-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین گزارش شده است. هدف ما توصیف روابط ژنتیکی کروناویروس نوظهور و جست و جو برای یافتن نوترکیبی‌ مفروض در بین زیرسرده‌ ی ساربکوویروس بوده است. 
روش‌ها: نوترکیبی مفروض با استفاده از برنامه های RDP4 و Simplot نسخه 3.5.1 مورد بررسی قرار گرفت و خوشه بندی تبارزایشی نامتجانس در قطعات ژنومی واحد با کمک ارزیابی تبارزاشی و با استفاده از بزرگنمایی بیشینه و روش های بیزی  تایید گردید.
نتایج: ارزیابی ما مطرح کننده آن است که گرچه کروناویروس نوظهور در سراسر ژنوم خود ارتباط نزدیکی با توالی RaTG13 کروناویروس خفاشی دارد (شباهت توالی 96.3%)، خوشه بندی نامتجانسی با توالی های کروناویروس های شبه سارس خفاشی (bat-SARS like) از خود نشان می دهد. به ویژه، در بخش ‘5 دربردارنده ی 11498 نوکلئوتید اول و بخش نهایی ‘3 دربردارنده ی جایگاه‌ های 30696-24341، کروناویروس نوظهور و RaTG13 با توالی های کروناویروس شبه سارس خفاشی خوشه ی واحدی تشکیل می دهند، درحالیکه در ناحیه ی میانی شامل انتهای ‘3 ORF1a، ORF1b و تقریبا نیمی از نواحی زوائد گرزی شکل، کروناویروس نوظهور و RaTG13 در دودمان مجزایی با فاصله از کروناویروس خفاشی در درون شاخه ی ساربکوویروس گروه بندی شده اند.
جمع بندی: سطوح شباهت ژنتیکی در بین کروناویروس نوظهور 2019 و RaTG13 بیانگر آن است که دومی نوعِ بخصوصی که عامل همه گیری در انسان هاست را به دست نمی دهد، اما این فرضیه که کروناویروس نوظهور از خفاش ها به وجود آمده است، بسیار محتمل می باشد. ما شواهدی را ارائه می نماییم که مطرح می کند کروناویروس نوظهور (2019-nCoV) موزائیکی نبوده و در دست کم نیمی از ژنوم خود از یک دودمان منحصر به فرد در بتاکروناویروس ها تشکیل شده است. این خصوصیات ژنومی و هم بستگی بالقوه ی آنها با ویژگی های ویروس و بیماری زایی در انسان ها درخور توجه آتی است. 

خانواده ی کروناویریده شامل تعداد زیادی از ویروس هایی است که در طبیعت در پرندگان و پستانداران یافت می گردند (کان و مک‌اینتاش، 2005؛ فر و پرلمن، 2015 ). کروناویروس های انسانی که نخست در دهه ی 1960 توصیف شدند، در ایجاد درصد بالایی از عفونت های تنفسی هم در کودکان و هم در بزرگسالان نقش دارند (کان و مک‌اینتاش، 2005؛ پالز و همکاران، 2020 ).

      از آن پس هردوی کروناویروس های عامل سارس و مرس (به دلیل نرخ های بالای موارد مرگ و میر) به همراه «بیماری های کروناویروسی با بیماری زایی بالایی به جز سارس و مرس» تحت برنامه تحقیق و توسعه منتشر شده توسط سازمان جهانی بهداشت اولویت بندی شده اند (سازمان جهانی بهداشت، 2018).

     اخیراً کروناویروس نوظهوری (2019-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین از ایالت هوبئی گزارش شده است (سازمان جهانی بهداشت، 2020؛ هوئی و همکاران، 2020) . مجموع 1320 مورد تایید شده و 1965 مورد مشکوک تا 25 ژانویه 2020 گزارش شد که از موارد تایید شده 237 مورد شدیدا بیمار بوده و 41 نفر فوت کردند (سازمان جهانی بهداشت، 2020). اکثر موارد اولیه تماس نزدیک با یک غذای دریایی تازه محلی و بازار حیوانات داشته اند .