طراحی پرایمر برای PCR کمی و زمان واقعی برای کروناویروس در حال ظهور SARS-CoV-2

Primer design for quantitative real-time PCR for the emerging Coronavirus SARS-CoV-2

چکیده
مقدمه
چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
توالی مرجع و از بین رفتن پرایمرهای SARS-CoV-2
ضرورت طراحی یک توالی مرجع
ایجاد توالی مرجع
ضرورت طراحی پرایمرهای از بین رفته
طراحی پرایمرهای از بین رفته
تجزیه و تحلیل پرایمرهای و کاوشگرهای از قبل گزارش شده
مقایسه ژن های هدف: ژن E، ORF 1 ab و ژن N
بهبود حساسیت تست RT-qPCR
اصول کلی استراتژی طراحی پرایمر/کاوشگر
نتیجه گیری
منابع

چکیده
در دسامبر 2019، یک بیمار کروناویروس جدید (COVID-19) در ووهان چین شیوع پیدا کرد. سندرم کروناویروس-2 حاد تنفسی (SARS-CoV-2) که هفتمین کروناویروس شناخته شده عفونی انسان است، بسیار واگیر بوده و از زمان کشف آن به سرعت در سراسر جهان گسترش یافته است. تست کمی نوکلئیک اسید استانداردی طلایی برای تشخیص و هدایت تصمیمات بالینی با توجه به درمان ضدویروسی است. اگرچه آزمایشات RT-qPCR، SARS-CoV-2 را هدف قرار می دهند دارای چالش هایی نیز هستند، به ویژه در رابطه با طراحی پرایمر. پرایمرها اجزای کلیدی تست RT-qPCR هستند. وقتی جهش ویروسی و بازآرایی رخ می دهد، تشخیص موثر عفونت ویروسی از طریق پرایمرهای RT-qPC موجود دشوار است. برخی پرایمرها و کاوشگرها در وبسایت WHO برای مراجعه وجود دارند. با این وجودف هیچ بررسی سیستماتیکی در مقایسه با پرایمرها و کاوشگرهای گزارش شده از قبل وجود ندارد توضیحی وجود ندارد که پرایمرهای جدید در زمان شیوع آلودگی کرونایروس چطور طراحی می شوند. این مطالعه بر روش و عقلانی بودن نحوه طراحی کاوشگرها و پرایمرها تاکید دارد، و نشان می دهد که چطور حساسیت و اختصاصیت فرایند شناسایی می تواند بهبود پیدا کند. این مطالعه مروری مختصر برای تشخیص صحیح و درمان عفونت کروناویروس جدید مفید است.

چند مطالعه در رابطه با فرایند تشخیص SARS-CoV-2
در حال حاضر، توالی های ژنی شش کروناویروس شناخته شده منتشر شده است (HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoVHKU1, HCoV-OC43,MERS-CoV, and SARS-CoV) و پرایمرها و کاوشگرها می توانند بر اساس اطلاعات ژنومی موجود طراحی شوند. وقتی یک کروناویروس ناشناخته به طور ناگهانی ظاهر می شود و نوع جدیدی از آلودگی مسری را سبب مب شود، چطور باید واکنش نشان دهیم؟ در چنین شرایطی، طراحی پرایمرهای موثر با اختصاصیت و حساسیت بالا می تواند ارزش بالایی در تشخیص، ردیابی و پیگیری داشته باشد. طراحی پرایمرهای SARS-CoV-2 و کاوشگرها و فرایند تجزیه و تحلیل گام به گام برای تشخیص درست ویروس در شکل 1 نشان داده شده است.

ژانگ و همکاران اولین افرادی بودند که تمام طول توالی ژنومی ویروس SARS-CoV-2 را تعیین کردند (18). در 26 دسامبر، شش روز بعد از وقوع بیماری، یک مرد 41 ساله با تب، سرفه خشک، درد و ضعف به بیمارستان مرکزی ووهان مراجعه کرد. مایع لاواژ برونکوآلوئولار (BALF) برای انجام توالی عمیق رونوشت برداری متا جمع-آوری شد. پرایمرهای مورد استفاده برای RT-qPCR بر اساس کل ژنوم کروناویروس WH-Human 1 طراحی شدند (MN908947). توالی های مرجع مفصل از RNA ویروسی (بانک ژن MN908947) در جدول 1 نشان داده شده است. توالی ژنومی عامل کروناویروس جدید از طریق سازمان جهانی برای به اشتراک گذاشتن همه داده-های آنفلوانزا (GISAID) (http://www. gisaid.org/) از 12 ژوئن 2020 منتشر شد (32). پس از آن تعدادی از سایر توالی های SARS-CoV-2 منتشر شدند. این توالی های یافت شده تقریباً همسان بوند (17).

در یکم ژانویه 2020، کورمان و همکاران، از همبستگی نزدیک بین SARS-CoV-2 و ژنوم های SARS کروناویروس برای تولید مصنوعی توالی 2019-nCoV و ایجاد یک فرایند تشخیص آزمایشگاهی در نبود ویروس جدا شده استفاده کردند (33). در 10 ژانویه 2020، چن و همکاران دو بیماری دارای تب، علائم تنفسی و ارتشاح ریوی در رادیوگرافی قفسه سینه را گزارش کردند که که بیمارستان دانشگاه هونگ کونگ-شنزن کار می کردند. پس از آن، بین 11م تا 15م ژانویه 2020، 5 عضو دیگر از خانواده بیمار برای ارزیابی بالینی به بیمارستان آورده شدند (19). اولین مجموعه از پرایمرها 344 bp از ژن RdRp را در همه کروناویروس های مرتبط با SARS را هدف قرار دادند. سپس، این نمونه های بالیمی مثبت توسط توالی های نانوحفره مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و مجموعه دوم پرایمرها از توالی ژنوم SARS-CoV-2 طراحی شدند و یک ناحیه 158 bp ژن درهم پیچیده (S) این کروناویروس جدید را هدف قرار می دهد (19). علاوه بر این، Won et al پرایمرهایی را بر اساس توالی اولین بیمار آلوده شده با SARS-CoV-2 در کره طراحی کردند (34.35). در 22 ژانویه 2020، توالی بارگیری شده و کروناویروس های سارس، کروناویروس های شبه سارس خفاش، و سایر کرونا ویروس های شاخص در میان اولین توالی عمومی موجود در بانک ژن (شماره ورودی: MN908947) ویرایش و مرتب شدند. دو ناحیه توالی (ORF1b و N) که در میان ساربوکروناویروس ها به شدت حفاظت شده هستند برای طراحی پرایمر و کاوشگر در این مطالعه توسط Chu et al. انتخاب شدند (14). در 14 فوریه 202، 95 توالی ژنومی کامل از سویه های SARS-CoV-2 از پایگاه داده NCBI و GISAID استخراج شدند و یک توالی مرجع منتشر شد. محققان دریافتند که تنوع کل در نواحی ORF پایین بود؛ 13 محل متنوع در نواحی 1a، 1b, S, 3a, M, 8 و N شناسایی شد، در میان این موقعیت ها nt28144 در ORF8 و nt8782 در ORF 1a به ترتیب نشاندهنده نرخ جهش 30.53% (29/95) و 29.47% (28/95) هستند (36). ممکن است جهش های انتخابی در SARS-CoV-2 وجود داشته باشد و لازم است تا از نواحی خاص در زمان طراحی پرایمر و کاوشگر اجتناب شود.

