طراحی پرایمر برای PCR کمی و زمان واقعی برای کروناویروس در حال ظهور SARS-CoV-2

Primer design for quantitative real-time PCR for the emerging Coronavirus SARS-CoV-2

چکیده
مقدمه
چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
توالی مرجع و از بین رفتن پرایمرهای SARS-CoV-2
ضرورت طراحی یک توالی مرجع
ایجاد توالی مرجع
ضرورت طراحی پرایمرهای از بین رفته
طراحی پرایمرهای از بین رفته
تجزیه و تحلیل پرایمرهای و کاوشگرهای از قبل گزارش شده
مقایسه ژن های هدف: ژن E، ORF 1 ab و ژن N
بهبود حساسیت تست RT-qPCR
اصول کلی استراتژی طراحی پرایمر/کاوشگر
نتیجه گیری
منابع

چکیده
در دسامبر 2019، یک بیمار کروناویروس جدید (COVID-19) در ووهان چین شیوع پیدا کرد. سندرم کروناویروس-2 حاد تنفسی (SARS-CoV-2) که هفتمین کروناویروس شناخته شده عفونی انسان است، بسیار واگیر بوده و از زمان کشف آن به سرعت در سراسر جهان گسترش یافته است. تست کمی نوکلئیک اسید استانداردی طلایی برای تشخیص و هدایت تصمیمات بالینی با توجه به درمان ضدویروسی است. اگرچه آزمایشات RT-qPCR، SARS-CoV-2 را هدف قرار می دهند دارای چالش هایی نیز هستند، به ویژه در رابطه با طراحی پرایمر. پرایمرها اجزای کلیدی تست RT-qPCR هستند. وقتی جهش ویروسی و بازآرایی رخ می دهد، تشخیص موثر عفونت ویروسی از طریق پرایمرهای RT-qPC موجود دشوار است. برخی پرایمرها و کاوشگرها در وبسایت WHO برای مراجعه وجود دارند. با این وجودف هیچ بررسی سیستماتیکی در مقایسه با پرایمرها و کاوشگرهای گزارش شده از قبل وجود ندارد توضیحی وجود ندارد که پرایمرهای جدید در زمان شیوع آلودگی کرونایروس چطور طراحی می شوند. این مطالعه بر روش و عقلانی بودن نحوه طراحی کاوشگرها و پرایمرها تاکید دارد، و نشان می دهد که چطور حساسیت و اختصاصیت فرایند شناسایی می تواند بهبود پیدا کند. این مطالعه مروری مختصر برای تشخیص صحیح و درمان عفونت کروناویروس جدید مفید است.

چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
در حال حاضر، توالی های ژنی شش کروناویروس شناخته شده منتشر شده است (HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoVHKU1, HCoV-OC43,MERS-CoV, and SARS-CoV) و پرایمرها و کاوشگرها می توانند بر اساس اطلاعات ژنومی موجود طراحی شوند. وقتی یک کروناویروس ناشناخته به طور ناگهانی ظاهر می شود و نوع جدیدی از آلودگی مسری را سبب مب شود، چطور باید واکنش نشان دهیم؟ در چنین شرایطی، طراحی پرایمرهای موثر با اختصاصیت و حساسیت بالا می تواند ارزش بالایی در تشخیص، ردیابی و پیگیری داشته باشد. طراحی پرایمرهای SARS-CoV-2 و کاوشگرها و فرایند تجزیه و تحلیل گام به گام برای تشخیص درست ویروس در شکل 1 نشان داده شده است.

ژانگ و همکاران اولین افرادی بودند که تمام طول توالی ژنومی ویروس SARS-CoV-2 را تعیین کردند (18). در 26 دسامبر، شش روز بعد از وقوع بیماری، یک مرد 41 ساله با تب، سرفه خشک، درد و ضعف به بیمارستان مرکزی ووهان مراجعه کرد. مایع لاواژ برونکوآلوئولار (BALF) برای انجام توالی عمیق رونوشت برداری متا جمع-آوری شد. پرایمرهای مورد استفاده برای RT-qPCR بر اساس کل ژنوم کروناویروس WH-Human 1 طراحی شدند (MN908947). توالی های مرجع مفصل از RNA ویروسی (بانک ژن MN908947) در جدول 1 نشان داده شده است. توالی ژنومی عامل کروناویروس جدید از طریق سازمان جهانی برای به اشتراک گذاشتن همه داده-های آنفلوانزا (GISAID) (http://www. gisaid.org/) از 12 ژوئن 2020 منتشر شد (32). پس از آن تعدادی از سایر توالی های SARS-CoV-2 منتشر شدند. این توالی های یافت شده تقریباً همسان بوند (17).

