دانلود رایگان ترجمه مقاله نماد گرافیکی زیست شناسی (Nature سال ۲۰۰۹)
این مقاله انگلیسی ISI در نشریه Nature در ۸ صفحه در سال ۲۰۰۹ منتشر شده و ترجمه آن ۱۸ صفحه بوده و آماده دانلود رایگان می باشد.
| دانلود رایگان مقاله انگلیسی (pdf) و ترجمه فارسی (pdf + word) | |
| عنوان فارسی مقاله: |
سیستم نمادهای گرافیکی زیست شناسی |
| عنوان انگلیسی مقاله: |
The Systems Biology Graphical Notation |
| دانلود رایگان مقاله انگلیسی: | |
| دانلود رایگان ترجمه با فرمت pdf: | |
| دانلود رایگان ترجمه با فرمت ورد: | |
| مشخصات مقاله انگلیسی و ترجمه فارسی | |
| فرمت مقاله انگلیسی | |
| سال انتشار | ۲۰۰۹ |
| تعداد صفحات مقاله انگلیسی | ۸ صفحه با فرمت pdf |
| نوع مقاله | ISI |
| نوع نگارش | مقاله پژوهشی (Research article) |
| نوع ارائه مقاله | ژورنال |
| رشته های مرتبط با این مقاله | زیست شناسی – مهندسی کامپیوتر |
| گرایش های مرتبط با این مقاله | بیوانفورماتیک – بیوشیمی – علوم سلولی و مولکولی – مهندسی نرم افزار |
| چاپ شده در مجله (ژورنال)/کنفرانس | بیوتکنولوژی طبیعت |
| ارائه شده از دانشگاه | مهندسی و علوم کاربردی، موسسه فناوری کالیفرنیا |
| نمایه (index) | Scopus – Master Journal List – JCR – Medline – ISC |
| شناسه شاپا یا ISSN | ۱۵۴۶-۱۶۹۶ |
| شناسه دیجیتال – doi | https://doi.org/10.1038/nbt.1558 |
| لینک سایت مرجع | https://www.nature.com/articles/nbt.1558 |
| رفرنس | دارای رفرنس در داخل متن و انتهای مقاله ✓ |
| نشریه | Nature |
| تعداد صفحات ترجمه تایپ شده با فرمت ورد با قابلیت ویرایش | ۱۸ صفحه با فونت ۱۴ B Nazanin |
| فرمت ترجمه مقاله | pdf و ورد تایپ شده با قابلیت ویرایش |
| وضعیت ترجمه | انجام شده و آماده دانلود رایگان |
| کیفیت ترجمه |
مبتدی (مناسب برای درک مفهوم کلی مطلب) |
| کد محصول | F2006 |
| بخشی از ترجمه |
| هدف SGBN تخصیص ارتباط بین نگاره‌ها و انواع نقاط اتصال و حواشی آن بود و نه طراحی دقیق نگاره‌ها. معنی نمودار SBGN به موقعیت نسبی نمادها ربطی نداشت. به‌علاوه به رنگ‌ها، الگوها، هاشورها، شکل‌ها و ضخامت لبه‌ها نیز بستگی نداشت (شکل ۲). هم‌چنین برچسب‌های نمادها تنظیم‌نشده بودند و تنها در درون نقشه نیاز بود که منحصربه‌فرد باشند. درنهایت واضح بود که غیرممکن است که از همان ابتدا یک‌زبان کامل و بی‌نقص طراحی شود. سوای داشتن دانش قبلی، نیاز به زبان گسترده و وسیعی داشت که بسیاری از تازه‌کاران به دلیل پیچیدگی بیش‌ازحدش از آن اجتناب می‌کردند. بنابراین جامعه SBGN تا توسعه زبان را به سطوح مختلف تقسیم کند. هر سطحی در SBGN نشان‌دهنده مجموعه‌ای مفید از قابلیت‌های کار کردی است که جامعه کاربران در کفایت آن برای مجموعه‌ای از اهداف و کارهای منطقی توافق دارند. ظرفیت‌ها و ویژگی‌هایی که در مورد آن به توافق نرسیده‌اند یا مورد قضاوت ناکافی قرارگرفته‌اند و برای سطح داده‌شده مهم و اساسی هستند در سطح بعدی موردبررسی قرار می‌گیرند. با این روش، توسعه SBGN مرحله‌به‌مرحله انجام می‌شود، هر سطح بالاتری از SBGN نسبت به سطوح پایین‌تر از غنای بیشتری برخوردار است و این در حالی است که هر زمان که لازم باشد رقابت‌پذیری را حفظ خواهد کرد. علاوه بر این، تنها با استفاده واقعی از زبان‌های SBGN است که به ما خواهد گفت چقدر برای جوامع علمی گوناگون مفید هستند و چنین تجربه‌ای به‌طور حتم تکامل نمادها را شکل می‌دهد. سه زبان SBGN نهادهای مولکولی دارای ویژگی‌های بسیاری هستند که بر تراکنش‌های