تشخیص مولکولی بهبود یافته کووید 19 با روش جدید، بسیار حساس و اختصاصی COVID-19-RdRp/Hel رونویسی معکوس-PCR در زمان واقعی که در شرایط آزمایشگاهی و با نمونه های بالینی تایید شده است

Improved Molecular Diagnosis of COVID-19 by the Novel, Highly Sensitive and Specific COVID-19-RdRp/Hel Real-Time Reverse Transcription-PCR Assay Validated In Vitro and with Clinical Specimens

چکیده
مواد و روش ها
نتایج
بحث
منابع

چکیده
در 31 دسامبر 2019، سازمان بهداشت جهانی از گروهی از موارد واگیردار ناشی از علل ناشناخته در ووهان چین باخبر شد. ارزیابی های بعدی یک کرونا ویروس جدید را شناسایی کردند که در حال حاضر بر اساس بیماران تحت تاثیر قرارگرفته، سندرم شدید حاد تنفسی کرونا ویروس 2 (SARS-CoV-2) نامگذاری شده است. تشخیص های به شدت حساس و خاص آزمایشگاهی برای کنترل سریع اپیدمی بیماری کرونا ویروس مرتبط با SARS-CoV-2 (COVID-19) حائز اهمیت هستند. در این مطالعه، ما عملکرد سه آزمایش جدید رونویسی معکوس در زمان واقعی-PCR (RT-PCR) را توسعه داده و مقایسه کردیم که هدف آن RNA پلیمراز وابسته به RNA، (RdRp)/helicase (Hel), spike (S) و ژن های نوکلئوکپسید (N) SARS-CoV-2 با موارد گزارش شده در آزمون RdRp-P2 بود که در بیش از 30 آزمایشگاه اروپا مورد استفاده قرار می گیرد. در میان این سه آزمایش جدید، تست COVID-19-RdRp/Hel دارای کمترین حد شناسایی در شرایط in vitro است (1.8 از 50% بافت کشت شده از دزهای آلوده شده [TCID50]/ml با RNA ژنومی و 11.2 واکنش/کپی از RNA در رونویسی in vitro در RNA). در میان 273 نمونه حاصل از 15 بیمار که در آزمایشگاه هونگ کونگ از نظر COVID-19 تایید شدند، 77 مورد (28.2%) آن ها از نظر تست COVID-19-RdRp/Hel و RdRp-P2 مثبت بودند. تست RdRp/Hel کووید19 برای 42 نمونه دیگر RdRp-P2-negative نیز مثبت بود (119/273 (43.6%) در مقابل 77/273 (28.2%)؛ P<0.001)، شامل 120/29 (24.2%) نمونه دستگاه تنفسی و 153/13 (8.5 %) نمونه های غیر از دستگاه تنفسی بوده است. میانگین حجم ویروس در این نمونه ها 3.21 ×104 رونوشت RNA/ml است ( در محدوده 2.21 ×102 تا 4.71 ×105 رونوشت RNA/ml). تست COVID-19-RdRp/Hel واکنش متقابلی با سایر کروناویروس های بیماری زای انسانی و عوامل بیماری زای تنفسی در کشت سلولی و نمونه های بالینی ندارد، در حالی که بین تست RdRp-P2 و SARS-CoV در کشت سلولی واکنش متقابل وجود دارد. تست به شدت حساس و خاص COVID-19-RdRp/Hel ممکن است به بهبود تشخیص آزمایشگاهی COVID-19 کمک کنند.

در 31 دسامبر 2019، سازمان بهداشت جهانی از گروهی از موارد واگیر یک بیماری ناشناخته در ووهان، استان هوبی در چین خبر داد (https://www.who.int/westernpacific/emergencies/covid-19). ارزیابی بعدی نشاندهنده یک کروناویروس جدید است که ارتباط نزدیکی با سندرم حاد تنفسی کرونا ویروس (SARS_CoV) در این بیماران دارد (1-3). این ویروس جدید اخیراً توسط گروه مطالعاتی کروناویروس در انجمن بین المللی رده بندی ویروس ها به نام سندرم حاد تنفسی کروناویروس 2 نامگذاری شده است (4). بیشتر بیماران مبتلا به آلودگی SARS-CoV-2 یا بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) علائمی از تب شدید، درد عضله، سرفه و شواهد رادیولوژی از کدر شدن زمینه شفاف شش خبر می دهند که قابل مقایسه با بیماری ذات الریه است (5-7). با این وجود، موارد بدون علامت یا علامت خفیف نیز گزارش شده است (2، 8-10). ارزیابی های اپیدمیولوژی اولیه نشان داد که بازار خرده فروشی غذاهای دریایی هونان در ووهان به عنوان یک منبع مکانی مرتبط بوده، اما ارزیابی اپیدمیولوژی مفصل بعدی نشان داد که بیش از 45% موارد اخیر با بروز علائم قبل از 1 ژانویه 2020 ارتباطی با این بازار نداشتند (5.11). انتقال فرد به فرد در میان تماس نزدیک خانواده و کارکنان بخش مراقبت بهداشتی، از جمله افرادی که سابقه سفر به ووهان را داشتند، گزارش شد (2، 7، 12، 13). در نتیجه خصوصیات بالینی و ارتباط اپیدمیولوژی با ووهان به تنهایی برای تشخیص COVID-19 قابل اتکا نیست.

مواد و روش ها
ویروس ها و نمونه های بالینی. SARS-CoV-2 از یک بیمار در هنگ کنگ گرفته شد که COVID-19 آن در آزمایشگاه تایید شد (22). جدایه ویروس با یک قطعه اضافی در سلول های VeroE6 تکثیر شد تا یک استوک کاری از ویروس ساخته شود ( 1.8 ×107 یعنی 50% کشت بافت دزهای آلوده [TCID50]/ml). برای ارزیابی اختصاصیت در شرایط in vitro، آرشیو ایزوله های کشت آزمایشگاهی (n=17) در سایر کروناویروس های بیماریزای انسان و ویروس های تنفسی مورد استفاده از دپارتمان میکروبیولوژی دانشگاه هنگ کنگ که پیشتر توضیح داده شده به دست آمدند (23). همه پروتکل های آزمایشگاهی شامل SARS-CoV-2 زنده، SARS-CoV و MERS-CoV بودند که از روش اجرای استاندارد تایید شده در سطح 3 امکانات امنیت زیستی پیروی می کنند که پیشتر توضیح داده شد (24.25). برای ارزیابی بالینی، تعداد 273 نمونه بالینی (120 مورد از دستگاه تنفسی و 153 مورد از غیر دستگاه تنفسی) از 15 بیمار جمع آوری شد که COVID-19 آن ها در آزمایشگاه هنگ کنگ تایید شد که تست نمونه های آسپیرات/سواب، نازوفارنکس، سواب های گلو، و یا نمونه های خلط آن ها برای SARS-CoV-2 RNA از طریق آزمایش RdRp2 مثبت شد (22). علاوه بر این، عصاره نوکلئیک اسید کل در 22 نمونه ذخیره شده (ذخیره در -80 درجه تا زمان مصرف)، آسپیرات های نازوفارنکس/سواب ها و سواب-های گلو از 22 بیمار بالغ جمع آوری شدند که در بیمارستان هنگ کنگ از نظر علائم تنفسی زیاد/یا پایین مدیریت شده و این تست برای سایر عوامل بیماریزای تنفسی FilmArray RP2 مثبت بود (تشخیص BioFire، Salt Lake City, UT, USA) و بر اساس دستورالعمل کارخانه برای ارزیابی پتانسیل واکنش متقابل با سایر عوامل بیماریزای تنفسی در نمونه های بالینی مورد ارزیابی قرار گرفت. این مطالعه توسط بررسی صورت گرفته در دانشگاه هنگ کنگ/مدیریت بیمارستان تایید شد (UW 14-249).

استخراج اسید نوکلئیک. عصاره نوکلئیک اسید (TNA) در نمونه های بالینی و کشت سلول آزمایشگاهی در جدایه های ویروسی با استفاده از سیستم عصاره گیری NucliSENS easyMAG (bioMérieux,Marcy-l’Étoile, France) و بر اساس دستورالعمل کارخانه که پیشتر توضیح داده شده بود، انجام شد (24). حجم نمونه های مصرفی برای استخراج و حجم رقیق سازی به نوع نمونه و مقدار نمونه موجود بستگی دارد. به طور کلی، 250 lµ از نمونه دستگاه تنفسی، نمونه ادرار، سواب روده و مدفوع تحت عصاره گیری با یک حجم رقیق شده 55 lµ قرار گرفت و 100 lµ از هر نمونه پلاسما با حجم رقیق سازی 25 lµ عصاره گیری شد. عصاره حاصل تا زمان مصرف در 80- درجه سانتیگراد ذخیره شد. عصاره مشابه حاصل از هر نمونه برای همه RT-PCRها مورد استفاده قرار گرفت.