در یکم ژانویه 2020، کورمان و همکاران، از همبستگی نزدیک بین SARS-CoV-2 و ژنوم های SARS کروناویروس برای تولید مصنوعی توالی 2019-nCoV و ایجاد یک فرایند تشخیص آزمایشگاهی در نبود ویروس جدا شده استفاده کردند (33). در 10 ژانویه 2020، چن و همکاران دو بیماری دارای تب، علائم تنفسی و ارتشاح ریوی در رادیوگرافی قفسه سینه را گزارش کردند که که بیمارستان دانشگاه هونگ کونگ-شنزن کار می کردند. پس از آن، بین 11م تا 15م ژانویه 2020، 5 عضو دیگر از خانواده بیمار برای ارزیابی بالینی به بیمارستان آورده شدند (19). اولین مجموعه از پرایمرها 344 bp از ژن RdRp را در همه کروناویروس های مرتبط با SARS را هدف قرار دادند. سپس، این نمونه های بالیمی مثبت توسط توالی های نانوحفره مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و مجموعه دوم پرایمرها از توالی ژنوم SARS-CoV-2 طراحی شدند و یک ناحیه 158 bp ژن درهم پیچیده (S) این کروناویروس جدید را هدف قرار می دهد (19). علاوه بر این، Won et al پرایمرهایی را بر اساس توالی اولین بیمار آلوده شده با SARS-CoV-2 در کره طراحی کردند (34.35). در 22 ژانویه 2020، توالی بارگیری شده و کروناویروس های سارس، کروناویروس های شبه سارس خفاش، و سایر کرونا ویروس های شاخص در میان اولین توالی عمومی موجود در بانک ژن (شماره ورودی: MN908947) ویرایش و مرتب شدند. دو ناحیه توالی (ORF1b و N) که در میان ساربوکروناویروس ها به شدت حفاظت شده هستند برای طراحی پرایمر و کاوشگر در این مطالعه توسط Chu et al. انتخاب شدند (14). در 14 فوریه 202، 95 توالی ژنومی کامل از سویه های SARS-CoV-2 از پایگاه داده NCBI و GISAID استخراج شدند و یک توالی مرجع منتشر شد. محققان دریافتند که تنوع کل در نواحی ORF پایین بود؛ 13 محل متنوع در نواحی 1a، 1b, S, 3a, M, 8 و N شناسایی شد، در میان این موقعیت ها nt28144 در ORF8 و nt8782 در ORF 1a به ترتیب نشاندهنده نرخ جهش 30.53% (29/95) و 29.47% (28/95) هستند (36). ممکن است جهش های انتخابی در SARS-CoV-2 وجود داشته باشد و لازم است تا از نواحی خاص در زمان طراحی پرایمر و کاوشگر اجتناب شود.

تشخیص مولکولی بهبود یافته کووید 19 با روش جدید، بسیار حساس و اختصاصی COVID-19-RdRp/Hel رونویسی معکوس-PCR در زمان واقعی که در شرایط آزمایشگاهی و با نمونه های بالینی تایید شده است

Improved Molecular Diagnosis of COVID-19 by the Novel, Highly Sensitive and Specific COVID-19-RdRp/Hel Real-Time Reverse Transcription-PCR Assay Validated In Vitro and with Clinical Specimens

چکیده
مواد و روش ها
نتایج
بحث
منابع

چکیده
در 31 دسامبر 2019، سازمان بهداشت جهانی از گروهی از موارد واگیردار ناشی از علل ناشناخته در ووهان چین باخبر شد. ارزیابی های بعدی یک کرونا ویروس جدید را شناسایی کردند که در حال حاضر بر اساس بیماران تحت تاثیر قرارگرفته، سندرم شدید حاد تنفسی کرونا ویروس 2 (SARS-CoV-2) نامگذاری شده است. تشخیص های به شدت حساس و خاص آزمایشگاهی برای کنترل سریع اپیدمی بیماری کرونا ویروس مرتبط با SARS-CoV-2 (COVID-19) حائز اهمیت هستند. در این مطالعه، ما عملکرد سه آزمایش جدید رونویسی معکوس در زمان واقعی-PCR (RT-PCR) را توسعه داده و مقایسه کردیم که هدف آن RNA پلیمراز وابسته به RNA، (RdRp)/helicase (Hel), spike (S) و ژن های نوکلئوکپسید (N) SARS-CoV-2 با موارد گزارش شده در آزمون RdRp-P2 بود که در بیش از 30 آزمایشگاه اروپا مورد استفاده قرار می گیرد. در میان این سه آزمایش جدید، تست COVID-19-RdRp/Hel دارای کمترین حد شناسایی در شرایط in vitro است (1.8 از 50% بافت کشت شده از دزهای آلوده شده [TCID50]/ml با RNA ژنومی و 11.2 واکنش/کپی از RNA در رونویسی in vitro در RNA). در میان 273 نمونه حاصل از 15 بیمار که در آزمایشگاه هونگ کونگ از نظر COVID-19 تایید شدند، 77 مورد (28.2%) آن ها از نظر تست COVID-19-RdRp/Hel و RdRp-P2 مثبت بودند. تست RdRp/Hel کووید19 برای 42 نمونه دیگر RdRp-P2-negative نیز مثبت بود (119/273 (43.6%) در مقابل 77/273 (28.2%)؛ P<0.001)، شامل 120/29 (24.2%) نمونه دستگاه تنفسی و 153/13 (8.5 %) نمونه های غیر از دستگاه تنفسی بوده است. میانگین حجم ویروس در این نمونه ها 3.21 ×104 رونوشت RNA/ml است ( در محدوده 2.21 ×102 تا 4.71 ×105 رونوشت RNA/ml). تست COVID-19-RdRp/Hel واکنش متقابلی با سایر کروناویروس های بیماری زای انسانی و عوامل بیماری زای تنفسی در کشت سلولی و نمونه های بالینی ندارد، در حالی که بین تست RdRp-P2 و SARS-CoV در کشت سلولی واکنش متقابل وجود دارد. تست به شدت حساس و خاص COVID-19-RdRp/Hel ممکن است به بهبود تشخیص آزمایشگاهی COVID-19 کمک کنند.

