دانلود ترجمه مقاله تجزیه و تحلیل تکاملی ژنوم کامل ویروس جدید کرونا (۲۰۱۹-nCoV) (ساینس دایرکت – الزویر ۲۰۲۰)

تجزیه و تحلیل تکاملی ژنوم کامل ویروس جدید کرونا (۲۰۱۹-nCoV) و رد فرضیه ظهور در نتیجه یک رویداد نوترکیبی اخیر

Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event

چکیده

     پیش زمینه: اخیراً کروناویروس نوظهوری (۲۰۱۹-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین گزارش شده است. هدف ما توصیف روابط ژنتیکی کروناویروس نوظهور و جست و جو برای یافتن نوترکیبی‌ مفروض در بین زیرسرده‌ ی ساربکوویروس بوده است. 
روش‌ها: نوترکیبی مفروض با استفاده از برنامه های RDP4 و Simplot نسخه ۳٫۵٫۱ مورد بررسی قرار گرفت و خوشه بندی تبارزایشی نامتجانس در قطعات ژنومی واحد با کمک ارزیابی تبارزاشی و با استفاده از بزرگنمایی بیشینه و روش های بیزی  تایید گردید.
نتایج: ارزیابی ما مطرح کننده آن است که گرچه کروناویروس نوظهور در سراسر ژنوم خود ارتباط نزدیکی با توالی RaTG13 کروناویروس خفاشی دارد (شباهت توالی ۹۶٫۳%)، خوشه بندی نامتجانسی با توالی های کروناویروس های شبه سارس خفاشی (bat-SARS like) از خود نشان می دهد. به ویژه، در بخش ‘۵ دربردارنده ی ۱۱۴۹۸ نوکلئوتید اول و بخش نهایی ‘۳ دربردارنده ی جایگاه‌ های ۳۰۶۹۶-۲۴۳۴۱، کروناویروس نوظهور و RaTG13 با توالی های کروناویروس شبه سارس خفاشی خوشه ی واحدی تشکیل می دهند، درحالیکه در ناحیه ی میانی شامل انتهای ‘۳ ORF1a، ORF1b و تقریبا نیمی از نواحی زوائد گرزی شکل، کروناویروس نوظهور و RaTG13 در دودمان مجزایی با فاصله از کروناویروس خفاشی در درون شاخه ی ساربکوویروس گروه بندی شده اند.
جمع بندی: سطوح شباهت ژنتیکی در بین کروناویروس نوظهور ۲۰۱۹ و RaTG13 بیانگر آن است که دومی نوعِ بخصوصی که عامل همه گیری در انسان هاست را به دست نمی دهد، اما این فرضیه که کروناویروس نوظهور از خفاش ها به وجود آمده است، بسیار محتمل می باشد. ما شواهدی را ارائه می نماییم که مطرح می کند کروناویروس نوظهور (۲۰۱۹-nCoV) موزائیکی نبوده و در دست کم نیمی از ژنوم خود از یک دودمان منحصر به فرد در بتاکروناویروس ها تشکیل شده است. این خصوصیات ژنومی و هم بستگی بالقوه ی آنها با ویژگی های ویروس و بیماری زایی در انسان ها درخور توجه آتی است. 

خانواده ی کروناویریده شامل تعداد زیادی از ویروس هایی است که در طبیعت در پرندگان و پستانداران یافت می گردند (کان و مک‌اینتاش، ۲۰۰۵؛ فر و پرلمن، ۲۰۱۵ ). کروناویروس های انسانی که نخست در دهه ی ۱۹۶۰ توصیف شدند، در ایجاد درصد بالایی از عفونت های تنفسی هم در کودکان و هم در بزرگسالان نقش دارند (کان و مک‌اینتاش، ۲۰۰۵؛ پالز و همکاران، ۲۰۲۰ ).

      از آن پس هردوی کروناویروس های عامل سارس و مرس (به دلیل نرخ های بالای موارد مرگ و میر) به همراه «بیماری های کروناویروسی با بیماری زایی بالایی به جز سارس و مرس» تحت برنامه تحقیق و توسعه منتشر شده توسط سازمان جهانی بهداشت اولویت بندی شده اند (سازمان جهانی بهداشت، ۲۰۱۸).

     اخیراً کروناویروس نوظهوری (۲۰۱۹-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین از ایالت هوبئی گزارش شده است (سازمان جهانی بهداشت، ۲۰۲۰؛ هوئی و همکاران، ۲۰۲۰) . مجموع ۱۳۲۰ مورد تایید شده و ۱۹۶۵ مورد مشکوک تا ۲۵ ژانویه ۲۰۲۰ گزارش شد که از موارد تایید شده ۲۳۷ مورد شدیدا بیمار بوده و ۴۱ نفر فوت کردند (سازمان جهانی بهداشت، ۲۰۲۰). اکثر موارد اولیه تماس نزدیک با یک غذای دریایی تازه محلی و بازار حیوانات داشته اند .