تهیه داربست عروقی PU/فیبرین با خواص بیومکانیکی خوب و ارزیابی عملکرد آن در شرایط in vitro و in vivo

Preparation of PU/Fibrin Vascular Scaffold with Good Biomechanical Properties and Evaluation of Its Performance in vitro and in vivo

چکیده
مقدمه
مواد و روش ها
مواد
آماده سازی داربست عروقی PU / Fibrin
داربست های PU / Fibrin مشاهده شده توسط SEM
ارزیابی خصوصیات مکانیکی
تست خواص کششی
مقاومت بخیه
مقاومت در برابر ترکیدگی
تشخیص زاویه تماس آب
تجزیه و تحلیل تعامل داربست- خون
آزمایش چسبندگی پلاکت داربست
تست همولیز
آزمایش انعقاد خون پویا
آزمایش آنتی ترومبین
بررسی تخریب داربستهای عروقی در شرایط آزمایشگاهی
تجزیه و تحلیل تعامل سلول – داربست
تست رنگ آمیزی سلول زنده
تکثیر MSC در داربست ها
بررسی بیان ژن توسط RT-PCR کمّی
ارزیابی عملکرد پیوندهای عروقی در داخل بدن
پیوند در روش درون تنی
ارزیابی عملکرد پیوندهای عروقی
تست بیومکانیکی پیوند در داخل بدن
رنگ آمیزی ایمونوفلورسانس
تحلیل بافت شناسی
تحلیل آماری
نتایج
مورفولوژی داربست فیبرین/ PU Electrospun
توصیف خصوصیات مکانیکی و آب دوستی
بررسی هم سازگاری داربستهای الکترواسپن در شرایط آزمایشگاهی
تخریب آزمایشگاهی داربست عروقی
رفتار تکثیر MSC ها و ژن ها
بیان عصاره داربست
گشودگی، عملکرد و خصوصیات مکانیکی پیوندهای عروقی در داخل بدن (درون تنی)
نفوذ سلولی و واکنش ایمنی پیوندهای عروقی در داخل بدن (درون تنی)
رسوب ECM در پیوند عروقی PU / فیبرین
بحث
نتیجه گیری
منابع

چکیده
هدف: توسعه رگهای خونی با مهندسی بافت منبع جدیدی از اهدا کنندگان برای پیوند عروق کرونر و پیوند رگهای خونی محیطی را فراهم می کند. الیاف فیبرین از قابلیت زیست سازگاری خوبی برخوردار بوده و یک داربست عروقی مهندسی بافت شده ایده آل محسوب می شود، اما خاصیت مکانیکی آن نیاز به بهبود دارد. 

روش ها: به منظور آماده سازی داربست های عروقی PU / فیبرین با استفاده از فناوری الکتروریسی به منظور افزایش خواص مکانیکی داربست فیبرین اقدام به ترکیب پلی یورتان (PU) و فیبرین نمودیم. ما اقدام به بررسی ویژگی های مورفولوژیکی، مقاومت مکانیکی، آب دوستی، تخریب، سازگاری خونی و سلولی داربست های عروقی PU/fibrin (0:100)، PU/fibrin (5:95)، PU/fibrin (15:85) و PU/fibrin (25:75) نمودیم. بر اساس نتایج در شرایط آزمایشگاهی، PU/fibrin (15:85) برای پیوند داخل بدن برای ترمیم نقص عروقی انتخاب شد و تشکیل ماتریکس خارج سلولی، بازسازی عروق و پاسخ ایمنی مورد بررسی قرار گرفت. 

نتایج: نتایج نشان داد که قطر فیبر داربست PU / فیبرین (15:85) حدود 712 نانومتر بود. با افزایش محتوای PU، مقاومت مکانیکی داربست های کامپوزیتی افزایش می یابد، با این وجود، سرعت تخریب به تدریج کاهش پیدا می کند. داربست PU/fibrin آب دوستی و سازگاری خوبی با خون را نشان داد. داربست عروقی PU / فیبرین (15:85) می تواند باعث افزایش چسبندگی و تکثیر سلولهای استرومایی مزانشیمی (MSC) شود. نتایج تجربی کمّی RT-PCR نشان داد که بیان ژن های کلاژن، سوروایوین و ویمنتین در PU / فیبرین (15:85) بیشتر از PU / فیبرین (25:75) است. نتایج در داخل بدن نشان داد که خواص مکانیکی و انطباق پیوندهای PU / فیبرین می تواند نیازهای بالینی را برآورده کند و نسبت ترومبوز یا انسداد به طور قابل توجهی پایین تر بود. پیوند، پاسخ وازوموتوری قوی نشان داد و سلولهای عضله صاف، سلولهای اندوتلیال، و رسوب ECM عروق جدید با عروق قدیمی بعد از 3 ماه قابل مقایسه بود. در 3 ماه، میزان ماکروفاژها در پیوندهای PU / فیبرین به طور قابل توجهی پایین تر بود و ترشح سیتوکین های پیش التهاب و ضد التهاب کاهش یافت. 

نتیجه گیری: داربست های عروقی PU/fibrin (15:85) پتانسیل زیادی برای استفاده به عنوان رگ های خونی مهندسی بافت با قطر کم داشتند. 

مواد و روش ها
مواد
PU از سیگما-آلدریچ (Cat No.81367–5، آمریکا) خریداری شد. فیبرین توسط شرکت Thermo Scientific (Cat No. MA126074، آمریکا) تهیه شده است. نود و هشت درصد اسید فرمیک توسط شرکت Aladdin (Cat No F112034، چین) تأمین شد. واسطه اصلاح شده Dulbecco (DMEM)، نمک بافر فسفات (PBS, Cat No.P1022- 500)، سرم گاوی جنین (FBS، Cat No.G0071)، CaCl2 (Cat No.G0071) و لیپاز (Cat No.L8621) از سولاربیو (پکن، چین) بودند. کیت رنگ آمیزی سلول زنده (Cat No. C2015S)، کیت CCK-8 (Cat No.C0038)، کیت ELISA (Cat No. PI328)، KCL (Cat No.ST1596) از Beyotime خریداری شده است. سدیم نیتروپروساید (SNP, Cat No.S817931)، آدرنالین (AD, Cat No.N814761) و استیل کولین (Ach، Cat No.A886059) از Macklin (شانگهای، چین) تهیه شد. آنتی بادی فاکتور ‌ویلبراند Anti-von ((ab115771)، Anti-α-SMA (251411)، آنتی بادی ضد CD68 موش از Ruizekang Biotechnology Co.، Ltd. (پکن، چین) بدست آمد. کیت Safranin O (Cat No.G1031)، Verhoeff (Cat No. G1046) و کیت قرمز Sirius (Cat No.G1038) توسط Servicebio Biochemical Technology Co.، Ltd (ووهان، چین) تهیه شد. سلولهای استرومایی مزانشیمی (MSC) از دانشگاه پزشکی Xinxiang (هنان، چین) به دست آمد. استفاده از MSC توسط کمیته اخلاق دانشگاه پزشکی Xinxiang تأیید شده است.

آماده سازی داربست عروقی PU / Fibrin
تا این زمان، گروه تحقیقاتی ما کارهای زیادی شبیه به آماده سازی داربست های عروقی PU / فیبرین با استفاده از فناوری الکتروریسی انجام داده است. به طور خلاصه، ما wt %15 PU را در محلول تتراهیدروفوران (THF) / دی متیل فرم آمید (DMF) (v/v 3:1) حل کرده و به مدت 24 ساعت در دستگاه همزن قرار دادیم تا محلول PU تهیه شود. فیبرین با غلظت %10 وزنی در %98 محلول اسید فرمیک حل و به مدت 4 ساعت هم زده شد تا محلول فیبرین بدست آید. به منظور آماده سازی غلظت نسبت وزنی به ترتیب PU/fibrin (0:100)، PU/fibrin (5:95)، PU/fibrin (15:85) و PU/fibrin (25:75)، ما محلول PU را با محلول فیبرین مخلوط نمودیم. بعد از آن، ما محلول PU / فیبرین را در سرنگ پزشکی 10 میلی لیتر و سرنگ ثابت روی پمپ پیشرانه قرار می دهیم. سپس، پارامترهای دستگاه الکتروریسی (FM1012، دالیان، چین) به صورت زیر تنظیم شدند: ولتاژ چرخش (18 کیلو ولت)، فاصله دریافت (13 سانتی متر)، سرعت پیشرانه (0.8 میلی لیتر در ساعت) و رطوبت (%40). تحت تأثیر میدان الکتریکی ولتاژ بالا، محلول در حال چرخش جامد شده و در اثر همگرایی با یکدیگر تشکیل الیاف PU / فیبرین را می دهند. مواد الكترونيكي تهيه شده تهويه و در دماي اتاق به مدت 5 روز خشك شدند تا باقيمانده حلال اسيد فرميك تبخير شود و سپس آن را در يك كيسه دربسته تميز نگهداري نمودیم.

کووید-19، سارس و مرس: آیا آنها ارتباط نزدیکی دارند؟

COVID-19, SARS and MERS: are they closely related?