در 31 دسامبر 2019، سازمان بهداشت جهانی از گروهی از موارد واگیر یک بیماری ناشناخته در ووهان، استان هوبی در چین خبر داد (https://www.who.int/westernpacific/emergencies/covid-19). ارزیابی بعدی نشاندهنده یک کروناویروس جدید است که ارتباط نزدیکی با سندرم حاد تنفسی کرونا ویروس (SARS_CoV) در این بیماران دارد (1-3). این ویروس جدید اخیراً توسط گروه مطالعاتی کروناویروس در انجمن بین المللی رده بندی ویروس ها به نام سندرم حاد تنفسی کروناویروس 2 نامگذاری شده است (4). بیشتر بیماران مبتلا به آلودگی SARS-CoV-2 یا بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) علائمی از تب شدید، درد عضله، سرفه و شواهد رادیولوژی از کدر شدن زمینه شفاف شش خبر می دهند که قابل مقایسه با بیماری ذات الریه است (5-7). با این وجود، موارد بدون علامت یا علامت خفیف نیز گزارش شده است (2، 8-10). ارزیابی های اپیدمیولوژی اولیه نشان داد که بازار خرده فروشی غذاهای دریایی هونان در ووهان به عنوان یک منبع مکانی مرتبط بوده، اما ارزیابی اپیدمیولوژی مفصل بعدی نشان داد که بیش از 45% موارد اخیر با بروز علائم قبل از 1 ژانویه 2020 ارتباطی با این بازار نداشتند (5.11). انتقال فرد به فرد در میان تماس نزدیک خانواده و کارکنان بخش مراقبت بهداشتی، از جمله افرادی که سابقه سفر به ووهان را داشتند، گزارش شد (2، 7، 12، 13). در نتیجه خصوصیات بالینی و ارتباط اپیدمیولوژی با ووهان به تنهایی برای تشخیص COVID-19 قابل اتکا نیست.

مواد و روش ها
ویروس ها و نمونه های بالینی. SARS-CoV-2 از یک بیمار در هنگ کنگ گرفته شد که COVID-19 آن در آزمایشگاه تایید شد (22). جدایه ویروس با یک قطعه اضافی در سلول های VeroE6 تکثیر شد تا یک استوک کاری از ویروس ساخته شود ( 1.8 ×107 یعنی 50% کشت بافت دزهای آلوده [TCID50]/ml). برای ارزیابی اختصاصیت در شرایط in vitro، آرشیو ایزوله های کشت آزمایشگاهی (n=17) در سایر کروناویروس های بیماریزای انسان و ویروس های تنفسی مورد استفاده از دپارتمان میکروبیولوژی دانشگاه هنگ کنگ که پیشتر توضیح داده شده به دست آمدند (23). همه پروتکل های آزمایشگاهی شامل SARS-CoV-2 زنده، SARS-CoV و MERS-CoV بودند که از روش اجرای استاندارد تایید شده در سطح 3 امکانات امنیت زیستی پیروی می کنند که پیشتر توضیح داده شد (24.25). برای ارزیابی بالینی، تعداد 273 نمونه بالینی (120 مورد از دستگاه تنفسی و 153 مورد از غیر دستگاه تنفسی) از 15 بیمار جمع آوری شد که COVID-19 آن ها در آزمایشگاه هنگ کنگ تایید شد که تست نمونه های آسپیرات/سواب، نازوفارنکس، سواب های گلو، و یا نمونه های خلط آن ها برای SARS-CoV-2 RNA از طریق آزمایش RdRp2 مثبت شد (22). علاوه بر این، عصاره نوکلئیک اسید کل در 22 نمونه ذخیره شده (ذخیره در -80 درجه تا زمان مصرف)، آسپیرات های نازوفارنکس/سواب ها و سواب-های گلو از 22 بیمار بالغ جمع آوری شدند که در بیمارستان هنگ کنگ از نظر علائم تنفسی زیاد/یا پایین مدیریت شده و این تست برای سایر عوامل بیماریزای تنفسی FilmArray RP2 مثبت بود (تشخیص BioFire، Salt Lake City, UT, USA) و بر اساس دستورالعمل کارخانه برای ارزیابی پتانسیل واکنش متقابل با سایر عوامل بیماریزای تنفسی در نمونه های بالینی مورد ارزیابی قرار گرفت. این مطالعه توسط بررسی صورت گرفته در دانشگاه هنگ کنگ/مدیریت بیمارستان تایید شد (UW 14-249).