چکیده
مقدمه
رشد تکاملی در موجود زنده(فیلوژنی)
بیماریزایی
قابلیت سرایت
ویژگی های بالینی
نتایج
منابع

چکیده
پیشینه:کرونا ویروس جدید 2019 (سارس کووید-2) کرونا ویروس انسانی جدیدی است که با ویژگی های اپیدمی درچین ودیگر کشورهای آسیایی در حال گسترش است؛مواردی نیز در سراسرجهان گزارش شده اند.این بیماری کرونا ویروس جدید (کووید 19) مرتبط با یک بیماری تنفسی است که ممکن است منجربه پنومونی شدید و سندروم دیسترس تنفسی حاد ریه (ARDS ) شود. با اینحال، کووید19 در ارتباط با سندروم تنفسی حاد (سارس) و سندروم تنفسی خاورمیانه (مرس)،ویژگی های بالینی،همه گیری شناختی و بیماریزایی خاصی را نشان میدهد که تا به حالا درک کاملی از آنها نداریم.

اهداف کلی:ارئه یک بررسی از تفاوت های ویژگی های بالینی،همه گیری شناختی و بیماریزایی کووید 19،سارس و مرس

منابع:جدیدترین پژوهش انگلیسی زبان در مورد کووید 19 اصلاح گردیده و اطلاعات استخراجی با مدرک علمی فعلی در مورد اپیدمی سارس و مرس مقایسه گردیده است.

محتوا: به نظر میرسد کووید 19 با توجه به ویژگی های بالینی که دارد،چندان متفاوت ازسارس نباشد،هرچند که میزان تلفات در آن با مقدار 2.3% کمتراز سارس(9.5%) وبسیار پایینترازمرس(34.4) است.اما نمیتوان از این امکان چشم پوشید که کووید 19 به دلیل تصویر بالینی کمتر شدید خود،میتواند بسیارآسانتراز مرس وسارس در اجتماع گسترش یابد.عدد سرایت پایه فعلی کووید 19(R0) با مقدار 2.5-2.0 هنوز هم جای بحث دارد.این عدد احتمالا کمی بیشتراز R0 سارس(1.9-1.7) و بالاتر از R0 مرس (1>)است.نمیتوان انتقال بیماری از طریق مسیر دستگاه گووارشی را که برای سارس کووید و مرس کووید در نظرگرفه میشد،درسارس کووید-2 غیرمحتمل شمرد و این امر محتاج به تحقیقات بیشتراست.

دلالت ها: هنوز برای شناخت کووید 19 مخصوصا دررابطه با میرایی و ظرفیت گسترش آن در سطح اپیدمی راه درازی در پیش داریم، بااین وجود تمام دروسی که ما درگذشته از اپیدمی های مرس و سارس آموختیم،بهترین سلاح فرهنگی هستند که میتوان با آنها با این تهدید جدید جهانی روبرو شد.

رشد تکاملی در موجود زنده (فیلوژنی)
با تحلیل توالی ژنوم مشخص شده است سارس کووید-2 متعلق به رده بتاکرونا ویروسی است که شامل کروناویروس مشابه سارس خفاشی،سارس کووید،مرس کووید میشود.[6]سارس کووید-2 دارای ساختار ژنومی است که از خصوصیات بتاکروناهای دیگر است.ژنوم این بیماری مانند دیگرکرونا ویروس ها،شامل 4 قالب خواندن باز (ORFS) میشود که 27 پروتئین را رمزگذاری میکند.ORF1 و ORF2 در ناحیه 5’ ترمینال ژنوم ،15 پروتئین غیرساختاری مهم را برای همانندسازی ویروس رمز گذاری میکند. [7-8] ناحیه 3’ترمینال ژنوم پروتئین های ساختاری به نام های پروتئین سنبله (S)،پروتئین پاکتی (E)،پروتئین غشایی (M) و هسته پوشه (N) بعلاوه 8 پروتئین جانبی را رمزگذاری میکند.[7-8] تحلیل درخت فیزیولوژیک کرونا ویروس جدید نشان داده است که سارس کووید-2 همراه با سارس کووید و کرونا ویروس مشابه سارس خفاشی، متعلق به دودمان متفاوتی از مرس کووید است و از نظر فیلوژنیک بیشتر از سارس کووید با کرونا ویروس های مشابه سارس خفاشی (قرنطینه شده از خفاش های نعل اسبی بین سالهای 2015 و 2018 در چین) مرتبط بودند.]جدول1[ این امرحاکی از نوع دیگری از تکامل ویروسی سارس و مرس است که شامل خفاش های از منابع غیراهلی میشود.[5-13] مقایسه ژنوم بین سارس وسارس کووید-2 نشان داده است که تنها 380 جانشین آمینواسید بین سارس کووید-2 وکرونا ویروس های مشابه سارس وجود دارد که اکثرا در ژن های پروتئین غیرساختاری تمرکز یافته اند، درحالیکه 27 جهش یافتگی درژن هایی یافت شده است که پروتئین سنبله ویروسی (S) مسئول در اتصال گیرنده و ورود سلول را رمزگذاری میکنند.[8] این جهش یافتگی ها شاید بتواند بیماریزایی کمتر آشکار در سارس کووید-2 را در مقایسه با سارس کووید توضیح دهد،اما مطالعات بیشتری لازم خواهدبود.[9]

بیماریزایی
گردآوری مدرک بر پایه تحلیل ژنوم نشان میدهد که سارس کووید-2 گیرنده سلولی و آنژیم مبدل آنژیوتانسین(ACE2) یکسانی را با سارس کووید به اشتراک میگذارد،درحالیکه مرس کووید از دی پپتیدیل پپتیداز4 (DPP4) برای ورود به سلول میزبان استفاده میکند]جدول1[ [14]. مسلم است که سارس کووید ظهور خود را بعنوان پاتوژن انسانی ممنون جهش یافتگی های مطلوب در دامنه اتصال گیرنده (RBD) پروتئین سنبله (S) است که بیماریزایی خود را با تقویت میل ترکیبی آن باگیرنده افزایش داده است.از اینرو در نظرگرفته میشود که سارس کووید-2 به شکلی مشابه رفتار کرده است.[14]با این وجود در سارس کووید-2 برخلاف سارس کووید هیچ جانشین آمینواسیدی درRBD موجود نبود که مستقیما با ACE2 گیرنده انسانی تعامل داشته باشد،اما 6 جهش یافتگی در دیگر نواحی RBD رخ داد.[8] نقش چنین جانشین هایی در بیماریزایی سارس کووید-2 باید بیشتر مورد بررسی قرار بگیرد.تحلیل میل ترکیبی گیرنده نشان میدهد که سارس کووید-2 نسبت به گونه 2003 سارس کووید به طرز موثرتری به ACE2 متصل میشود هرچند که اثر اتصال آن از گونه 2002 کمتر میباشد[14].علاوه بر این، یک جهش یافتگی نوکلئوتید واحد برروی RBD سارس کووید-2 پیش بینی میشود که اگر روی دهد ،میتواند بیماریزایی آنرا افزایش دهد[14].

هوش مصنوعی به کار گرفته شده در چشم پزشکی و بینایی سنجی: آنالیز شبکه استنادی

Artificial intelligence applied to ophthalmology and optometry: A citation network analysis

چکیده

مقدمه

روش شناسی

نتایج

شرح آثار و انتشارات

زبان و کشورها

مؤلفان و مؤسسات

نشریات (مجلات)

واژگان کلیدی

پراستنادترین نشریات

خوشه بندی

عملکرد اصلی

بحث و گفتمان

منابع

چکیده

هدف: هدف این مطالعه تحلیل شبکه های هم تألیفی و هم استنادی انتشارات در حوزه ی هوش مصنوعی در چشم پزشکی و بینایی سنجی، همچنین، شناسایی قسمت های مختلف تحقیقات و پراستنادترین اثر می باشد.
روش: جستجوی انتشارات و آثار در وب سایت پایگاه داده های علوم برای بازه ی زمانی 1997 تا دسامبر 2021 با استفاده از عبارت هوش مصنوعی و (چشم پزشکی یا بینایی سنجی) انجام شد. آنالیز و تحلیل اثر و نشریه با استفاده از مرورگر شبکه استنادی، VOSviewer، و نرم افزار CiteSpace انجام شد.
نتایج: 1086 اثر و 2348 شبکه ی استنادی بدست آمدند. 2020 سالی بود با بالاترین تعداد انتشار، مجموع 351 اثر و 115 شبکه ی استنادی. پراستنادترین اثر و نشریه به یادگیری عمیق قابل اجرا به صورت بالینی برای تشخیص و ارجاع در بیماری شبکیه تعلق داشت که توسط دی فاو و همکاران در سال 2018، با شاخص استناد 723 منتشر شده بود. از طریق تابع خوشه بندی، سه گروه مشخص شدند که حوزه های پژوهشی اصلی در این زمینه را پوشش می دهند: آسیب شناسی شبکه، بخش قدامی، و گلوکوم (آب سیاه).
نتیجه گیری: تحلیل شبکه ی استنادی یک تحلیل عمقی و دقیق از آثار علمی و اتخاذ عناوین جدید و حوزه های تحقیقاتی را ارائه می کند. نتایج آنالیز جامع و کامل شبکه های استنادی در هوش مصنوعی در حوزه ی چشم پزشکی و بینایی سنجی از زمان انتشار اولین مقاله در سال 1977 ارائه شده اند.