استخراج اسید نوکلئیک. عصاره نوکلئیک اسید (TNA) در نمونه های بالینی و کشت سلول آزمایشگاهی در جدایه های ویروسی با استفاده از سیستم عصاره گیری NucliSENS easyMAG (bioMérieux,Marcy-l’Étoile, France) و بر اساس دستورالعمل کارخانه که پیشتر توضیح داده شده بود، انجام شد (24). حجم نمونه های مصرفی برای استخراج و حجم رقیق سازی به نوع نمونه و مقدار نمونه موجود بستگی دارد. به طور کلی، 250 lµ از نمونه دستگاه تنفسی، نمونه ادرار، سواب روده و مدفوع تحت عصاره گیری با یک حجم رقیق شده 55 lµ قرار گرفت و 100 lµ از هر نمونه پلاسما با حجم رقیق سازی 25 lµ عصاره گیری شد. عصاره حاصل تا زمان مصرف در 80- درجه سانتیگراد ذخیره شد. عصاره مشابه حاصل از هر نمونه برای همه RT-PCRها مورد استفاده قرار گرفت.

بررسی میزان اسید سیالیک تام سرم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون علائم دستگاه گوارشی

Evaluation of serum total sialic acid in moderate COVID-19 patients with and without gastrointestinal tract manifestations

چکیده
1 مقدمه
2 مواد و روش ها
2.1 جامعه انسانی مورد مطالعه
2.2 تعیین مقدار اسید سیالیک تام سرم
2.3 تعیین مقدار الکترولیت های سرم
2.4 تحلیل آماری
3 یافته ها
3.1 داده های دموگرافیکی و بیوشیمیایی بیماران کووید-19 متوسط با و بدون علائم GIT
3.2 مقادیر سرمی TSA در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون علائم GIT
4 بحث
اظهارات نویسندگان
اظهارات اخلاقی
منابع مالی
دسترسی به داده‌ها
بیان تنازع منافع
منابع

چکیده

سابقه و هدف: به خوبی روشن است که SARS-CoV-2 غالبا سیستم تنفسی را آلوده می‌نماید و باعث ایجاد ذات‌الریه می‌شود؛ با این حال، این بیماری همچنین می‌تواند بخش‌ هایی از مجاری گوارشی (GIT) را که پوشانده شده با مخاط دو لایه‌ی غنی از پروتئین های قنددار ختم شده به ریشه‌ی اسید سیالیک است درگیر نماید. بنابراین، این مطالعه با هدف ارزیابی اسید سیالیک تام سرم (TSA) در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط دارای علائم GIT و بدون آن انجام شد.

روش مطالعه: در مجموع 161 بیمار مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون داشتن علائم GIT و 50 گروه کنترل وارد مطالعه ی ما شدند. در حالیکه مقدار الکترولیت های سرم با استفاده از کیت های سنجش تجاری رنگ سنجی یا کدورت ‌سنجی اندازه گیری شد، مقدار TSA سرم با استفاده از کیت تجاری ELISA تعیین گردید.

یافته ها: نتایج ما نشان داد که مقدار سرمی TSA در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط همراه با علائم گوارشی (91/8±43/81) به طور شدیدا معناداری در مقایسه با کنترل (41/6±24/61) یا حتی بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط بدون علائم گوارشی (03/7±46/69) افزایش یافت. تجزیه و تحلیل منحنی ROC مشخص کرد که AUC برای TSA برابر 84/0 با یک حساسیت 2/76 درصدی و اختصاصیت 7/73 درصدی در تمایز بین بیماران کووید-19 متوسط با و بدون عوارض گوارشی بود. مقادیر سدیم و پتاسیم سرمی به طور کاملا معناداری در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط همراه با عوارض گوارشی نسبت به کنترل یا حتی بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط بدون عوارض گوارشی کاهش نشان داد؛ با این حال، مقدار سرمی کلسیم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط همراه با عوارض گوارشی فقط نسبت به کنترل کاهش داشت.

نتیجه‌ گیری: در نهایت، استنتاج می‌شود که SA نقش مهمی در ایجاد عوارض گوارشی مرتبط با کووید-19 دارد و می‌تواند یک نشانگر زیستی بالقوه برای عارضه ی گوارشی در این بیماری باشد.

4 بحث

ما در رابطه با پاتوژنز کووید-19، در مطالعه‌ی قبلی خود (Haroun و همکاران، a,b2021) نشان دادیم که مقادیر پروتئین 10کیلودالتونی القا شده با اینترفرون گاما (IP-10)، سرم آمیلوئید A (SAA) و miRNA-155 در بیماران مبتلا به کووید-19 افزایش می‌یافت. در مطالعه‌ی حاضر، هدف ما اندازه‌گیری TSA سرم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط دارای علائم گوارشی و بدون آن بود تا نقش‌ اسیدسیالیک تام سرم را در پاتوژنز بیماری کووید-19 و عوارض گوارشی ناشی از آن بررسی کند. نتایج ما نشان داد که میانگین مقادیر TSA در بین بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط دارای علائم گوارشی در مقایسه با گروه شاهد یا حتی بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط بدون علائم گوارشی به طور معناداری افزایش می‌یافت.

Abstract

Background It is known that SARS-CoV-2 mostly infects the respiratory system causing pneumonia; although it can also affect the gastrointestinal tract (GIT), which covered with a bi-layer of mucus rich in glycosylated proteins that terminated by sialic acid. Therefore; this study aimed to evaluate serum total sialic acid (TSA) in moderate COVID-19 patients with and without GIT manifestations.

Methods A total of 161 moderate COVID-19 patients without and with GIT manifestations and 50 controls were enrolled into our study. Serum electrolytes levels were measured by using colorimetric or turbidmetric commercial assay kits, while the level of serum TSA was measured by using a commercial ELISA kit.

Results Our results showed that serum TSA level was highly significantly increased in moderate COVID-19 patients with GIT manifestations (81.43 ± 8.91) when compared with controls (61.24 ± 6.41) or even moderate COVID-19 patients without GIT manifestations (69.46 ± 7.03). ROC curve analysis showed that AUC for TSA is 0.84 with 76.2 % sensitivity and 73.7 % specificity in discrimination between moderate COVID-19 patients with and without GIT manifestations. Serum potassium and sodium levels were highly significantly decreased in moderate COVID-19 patients with GIT manifestations when compared with controls or even moderate COVID-19 patients without GIT manifestations; while serum calcium level was found to be significantly decreased in moderate COVID-19 patients with GIT manifestations when compared with controls.

Conclusion Finally, we can conclude that SA plays a crucial role in the pathogenesis of GIT complications associated with COVID-19 and could be a potential biomarker for the COVID-19 gastrointestinal complications.

4 Discussion

Authors concerning mainly with the pathogenesis of COVID-19, as our previous work (Haroun et al., 2021a,b) showed that the increased levels of interferon-γ-induced protein-10 (IP-10), serum amyloid A (SAA), and miRNA-155 among COVID-19 patients. Here, we intended to measure serum TSA in moderate COVID-19 patients with and without GIT manifestations to investigate its roles in the pathogenesis of COVID-19 disease and its GIT complications. Our results revealed that the mean levels of TSA were significantly increased among moderate COVID-19 patients with GIT manifestations as compared with controls or even with mild COVID-19 patients without GIT manifestations.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

بررسی میزان اسید سیالیک تام سرم در بیماران مبتلا به کووید-19 متوسط با و بدون علائم دستگاه گوارشی

Evaluation of serum total sialic acid in moderate COVID-19 patients with and without gastrointestinal tract manifestations

تجزیه و تحلیل تکاملی ژنوم کامل ویروس جدید کرونا (2019-nCoV) و رد فرضیه ظهور در نتیجه یک رویداد نوترکیبی اخیر

Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event

چکیده

     پیش زمینه: اخیراً کروناویروس نوظهوری (2019-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین گزارش شده است. هدف ما توصیف روابط ژنتیکی کروناویروس نوظهور و جست و جو برای یافتن نوترکیبی‌ مفروض در بین زیرسرده‌ ی ساربکوویروس بوده است. 
روش‌ها: نوترکیبی مفروض با استفاده از برنامه های RDP4 و Simplot نسخه 3.5.1 مورد بررسی قرار گرفت و خوشه بندی تبارزایشی نامتجانس در قطعات ژنومی واحد با کمک ارزیابی تبارزاشی و با استفاده از بزرگنمایی بیشینه و روش های بیزی  تایید گردید.
نتایج: ارزیابی ما مطرح کننده آن است که گرچه کروناویروس نوظهور در سراسر ژنوم خود ارتباط نزدیکی با توالی RaTG13 کروناویروس خفاشی دارد (شباهت توالی 96.3%)، خوشه بندی نامتجانسی با توالی های کروناویروس های شبه سارس خفاشی (bat-SARS like) از خود نشان می دهد. به ویژه، در بخش ‘5 دربردارنده ی 11498 نوکلئوتید اول و بخش نهایی ‘3 دربردارنده ی جایگاه‌ های 30696-24341، کروناویروس نوظهور و RaTG13 با توالی های کروناویروس شبه سارس خفاشی خوشه ی واحدی تشکیل می دهند، درحالیکه در ناحیه ی میانی شامل انتهای ‘3 ORF1a، ORF1b و تقریبا نیمی از نواحی زوائد گرزی شکل، کروناویروس نوظهور و RaTG13 در دودمان مجزایی با فاصله از کروناویروس خفاشی در درون شاخه ی ساربکوویروس گروه بندی شده اند.
جمع بندی: سطوح شباهت ژنتیکی در بین کروناویروس نوظهور 2019 و RaTG13 بیانگر آن است که دومی نوعِ بخصوصی که عامل همه گیری در انسان هاست را به دست نمی دهد، اما این فرضیه که کروناویروس نوظهور از خفاش ها به وجود آمده است، بسیار محتمل می باشد. ما شواهدی را ارائه می نماییم که مطرح می کند کروناویروس نوظهور (2019-nCoV) موزائیکی نبوده و در دست کم نیمی از ژنوم خود از یک دودمان منحصر به فرد در بتاکروناویروس ها تشکیل شده است. این خصوصیات ژنومی و هم بستگی بالقوه ی آنها با ویژگی های ویروس و بیماری زایی در انسان ها درخور توجه آتی است. 