روش شناسی
     در راستای تمرکز بر جستجوی مقالات با موضوع هوش مصنوعی در حوزه ی چشم پزشکی و بینایی سنجی، و به منظور اجتناب از تکرار آثار در جستجوهای مختلف، Boolean operators NOT و OR مورد استفاده قرار گرفتند. بدین ترتیب، جستجوی عبارات و اصطلاحات استفاده شده در اولین جستجو از این قرار بودند: هوش مصنوعی و (چشم پزشکی یا بینایی سنجی)، در جستجوی دوم عبارت عبارتند بودند از یادگیری ماشین و (چشم پزشکی یا بینایی سنجی) نه هوش مصنوعی، و در جستجوی سوم یادگیری عمیق و ژرف و (چشم پزشکی یا بینایی سنجی) نه هوش مصنوعی نه یادگیری ماشین.

     اولین مقالات با موضوع هوش مصنوعی در حوزه ی چشم پزشکی و بینایی سنجی در سال 1977 به چاپ رسیده بودند، بنابراین فاصله ی زمانی انتخابی از سال 1977 بود تا دسامبر 2021. جستجوی آثار و انتشارات صورت گرفت و در 18اُم دسامبر 2021 دانلود شدند.

     نرم افزار مرورگر شبکه استنادی برای تحلیل آثار و نمایان کردن شبکه های استنادی استفاده شد. با استفاده از ویژگی امتیاز استناد، پراستنادترین آثار به صورت کمّی تجزیه و تحلیل شدند. ارتباطات خارجی گنجانده شدند، یعنی از سایر پایگاه های داده ها (پایگاه داده های مجله ی کره ای KCI و مدلین)، و همچنین ارتباطات وب سایت علوم. این پایگاه داده ها اطلاعات لازم برای تحلیل متن سنجی و شبکه ی استنادی، از جمله عنوان/ چکیده، واژگان کلیدی، تعداد استنادات، و وابستگی سازمانی پدیدآور را فراهم می کنند، که احتمالا در سایر پایگاه داده ها دردسترس نیستند.

تاثیر مثبت آموزش قبل از ماه مبارک رمضان بر کنترل قند خون و کاهش خطر هیپوگلیسمی در سالمندان دیابتی نوع 2 در دوران همه گیری کووید 19

Positive impact of pre-Ramadan education on glycemic control and reducing risk of hypoglycemia in type 2 diabetic elderly patients during COVID 19 pandemic

چکیده

1. مقدمه

2. روش ها

3. نتایج

4. مباحثه

5. نتیجه گیری

منابع

چکیده

پیشینه: در ماه رمضان، بیماران مسن بیشتر در معرض خطر عوارض بیماری قرار دارند. لازم است تا به بیماران نحوه روزه داری ایمن را اموزش داد.

هدف: هدف این تحقیق بررسی تأثیر آموزش قبل از ماه رمضان بر کاهش خطر هیپوگلیسمی و دستیابی به کنترل قند خون در سالمندان است.

روش: این مطالعه آینده نگر در کلینیک های سرپایی بخش داخلی بیمارستان دانشگاه اسیوط انجام شد. این تحقیق شامل 316 بیمار مبتلا به دیابت نوع 2 بود که می خواستند روزه بگیرند. آنها به 2 گروه تقسیم شدند: بیماران زیر 65 سال و بیماران 65 سال و بالاتر. این بیماران قبل از ماه رمضان در جلسات آموزشی شرکت کردند. داده ها برای گروه بندی خطر روزه داری با استفاده از پرسشنامه نیمه ساختاریافته جمع آوری شد. این مطالعه در 3 مرحله انجام شد. پیامد اولیه ارزیابی هیپوگلیسمی و پارامترهای بیوشیمیایی پس از آموزش بود.

نتایج: قند خون ناشتا در طول ماه رمضان و بعد از آن در سالمندان بطور معنی‌داری کاهش یافت (0001/0p=). بیماران مسن با قند خون ناشتا کمتر از 8 mmol/L از 29.3 درصد به 46.6 درصد بعد از ماه رمضان افزایش یافتند. HbA1c پس از ماه رمضان به طور معنی داری کاهش یافت (001/0p=). افت قند خون در هر دو گروه علت اصلی شکستن روزه بود (9% در مقابل 7.7% در بیماران کمتر از 65 و 65 سال و بالاتر). دور کمر در بیماران 65 سال و بالاتر بطور معنی داری کاهش یافت (05/0p=). کلسترول کل و لیپوپروتئین کم چگالی (LDL) بدون معنی‌داری آماری در بیماران بالای 65 سال افزایش یافت (470/0، 512/0 p=). در هر دو گروه، کلسترول HDL در طول و بعد از ماه رمضان بهبود یافت (0001/0 p=).

نتیجه‌گیری: آموزش پیش از ماه رمضان به بیماران دیابتی مسن تأثیر مثبتی بر کاهش خطر ابتلا به هیپوگلیسمی علامت دار داشت.

روش ها
این مطالعه در درمانگاه های سرپایی بخش داخلی بیمارستان دانشگاه اسیوط انجام شد. نمونه ها شامل بیمارانی بودند که در درمانگاهها روزانه معاینه می شدند و با استفاده از روش نمونه گیری در دسترس سه ماه قبل از ماه رمضان 2021 انتخاب شدند. آنها از تحقیق مطلع شده و رضایت خود را اعلام کردند.

بیماران مسلمان مبتلا به دیابت نوع 2 که میخواستند در ماه رمضان روزه بگیرد در این مطالعه شرکت کردند. آنها بر اساس سن گروه بندی شدند. گروه اول شامل بیماران زیر 65 سال و گروه دوم شامل بیماران 65 سال به بالا بود.

بیمارانی که نمی خواستند روزه بگیرند، بیماران مبتلا به بیماری های چند ابتلایی جدی مانند سندرم حاد کرونری یا بیماری حاد کبدی/کلیوی، بیمارانی که اخیراً به دلیل کتواسیدوز دیابتی یا هیپرگلیسمی شدید یا هیپوگلیسمی یک ماه قبل از شروع ماه رمضان بستری شده اند از این مطالعه حذف شدند.

طرح: مطالعه مداخله ای قبل و بعد انجام شد. ارزیابی خطر بر اساس گروههای خطر IDF-DAR 2021[2] قبل ازماه رمضان برآورد شد. گروه بندی خطر IDF-DAR 2021 در شکل 1 امده است. به بیماران پرخطر توصیه شد که روزه نگیرند. قبل از ماه رمضان (6 هفته)، بیماران در جلسات انفرادی برنامه اموزشی شرکت کردند؛ دراین جلسات به بیماران توصیه شد تا رژیم غذایی خود را حفظ کنند، فعالیت‌های بدنی روزانه را ادامه دهند و قند خون ناشتا را بطور مکرر در روز اندازه گیری کنند و دارو را براساس تجویز پزشک مصرف کنند.