خانواده ی کروناویریده شامل تعداد زیادی از ویروس هایی است که در طبیعت در پرندگان و پستانداران یافت می گردند (کان و مک‌اینتاش، 2005؛ فر و پرلمن، 2015 ). کروناویروس های انسانی که نخست در دهه ی 1960 توصیف شدند، در ایجاد درصد بالایی از عفونت های تنفسی هم در کودکان و هم در بزرگسالان نقش دارند (کان و مک‌اینتاش، 2005؛ پالز و همکاران، 2020 ).

      از آن پس هردوی کروناویروس های عامل سارس و مرس (به دلیل نرخ های بالای موارد مرگ و میر) به همراه «بیماری های کروناویروسی با بیماری زایی بالایی به جز سارس و مرس» تحت برنامه تحقیق و توسعه منتشر شده توسط سازمان جهانی بهداشت اولویت بندی شده اند (سازمان جهانی بهداشت، 2018).

     اخیراً کروناویروس نوظهوری (2019-nCoV) در ارتباط با انتقال انسان به انسان و عفونت شدید در انسان ها در شهر ووهان چین از ایالت هوبئی گزارش شده است (سازمان جهانی بهداشت، 2020؛ هوئی و همکاران، 2020) . مجموع 1320 مورد تایید شده و 1965 مورد مشکوک تا 25 ژانویه 2020 گزارش شد که از موارد تایید شده 237 مورد شدیدا بیمار بوده و 41 نفر فوت کردند (سازمان جهانی بهداشت، 2020). اکثر موارد اولیه تماس نزدیک با یک غذای دریایی تازه محلی و بازار حیوانات داشته اند .

جلوگیری از عفونت های محل جراحی مربوط به درن های شکمی در بخش مراقبت های ویژه

Preventing Surgical Site Infections Related to Abdominal Drains in the Intensive Care Unit

پیش زمینه
مداخلات مربوط به پیشگیری از SSI
اقدامات احتیاطی استاندارد
سرکوب پیشگیری کننده استافیلوکوک اورئوس
ارزیابی تخلیه پس از جراحی
انتخاب پانسمان تخلیه پس از جراحی
حفظ وضوح تخلیه
تراز کردن کاتتر تخلیه
حفظ فشار منفی لامپ های جمع آوری
خالی کردن لوله فشار
پیشگیری از پیچ خوردگی
ارزیابی تخلیه
خالی کردن مخزن تخلیه
علائم قطع کاتتر تخلیه
نتیجه گیری
منابع

عفونت های محل جراحی در عفونت های مرتبط با مراقبت های بهداشتی نقش مهمی دارند. مداخلات پرستاری می توانند به کاهش شیوع عفونت های محل جراحی کمک کنند، به خصوص در رابطه با مدیریت تخلیه شکمی پس از جراحی. این راهنمای جامع که از ادبیات مبتنی بر شواهد گرد آوری شده است، برای پرستاران و استفاده آن ها در جهت کاهش عفونت های جراحی ثانویه در تخلیه شکمی پس از جراحی در نظر گرفته شده است. این مقاله بر مدیریت تخلیه در بیماران واحد مراقبت های ویژه متمرکز است، که به دلیل وضعیت ایمنی ضعیف خود، در معرض خطر ابتلا به عفونت قرار دارند (پرستار مراقبت های ویژه، 2018؛ 38 [4]: 20-26).

عفونت های مرتبط با مراقبت های بهداشتی (HAIs) منجر به افزایش مدت زمان اقامت در بیمارستان، افزایش هزینه های پزشکی، و عوارض کم تر برای بیمار می شوند. مطالعات مبتنی بر شواهد نشان داده اند که مداخلات پرستاری به کاهش شیوع HAI کمک می کنند. به عنوان مثال، از سال 2008، کمپین «اسکراب دی هاب» به 50 درصد کاهش در عفونت های خونی مرتبط با کاتتر مرکزی کمک کرده است (CLABSIs).

نتیجه گیری 

برای کاهش موثر خطر بروز SSI مربوط به تخلیه شکمی، یک ارزیابی دقیق، حفظ تخلیه عادی، و ارتباط با ارائه دهنده مراقبت های بهداشتی در مورد علائم قطع کاتتر تخلیه باید انجام شود. هرچند بسیاری از این اقدامات در طول ارزیابی شیفت رخ می دهند، حفظ تخلیه یک فرآیند مداوم است که باید توسط پرستار کنترل شود، حتی در میان بیماران بی تحرک در بخش  ICU. با دنبال کردن دستورالعمل های مورد بحث در این مقاله، پرستاران مراقبت های ویژه می توانند اطمینان حاصل کنند که حتی بیشتر بیماران دارای ایمنی ضعیف، به SSI مربوط به تخلیه های شکمی پس از جراحی دچار نیستند.

Surgical site infections are signifi cant contributors to health care–associated infections. Nursing interventions may help decrease the incidence of surgical site infections, particularly in regards to the management of postsurgical abdominal drains. This comprehensive guide, compiled from evidence-based practice literature, is intended for nurses to use to reduce surgical site infections secondary to postsurgical abdominal drains. This article focuses on drain management in intensive care unit patients, who are at risk for infection because of their immunocompromised state.

Health care–associated infections (HAIs) result in lengthened hospital stays, increased medical costs, and poorer patient outcomes.1 Studies of evidence-based practice have shown that nursing interventions help reduce the incidence of HAIs. For example, since 2008 the “Scrub the Hub” campaign has contributed to a 50% reduction in central catheter–associated bloodstream infections (CLABSIs).2,3

Conclusion

To effectively decrease the patient’s risk of developing an SSI related to abdominal drains, a thorough assessment, routine drain maintenance, and communication with the provider regarding indications for discontinuing the drainage catheter should be performed. Although many of these actions occur during the shift assessment, drain maintenance is a continual process that requires vigilance by the nurse, even among immobile patients in the ICU. By following the guidelines discussed in this article, critical care nurses can ensure that even the most immunocompromised ICU patients remain free of SSIs related to postsurgical abdominal drains.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

جلوگیری از عفونت های محل جراحی مربوط به درن های شکمی در بخش مراقبت های ویژه

Preventing Surgical Site Infections Related to Abdominal Drains in the Intensive Care Unit

نقش میکروب های بی هوازی در جوامع پلی میکروبی و بیوفیلم های پیچیده زخم پای افراد دیابتی

Role of anaerobes in polymicrobial communities and biofilms complicating diabetic foot ulcers

1 مقدمه
1.1 باکتری شناسیDFU، چشم انداز اطلاعات مربوط به کشت
1.2 پیشرفت در روش های ژنومی مولکولی برای تشریح میکروب های DFU
1.3 زیست لایه : مامن میکروبی که امکان همزیستی بین باکتری های هوازی و بی هوازی را فراهم می آورد
1.4مواد بی هوازی در زیست لایه های زخم های چند گونه ای
1.5 ترکیب میکرو ارگان های هوازی و بی هوازی
1.6 آیا وجود مواد بی هوازی نیازمند تغییر در اقدامات بالینی می باشد؟
2 نتیجه گیری
منابع

بافت های عفونی در پای افراد مبتلا به دیابت به شکل زخم پای دیابت (DFU) نشان دهنده یک پاتولوژی پیچیده جهت مدیریت برای پزشکان هستند. دلیل این پیچیدگی تا حدودی با ماهیت چند فاکتوری بودن بیماری در ارتباط است که می تواند در بر گیرنده موارد زیر باشد: تغییر طرح پا که منجر به افزایش فشار کف پا و نیروهای  مرتبط با بیماری شریانی و کاهش حس حفاظت از بافت می شود. به علاوه، با توجه به متغیرهای ذکر شده در بالا، می توان متوجه شد که وضعیت درمان تاخیری زخم تواند با وجود میکروارگانیسم های موجود در بافت زخمی در ارتباط باشد. در میکروبیولوژی، DFU مزمن به عنوان بیماری چند میکروبی تعریف شده است. نکته جالب، وجود و نقش احتمالی میکروارگان های هوازی در پاتولوژی DFU و چگونگی ارتباط آن با فرایند عفونی یا تاخیر درمان است. وجود عفونت هوازی در DFU به خوبی ارزیابی نشده اند که دلیل عمده آن وجود محدودیت در روشهای کشت قدیمی برای شناسایی آنها از نمونه ها می باشد. پیشرفت در تکنیک های مولکولی و میکروسکوپی باعث افزایش چشم انداز ما از میکروب های زخم و مشاهده رشد و رفتار (پلانکتونیک یا زیست لایه) موقعیت های میکرو ارگانیسم ها می شود. این مقاله وجود شواهد مربوط به نقش و اهمیت میکروب های هوازی در DFU و عفونت را بررسی می کند. تاکید ما در این مقاله معطوف بر بررسی پیشرفت های اخیر در ژن شناسی مولکولی و تکنیک های میکروسکوپی برای ارزیابی بهتر نقش باکتری های غیرهوازی در DFU مزمن و مراقبت زخم های زیست لایه می باشد.

1 مقدمه

دلیل زخم های پای دیابت (DFU) دارای ماهیت چند فاکتوری می باشد. این فاکتورها می توانند شامل وجود بیماری آوندی جانبی، اختلالات عصبی و برخی از تومورهایی باشند که می توانند به پوست صدمه وارد کنند. زمانی که پوست شکاف می خورد، ساختارهای زیرین پوست و بافت های نرم در معرض میکرو ارگانیسم های پلانکتونی یا پاتوژن های فرصت طلب قرار می گیرند. DFU نشانگر محیطی ایده آل برای ماندگاری میکروارگان ها می باشد، زیرا مکانی گرم، مرطوب و مغذی می باشد و این مطلب در شرایطی بیشتر روی می دهد که بافت جراحت و زخم داشته باشد. وقتی که این عامل با ویژگی های دیگر تغییر فعالیت ایمنی ترکیب شود (1)، می تواند بیانگر این مطلب باشد که چرا این زخم ها بر خلاف مراقبت های بهینه مدت زمان طولانی ماندگار هستند.