چارچوب یادگیری عمیق براساس اختلاط دو روش S-Mask R-CNN و Inception-v3 برای تشخیص سرطان پروستات توسط تصاویرسونوگرافی

Deep learning framework based on integration of S-Mask R-CNN and Inception-v3 for ultrasound image-aided diagnosis of prostate cancer

چکیده

1- معرفی

2- عملیات مرتبط

3- قطعه بندی تصاویر

3-1 پیچیدگی سوبل

3-2 شبکه RPN

3-3 لایه ROIAlign

3-4 تابع شکست

3-5 شبکه پیچشی کامل

4- طبقه بندی تصاویر

4-1 واحد Inception

4-2 توابع هزینه اختلاف آنتروپی

4-3 حذف تصادفی

4-4 تعلیم مدل شبکه

4-5 شاخص های سنجش نتایج طبقه بندی

5- مجموعه اطلاعات و ساختار محیط تجربی

5-1 مجموعه اطلاعات

5-2 تنظیمات پارامترها

6- نتایج آزمایش

6-1 آنالیز تشخیص

6-3 آنالیز نتایج

7- نتیجه گیری

چکیده

تشخیص تصاویر سونوگرافی پروستات به کمک کامپیوتر می تواند به کشف بیماری و درمان سرطان پروستات کمک کند. با این وجود تصاویر سونوگرافی که از پروستات به دست می آید گاهی با نقطه های صوتی سنگین، نسبت پایین سیگنال به صدا و دقت پایین بررسی همراه می باشد. به منظور فائق آمدن بر این نقص، ما مدل تکنیک یادگیری عمیق را در این مقاله مطرح کردیم که S-Mask R-CNN و Inception-v3 را در تشخیص بیماری سرطان پروستات به کمک تصاویر سونوگرافی با یکدیگر ادغام می کند.  از S-Mask R-CNN برای درک دقیق قطعه بندی تصاویر سونوگرافی پروستات  و تکثیر مناطق منتخب استفاده شد. برای درک نقطه جایگاه یابی در ویژگی های پیکسل از تراز الگوریتم برای منطقه مورد نظر استفاده شده است. ویژگی های پوشش باینری یا دوتایی (یک اصطلاح تخصصی در مهندسی کامپیوتر می باشد) در تصاویر پروستات توسط شبکه پیچیده ای برای قطعه بندی ناحیه پروستات و زمینه آن به وجود آمده است. سپس، اطلاعات زمینه ای ذخیره شد، و مجموعه اطلاعات مربوط به تصاویر قطعه بندی شده سونوگرافی پروستات، برای شبکه Inception-v3 به منظور شناسایی آسیب ساخته شد. طرح شبکه جدید اضافه شد تا جایگزین رده بندی اصلی نمونه باشد، که این شبکه از گسترش به جلو و عقب تشکیل شده است. گسترش رو به جلو اساسا ویژگی های استخراج شده از لایه پیچیده، لایه مشترک و زیر لایه مشترک سوم را به لایه درونی منتقل می کند و این کار را از طریق تکنیک یادگیری انتقال انجام می دهد و سپس مقادیر کاهش یافته بین طبقه بندی ها و مقادیر علامت دار را محاسبه می کند تا سونوگرافی آسیب پروستات را تشخیص دهد. نتایج پیشنهادی نشان داد که روش مطرح شده می تواند به طور دقیق تصاویر سونوگرافی پروستات و اطلاعات قطعه بندی پروستات را در سطح پیکسل به طور همزمان مشخص نماید. این روش پیشنهاد شده نسبت به تشخیصی که پزشکان بطور دستی انجام می دهند و نیز دیگر روش های تشخیص بیماری، دارای دقت بالاتری است. روش ساده و کارآمد ما به عنوان مبنای شروع بسیار قابل اطمینان عمل می کند و منجر به تسهیل تحقیقات آینده در تشخیص یارانه ای تصاویر سونوگرافی پروستات می شود. گذشته از این، این عملیات، پیشرفت تکنولوژی های تشخیص سونوگرافی را در سرطان پروستات موجب می شود. 

7- نتیجه گیری 

مدل یادگیری عمیق که S-Mask R-CNN و Inception-v3 را در تشخیص سرطان پروستات به کمک تصاویر سونوگرافی یکپارچه می کند، در این مقاله مطرح شده است. مجموعه ای از تصاویر سونوگرافی پروستات با قطعه بندی و طبقه بندی ساخته شد و روش مطرح شده در این مقاله در این دستگاه آموزش داده شد. این مدل شبکه برای به دست آوردن جایگاه یابی صحیح نقاط ویژگی در تصاویر سونوگرافی پروستات از الگوریتم ROIAlign استفاده می کند. شبکه ترکیب شده ResNet-101 و RPN موجب بهبودی دقت قطعه بندی شده است، و پوشش باینری تصاویر سونوگرافی پروستات، از طریق FCN ایجاد شد تا به تاثیر قطعه بندی تصاویر و ناحیه پس زمینه دست یابد. طبقه بندی مدل اصلی لایه softmax، با مدل شبکه دسته بندی Inception-v3 جایگزین می شود (لایه softmax به لایه آخر میگن که خروجی لایه قبل رو میگیرد). بر اساس تست مقایسه ای، هر مدل شبکه قدیمی، روش استفاده شده در این مقاله می تواند کشف و تشخیص بیماری را بهبود بخشد بدون اینکه در محاسبات و مدل، افزایش قابل توجهی در پیچیدگی دیده شود. گام بعدی؛ گسترش دادن مجموعه اطلاعات حاضر  و استفاده از الگوریتم درون یابی خطی مکعبی است که جایگزین الگوریتم درون یابی دو خطی می باشد و به منظور پیشرفت و بهبود دقت قطعه بندی می باشد و از این رو بهبود اثرات آن بر تشخیص  بهبود می یابد. براساس تحقیقات حاضر، این مدل در زمینه سه بعدی به حد مطلوب و بهینه رسید و مورد استفاده قرار گرفت. 

Abstract

The computer-aided diagnosis of prostate ultrasound images can aid in the detection and treatment of prostate cancer. However, the ultrasound images of the prostate sometimes come with serious speckle noise, low signal-to-noise ratio, and poor detection accuracy. To overcome this shortcoming, we proposed a deep learning model that integrates S-Mask R-CNN and Inception-v3 in the ultrasound image-aided diagnosis of prostate cancer in this paper. The improved S-Mask R-CNN was used to realize the accurate segmentation of prostate ultrasound images and generate candidate regions. The region of interest align algorithm was used to realize the pixel-level feature point positioning. The corresponding binary mask of prostate images was generated by the convolution network to segment the prostate region and the background. Then, the background information was shielded, and a data set of segmented ultrasound images of the prostate was constructed for the Inception-v3 network for lesion detection. A new network model was added to replace the original classification module, which is composed of forward and back propagation. Forward propagation mainly transfers the characteristics extracted from the convolution layer pooling layer below the pool_3 layer through the transfer learning strategy to the input layer and then calculates the loss value between the classified and label values to identify the ultrasound lesion of the prostate. The experimental results showed that the proposed method can accurately detect the ultrasound image of the prostate and segment prostate information at the pixel-level simultaneously. The proposed method has higher accuracy than that of the doctor’s manual diagnosis and other detection methods. Our simple and effective approach will serve as a solid baseline and help ease future research in the computer-aided diagnosis of prostate ultrasound images. Furthermore, this work will promote the development of prostate cancer ultrasound diagnostic technology.

7- Conclusion

A deep learning model that integrates S-Mask R-CNN and Inception-v3 in ultrasound image-aided diagnosis of prostate cancer was proposed in this paper. A set of ultrasonic images of the prostate with segmentation and classification were constructed, and the model of this paper was trained on the set. This network model used the ROIAlign algorithm to achieve accurate positioning of feature points in prostate ultrasound images. The combined ResNet-101 and RPN networks improved the segmentation accuracy, and the corresponding binary mask of prostate ultrasound images was generated through FCN to achieve the segmentation effect of the prostate and background regions. The original model classification softmax layer was replaced with an improved Inception-v3 classification network model. Based on the comparison test of each classical network model, the method used in this paper can improve the detection without significantly increasing the complexity of calculation and model. The next step is to expand the current data set and use cubic linear interpolation algorithm instead of bilinear interpolation algorithm to improve the segmentation accuracy and thus improve the effect of model detection. Based on existing research, the model was optimized and applied to the 3D field.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

چارچوب یادگیری عمیق براساس اختلاط دو روش S-Mask R-CNN و Inception-v3 برای تشخیص سرطان پروستات توسط تصاویرسونوگرافی

Deep learning framework based on integration of S-Mask R-CNN and Inception-v3 for ultrasound image-aided diagnosis of prostate cancer

پیش بینی پیامدهای عصبی ضعیف پس از ایست قلبی خارج از بیمارستان با غلظت سرمی فوق العاده نشانگرهای عصبی و آستروگلیال – یک مطالعه آزمایشی پیش آگهی عصبی

Ultra-early serum concentrations of neuronal and astroglial biomarkers predict poor neurological outcome after out-of-hospital cardiac arrest—a pilot neuroprognostic study

چکیده

مقدمه

روش ها

طرح و جمعیت مورد مطالعه

ارزیابی نتیجه

تجزیه و تحلیل آماری

نتایج

جمعیت مورد مطالعه

ارتباط هر نشانگر زیستی با پیامد عصبی

امتیاز نشانگر زیستی ترکیبی نسبت به پیامد عصبی

تجزیه و تحلیل مسیر پیامد عصبی

بحث

محدودیتها

نتیجه گیری

اطلاعات اخلاقی

قدردانی/ منابع مالی/ افشائیه

منابع

چکیده

اهداف: جهت ارزیابی میزان اهمیت پیش آگهی عصبی فوق العاده زودهنگام در مورد غلظت های GFAP،NF-L1، UCH-L1، Tau و S100B، مسیر تغییر و نمایه (پروفایل) ترکیب بعد از ایست قلبی خارج بیمارستانی (OHCA) .

روش ها: ثبت نام احتمالی 22 بیمار با سکته قلبی خارج بیمارستانی و 10 بیمار بعنوان شاهد در یک مرکز مراقبتهای ثالث آکادمیک مابین یکم ماه می سال 2017 و 28ام ماه ژانویه سال 2020. خون یکساعت بعد از بازگشت گردش خون خودبخودی (ROSC)  (H0)، در طی 6 (H6)، 12، 18، 24 ساعت و به صورت روزانه یا تا زمان ترخیص یا مرگ جمع آوری شد. غلظت نشانگرهای زیستی، امتیاز چندعلتی (مولتی فاکتور) و تغییر مسیر مورد ارزیابی قرار گرفتند و با وضعیت نهایی عصبی (نورولوژیک) مقایسه شدند ( رده عملکرد مغزی (CPC) خوب در مقابل ضعیف، به ترتیب CPC:1-2 در مقابل CPC:3-5).

نتایج: پیامد عصبی 10 بیمار خوب و 12 بیمار ضعیف بود. بیماران با نتایج عصبی ضعیف، غلظت های بالاتری از نشانگر زیستی داشتند و در نقاط زمانی ابتدایی امتیازات نشانگر زیستی ترکیبی بودند. اولین اختلاف معنی دار بین نشانگر های زیستی سرم بیماران با پیامد خوب و ضعیف در طی 12 ساعت (H12) مربوط به GFAP (میانه خوب: pg/ml425 [IQR:370-630] در مقایسه با میانه ضعیف:pg/ml 5954 [1712-65,055]؛ P<0.001)، H12 مربوط به NF-L ( pg/ml64 [41-69] در مقایسه با  pg./ml898 [348-1990]؛ p<0.001)، H0 مربوط به Tau (31 [8-51] در مقایسه با  pg/ml124 [53-238]؛ p=0.025)، H0 مربوط به UCH-L1 ( pg/ml898 [365-1600] در مقایسه با pg/ml 2475 [1898-4098]؛ p=0.008) و H6 مربوط به S100B (pg/ml 123 [70-290] در مقایسه با pg/ml 895 [360-1199]؛ p=0.002) بودند. 4 امتیاز ترکیبی نشانگر زیستی در H12 (78.03 [52.03-111.25] در مقایسه با pg/ml 749 \198.46-4870.63]؛ p=0.003) اختلاف داشتند. روش یادگیری ماشینی  همچنین مشخص کرد که اعضای گروه مسیر امتیاز 4 نشانگر با پیامد حاصله در بیمار تطابق دارند.

نتیجه گیری: غلظت های متوالی (سریالی) سرم فوق العاده زودهنگام از نشانگر های زیستی عصبی و آستروگلیا ممکن است به دنبال سکته قلبی خارج بیمارستانی دارای اهمیت پیش آگهی عصبی باشند.

نتیجه گیری

نتایج این مطالعه اکتشافی نشان می دهد که سنجش متوالی و فوق العاده زود هنگام پروتئینهای سرمی ویژه مغز بعد از OHCA میتواند اطلاعات اولیه، مطمئن و عینی و مفید در پیش آگهی عصبی فراهم نماید. کاربرد بالینی را می توان با ارزیابی افزایشی و همزمان چندین نشانگر زیستی ارتقا داد. مطالعات آتی پیش بینی شده اند و لازم است تا شامل گروه های چندمرکزی بزرگ، جمعیتهای بیمار که تفکیک نشده اند و ارزیابی های طولانی مدت باشند تا این یافته ها را تایید نمایند و تغییراتی که در بیماریهای مزمن، بیماریهای همزمان و دیگر متغیرهای ناسازگار وجود دارند را در نظر بگیرند.

Abstract

Objectives To assess ultra-early neuroprognostic significance of GFAP, NF-L, UCH-L1, tau, and S100B concentrations, change trajectory, and combination profile after Out-of-Hospital Cardiac Arrest (OHCA).

Methods Prospective enrollment of 22 OHCA and 10 control patients at an academic tertiary care center between May 1, 2017 and January 28, 2020. Blood was collected within one hour of return of spontaneous circulation (ROSC) (H0), at hours 6 (H6), 12, 18, 24, and daily or until discharge or death. Biomarker concentrations, multifactor score, and trajectory change were assessed and compared to final neurologic status (good vs poor Cerebral Performance Category; CPC 1–2 vs CPC 3–5, respectively).

Results 10 patients had good and 12 had poor neurologic outcomes. Poor outcome patients had higher biomarker concentrations and combined biomarker scores at early time points. The earliest significant difference between good and poor outcome patients’ serum biomarkers were at H12 for GFAP (good median: 425 pg/mL [IQR:370−630] vs poor: 5954[1712–65,055] pg/mL; p < 0.001), H12 for NF-L (64[41–69] vs 898[348–1990] pg/mL; p < 0.001), H0 for Tau (31[8–51] vs 124[53–238] pg/mL; p = 0.025), H0 for UCH-L1 (898[375–1600] vs 2475[1898–4098] pg/mL; p = 0.008), and H6 for S100B (123[70–290] vs 895[360–1199] pg/mL; p = 0.002). Four biomarker composite scores differed by H12 (78.03[52.03–111.25] vs 749 [198.46–4870.63] pg/mL; p = 0.003). Machine-learning approach also identified that four-marker score trajectory group memberships are in concordance with patient outcome.

Conclusions Ultra-early serial serum concentrations of neuronal and astroglial biomarkers may be of neuroprognostic significance following OHCA.

Conclusion

The findings of this exploratory study suggest that ultra-early serial measurement of serum brain-specific proteins after OHCA may provide early, reliable, and objective information useful in neuroprognostication. Clinical utility may be enhanced through simultaneous additive evaluation multiple biomarkers. Future studies are anticipated and will need to include larger multicentered cohorts, undifferentiated patient populations, and longer-duration evaluations in order to validate these findings and account for variations in chronic disease, co-morbid conditions, and other confounding variables.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

پیش بینی پیامدهای عصبی ضعیف پس از ایست قلبی خارج از بیمارستان با غلظت سرمی فوق العاده نشانگرهای عصبی و آستروگلیال – یک مطالعه آزمایشی پیش آگهی عصبی

Ultra-early serum concentrations of neuronal and astroglial biomarkers predict poor neurological outcome after out-of-hospital cardiac arrest—a pilot neuroprognostic study

آمفیزم زیرپوستی و افزایش کربن دی اکسید به عنوان عارضه عمل لاپاراسکوپی: گزارش موردی

Subcutaneous emphysema and hypercarbia as a complication of laparoscopic procedure: case report

چکیده

مقدمه

گزارش مورد

بحث

چکیده

آمفیزم زیرپوستی (SE) با میزان بروز 0.43- 2.3 درصد یک عارضه ی نادر روش های لاپاروسکوپی است. در این گزارش موردی، ما وضعیت یک مرد 28 ساله را شرح می دهیم که تحت عمل  لاپاروسکوپی انتخابی فتق کشاله ی ران دچار آمفیزم پیشرفته، افزایش کربن دی اکسید و اسیدوز تنفسی در حین عمل جراحی شده بود. بر اساس یافته های خود، نتیجه گرفتیم که علیرغم بروز پایین آمفیزم زیر پوستی، به منظور جلوگیری از عوارض ناشی از عمل لاپاروسکوپی بایستی از عوامل خطرساز آگاهی حاصل شود.

مقدمه

آمفیزم زیر پوستی (SE) به عنوان “یافتن گاز درون بافت های نرم زیر پوستی، معمولا در ناحیه ی قفسه ی سینه یا گردن” تعریف شده است. شدت آمفیزم زیر پوستی بر اساس مطالعه ی اخیر و بر اساس گسترش آناتومیکی آمفیزم زیر پوستی به پنج گروه تقسیم شده است؛ اول: آمفیزم زیر پوستی که پایه ی گردن را درگیر می کند، دوم: تمام ناحیه ی گردن را درگیر می کند، سوم: ناحیه ی بزرگ زیر سینه، چهارم: دیواره ی قفسه ی سینه و تمام ناحیه ی گردن و پنجم: دیواره ی قفسه ی سینه، گردن، حدقه ی چشم، جمجمه، دیواره ی شکم، اندام های فوقانی و کیسه  ی بیضه.