2 نتیجه گیری

در حالیکه وجود میکروارگانیسم های دارای ماهیت چند میکروبی در DFU مشهود است، اما شکاف اطلاعاتی گسترده ای در مورد تاثیر باکتری بی هوازی در زخم های مزمن DFu  و به طور کل در زخم های مزمن وجود دارد. دلیل وجود این شکاف می تواند وجود روشهای مختلف در تجزیه میکروب های بی هوازی باشد. آنچه شایان ذکر است وجود شواهدی است که تائید کننده وجود تعاملات ترکیبی بین موجودات هوازی و بی هوازی در زیست لایه ها می باشند. به هر حال، علیرغم اینکه تحقیقات کمی وجود دارند که وجود زیست لایه ها در زخم های مزمن را تائید می کنند، اما بعضی از روش های میکروبیولوژیکی و روش های مولکولی اطلاعاتی را در مورد ساختار زیست لایه های چند میکروبی در DFU ارائه نمی کنند. طراحی فیزیکی قدیمی زیست لایه در زیست لایه های منطقه ای مشاهده شده است، از این رو ساختارهای قارچی در زیست لایه ها در نظر گرفته نشده اند. متعاقبا، بررسی و مطالعه ویژگی های فیزیکی و شیمیایی ” ماندگاری” زیست لایه ها همچنان چالش مهمی است. متقابلا، تفاسیر و بررسی های انجام شده از زیست لایه ها کمک شایانی به افزایش اطلاعات مفید برای مدیریت و بررسی زیست لایه هایدارای اهمیت در حوزه سلامت عمومی می کنند.

Infected tissues in the feet of people with diabetes in the form of a diabetic foot ulcer (DFU) present a complex pathology for clinicians to manage. This is partly attributed to the multi-factorial nature of the disease, which may include; altered foot architecture leading to excessive plantar pressures and frictional forces peripheral arterial disease and loss of protective sensation. In addition, to the above comorbid variables, it is understood that a delayed wound healing state may be perpetuated by the presence of microorganisms residing in the wound tissue. The microbiology of chronic DFUs has often been reported as being polymicrobial. Of growing interest is the presence and potential role of anaerobic microorganisms in the pathology of DFUs and how they may contribute to the infective process or delayed healing. The presence of anaerobes in DFUs has been greatly underestimated, largely due to the limitations of conventional culture methods in identifying them from samples. Advancements in molecular and microscopy techniques have extended our view of the wound microbiome in addition to observing the growth and behaviour (planktonic or biofilm) of microorganisms in situ. This review paper will reflect on the evidence for the role and significance of anaerobes in DFUs and infection. A focus of this review will be to explore recent advancements in molecular genomics and microscopy techniques in order to better assess the roles of anaerobic bacteria in chronic DFUs and in biofilm-based wound care.

1 INTRODUCTION

The causality of a diabetic foot ulcer (DFU) is considered multi-factorial in origin. Such factors can include peripheral vascular disease, peripheral neuropathy and some form of trauma which may inflict damage to the skin. Once the skin is breached underlying structures of the skin and soft tissue are exposed to planktonic commensal microorganisms or opportunistic pathogens. DFUs present an ideal environment for harbouring microorganisms as they offer a warm, moist and nutritive home especially if devitalized tissue is present in the wound bed. When this is combined with several aspects of altered immunologic function,1 it may explain why some bacterial infections in people with diabetes persist despite optimal care.

2 CONCLUSION

Whilst the presence of microorganisms of a polymicrobial nature in DFUs is clearly evident there is still a large gap in knowledge over the distinct effect of anaerobic bacteria in the chronicity of DFUs and chronic wounds in general. This in part may be due to the varying methods of anaerobic microbiological isolation and evaluation and the models which are employed. What is intriguing is the evidence that supports the synergistic interactions between anaerobes and aerobes within in vitro biofilms. However, despite there being a small number of papers that identify the presence of biofilms within chronic wounds basic microbiological methods and even some molecular methods do not give us insight into the structure of a polymicrobial biofilm within these DFUs. The traditional physical architecture of a biofilm observed within in vitro biofilms, that is, mushroom structures are not considered to be found within in vivo biofilms. Consequently, studying and investigating the physical and chemical characteristics of “true to life” biofilms still remains a significant challenge. Despite this, our interpretations and extrapolations from in vitro biofilms has helped significantly to begin to develop information that is assisting with the management and study of biofilms of public health significance.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

نقش میکروب های بی هوازی در جوامع پلی میکروبی و بیوفیلم های پیچیده زخم پای افراد دیابتی

Role of anaerobes in polymicrobial communities and biofilms complicating diabetic foot ulcers