بحث

در کل روش های لاپاروسکوپی بی خطر هستند و عوارض جانبی اندکی دارند که تا 50 درصد در هنگام دست زدن به شکم بیمار یا در زمان قرار دادن پورت دستگاه لاپاروسکوپی اتفاق می افتند. در حالی که بقیه ی عوارض در طول تزریق گاز در حفره ی شکم، برش بافت و هموستاز رخ می دهند. گاز اولیه ی مورد استفاده برای تزريق به داخل حفره صفاقي در روش های لاپاروسکوپی، کربن دی اکسید است که به دلیل حلالیت بالای خود نسبت به گازهای دیگر بیشتر مورد استفاده قرار می گیرد.

Abstract

Subcutaneous emphysema (SE) is a rare complication of laparoscopic procedures, with an incidence rate of only 0.43–2.3%. In this report, we present a case of a 28-year-old male who underwent an elective laparoscopic inguinal hernia repair and developed surgical emphysema, hypercarbia and respiratory acidosis intraoperatively. Based on our findings, we concluded that regardless of the low incidence of SE, awareness of the associated risk factors should be ensured to avoid laparoscopic procedure-related complications.

INTRODUCTION

Subcutaneous emphysema (SE) is defined as a “finding of gas within subcutaneous soft tissues, usually in the thorax or neck” [1]. The severity of SE has been classified according to a recent study based on the anatomical extension of SE into five grades: first including the base of the neck; second, all the neck area; third, the subpectoralis major area; fourth, the chest wall and all of the neck area and fifth, the chest wall, neck, orbit, scalp, abdominal wall, upper limbs and scrotum [2].

DISCUSSION

Laparoscopic procedures are overall considered safe, with a low rate of serious complications, of which up to 50% occur while gaining abdominal access or at the time of port placement [5]. While the rest of the complications occur during abdominal insuff lation, tissue dissection and hemostasis [6]. The primary insuff lation gas used in laparoscopic procedures to create a pneumoperitoneum is CO2, which has been favored over other gases due to its high solubility [7].

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

آمفیزم زیرپوستی و افزایش کربن دی اکسید به عنوان عارضه عمل لاپاراسکوپی: گزارش موردی

Subcutaneous emphysema and hypercarbia as a complication of laparoscopic procedure: case report

پوناتینیب در کودکان مبتلا به لوسمی های کروموزومی مثبت در فیلادلفیا: ثبت بین المللی مطالعه در مورد لوسمی مزمن مغز استخوان در کودکان

Ponatinib in childhood Philadelphia chromosomeepositive leukaemias: an international registry of childhood chronic myeloid leukaemia study

چکیده

1. مقدمه

2. روش ها

3. نتایج

3.1 خصوصیات بیمار

3.2 پاسخ کلی

3.3 پوناتینیب پلی برای پیوند

3.4 استفاده از پوناتینیب در کودکان دارای جهش T3151

3.5 سمیت

3.6 بقا

4. بحث

5. نتیجه گیری

چکیده

پیشینه تحقیق: پوناتینیب در درمان لوسمی (سرطان خون) مثبت ناشی از کرومزوم فبلادلفیا موثر است، اما اطلاعات کمی در مورد استفاده از مهارکننده تیروزین کیناز در کودکان وجود دارد. 

اهداف: هدف این تحقیق توصیف قدرت تحمل و کاربرد دلسوزانه پوناتینیب در درمان یک گروه از کودکان مبتلا به لوسمی (سرطان خون) فیلادلفیای مثبت است. 

مواد و روش ها: اطلاعات این تحقیق به ترتیب از 11 کودک مبتلا به سرطان مغز استخوان حاد (لوسمی میلوئیدی حاد CML) که در لیست بین المللی کودکان مبتلا به لوسمی میلوئیدی حاد ثبت شده اند و سه کودک مبتلا به سرطان خون لنفوبلاستیک حاد فیلادلفیای مثبت تحت درمان با استفاده از روش پوناتینیب به دست آمده است.

یافته های تحقیق: در 11 دختر و 3 پسر ( با میانگین سنی 14 سال) پوناتینیب به عنوان دومین مرحله از درمان هشت مرحله ای مورد استفاده قرار گرفت. پوناتینیب به صورت درمان منفرد ( در 9 بیمار) و درمانی ترکیبی همراه با شیمی درمانی ( در 8 بیمار) استفاده شد. هنگامی که درمان با استفاده از پوناتینیب برای بیماران آغاز شد، وضعیت بیماران به صورت روبرو بود: CML در مراحل پیشرفته (n=8)، و CML در فاز مزمن بدون دستبابی به واکنش و پاسخ مولکولی (n=1) یا وجود جهش T3151، 

1. مقدمه

مهارکننده های تیروزین کیناز (TKIs) آنكوپروتئین های BCR-ABL را در فرآیند درمان حالت بدخیم در این بیماری هدف قرار داد، این مورد توانست انقلابی در درمان بیماران مبتلا به لوسمی میلوئید مزمن فیلادلفیا (Ph +) و سرطان خون لنفوبلاستیك حاد Ph + (Ph + ALL) ایجاد کند. ایماتینیب اولین نوع از مهارکننده های تیروزین کیناز یا TKI بود که برای درمان CML و Ph + ALL  مورد استفاده قرار گرفت و TKI های نسل دوم مانند داساتینیب و نیلوتینیب در درمان بیمارانی موفق عمل کرد که به نسل اول این مهارکننده مقاومت داشته و یا درمان با استفاده از مهار کننده های نسل اول در انها با شکست مواجه شده بود. به تازگی نیز، نسل سوم TKI تحت عنوان پوناتینیب، برای غلبه بر مقاومت در برابر TKI های نسل اول و دوم در بیماران مبتلا به CML و Ph + ALL تولید شده است.

Abstract

Background Ponatinib is effective in adults with Philadelphia chromosome–positive (Ph+) leukaemias, but scant data are available regarding the use of this tyrosine kinase inhibitor in children. Aims The aim of this study isto describe the tolerance and efficacy of compassionate use of ponatinib in a paediatric cohort of patients with Ph+ leukaemias.

Methods Data from 11 children with chronic myeloid leukaemia (CML) registered to the international registry of childhood chronic myeloid leukaemia and from 3 children with Ph+ acute lymphoblastic leukaemia (Ph+ ALL) treated with ponatinib were collected retrospectively.

Results In 11 girls and 3 boys (median age 14 years), ponatinib was used as a second- to eighth-line treatment. Ponatinib was administered as single therapy (9 patients) or in combination with chemotherapy (8 patients). The status of the disease when ponatinib was started was as follows: CML in advanced phases (n = 8), CML in chronic phase without achievement of molecular response (n = 2) or presence of T315I mutation (n = 1) and Ph + ALL in molecular (n = 1) or marrow (n = 2) relapses. The median dose administered was 21.4 mg/m2 and median duration of ponatinib was 2.5 months. Ponatinib alone or in combination with chemotherapy administered on 16 occasions led to achievement of major molecular response in 50% of cases. Ponatinib was used as a bridge to transplant in 4 cases. Among the 9 patients treated with ponatinib alone, toxicity grade III–IV (2 patients) was exclusively haematologic. No vascular events related to ponatinib were observed.

1. Introduction

Tyrosine kinase inhibitors (TKIs) have revolutionised the treatment of patients with Philadelphia chromosomeepositive (Phþ) chronic myeloid leukaemia (CML) and Phþ acute lymphoblastic leukaemia (Phþ ALL) by targeting the BCR-ABL oncoprotein underlying the malignant process. Imatinib was the first available TKI for the treatment of CML and Phþ ALL, and second-generation TKIs, such as dasatinib and nilotinib, were successfully introduced in patients with failure or intolerance to imatinib. Recently, ponatinib, a third-generation TKI, was developed to overcome resistance to first- and second-generation TKIs in patients with CML and Phþ ALL.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

پوناتینیب در کودکان مبتلا به لوسمی های کروموزومی مثبت در فیلادلفیا: ثبت بین المللی مطالعه در مورد لوسمی مزمن مغز استخوان در کودکان

Ponatinib in childhood Philadelphia chromosomeepositive leukaemias: an international registry of childhood chronic myeloid leukaemia study