آن‌ها بر سایر موجودهای مولکولی تأثیر می‌گذارد. تلاش برای نشان دادن تمامی واکنش‌ها و تراکنش‌ها در یک نمودار اغلب بیهوده است و معمولاً تبدیل به آشفته‌بازاری خواهد شد. سبک‌های مختلف نمادها که در بخش‌های فوق ذکر شد تلاشی در جهت کنترل این پیچیدگی بود که به‌وسیله نمایش آنچه واقعاً در یک زمینه خاص لازم بود یا آنچه از طریق دیدگاه‌های خاص سیستم در دسترس بود، انجام شد. هر دیدگاه تنها بر بخشی از معنای کل سیستم تمرکز داشت، که به سبک‌سنگین کردن قابلیت درک نمودار در برابر تکمیل دانش زیستی می‌پرداخت. SBGN این استراتژی را دنبال کرد و به تعریف سه نوع نمودار تکمیلی و قائم می‌پردازد که می‌توان آن را در سه طرح جایگزین از اطلاعات زیستی اصلی پیچیده‌تر می‌توان دید. نمودار فرایند از نمادهای سبک ـ فرایند الهام می‌گیرد، ایده‌های خود را وامدار CellDesigner و EPE است. در عوض، نمودار رابطه موجودها بیشتر بر اساس نماد MIM، Kohn است. نمودار جریان فعالیت SBGN تنها آبشار فعالیت را نشان می‌دهد، بنابراین نماد بیشتر شبیه به نمایه‌های تقلیل یافته‌ای است که اغلب در ادبیات فعلی برای توصیف مسیرهای علائم و شبکه‌های تنظیم ژنی استفاده می‌شود. در شکل ۲ ما هر سه دیدگاه را که در نمونه‌ای بسیار ساده به‌کاربرده شده را نشان می‌دهیم. ویژگی‌های زبان‌های SBGN در جدول ۲ به‌اختصار آمده است. ایده داشتن سه نوع نمودار این سؤال را در ذهن برمی‌انگیزد که آیا امکان دارد که آن‌ها را حداقل روی کاغذ در هم ادغام کنیم. به دو دلیل پاسخ منفی است. اول اینکه، داشتن یک نوع نمودار بازهم ما را به همان مشکل مواجهه با اعداد غیرقابل فهم از تراکنش‌ها که در قسمت‌های فوق راجع به آن گفته شد، برمی‌گرداند. دوم اینکه هر زبان SBGN بازتاب تفاوت‌های اساسی در توصیف رسمی یک پدیده است. معانی آن‌قدر با یکدیگر تفاوت دارند که ادغام آن‌ها در یک نمودار استحکام نمایه‌ای آن‌ها را به خطر می‌اندازد. داشتن چند زبان تصویری در مهندسی امری غیرعادی نیست (برای مثال؛ نمودارهای مسدود و نمودارهای مداری در الکترونیک، کلاس UML، نمودارهای گسترش و توالی حالت در مهندسی نرم‌افزار را در نظر بگیرید) چنین مواردی داشتن سه زبان زیرمجموعه در SBGN را اثبات می‌کند و اینکه چنین مواردی در عمل قابل‌کنترل هستند. در SBGN اشتراک نمادها نشان‌دهنده مفاهیم یکسان است که بعدها تفاوت‌های موجود بین سه زبان را کاهش می‌دهد و به تفاوت‌های معنایی و نحوی تبدیل می‌شوند. ما معتقدیم که چنین چیزی همراه با طراحی مفید بسیاری از دشواری‌های مربوط به یادگیری SBGN را می‌کاهد. بااین‌حال باید خاطرنشان کرد که تعامد تروتمیز زبان‌ها نقاط اشتراکشان را محدود می‌کند به‌خصوص در قوس‌های تعدیلی و در چیدمان نقاط اتصال. نمودار فرایند SBGN نمودار فرایند تمامی فرایندها و تراکنش‌های مولکولی که در موجودهای بیو شیمیایی روی می‌دهد و نیز نتایج آن‌ها را نشان می‌دهد. این نوع از نمودار چگونگی تبدیل موجودها از یک‌شکل به شکل دیگر را درنتیجه تأثیرات متفاوت نشان می‌دهد؛ پس این نوع از نمودار ویژگی‌های موقتی رویدادهای مولکولی را در واکنش‌های بیوشیمیایی به تصویر می‌کشند. در این صورت، روشی که در ورای نمودارهای فرایند وجود دارد همانی است که در طرح‌های آشنای موجود در کتاب‌ها درباره مسیرهای متابولیک وجود داشت. نقطه‌ضعف اصلی نمودارهای فرایند آن است که یک موجود داده‌شده چنانچه در حالت‌های مختلف وجود داشته باشد باید در همان نمودار بارها نشان داده شود؛ بنابراین نماد به انفجارهای ترکیبی موجودهای ممکن و واکنش‌های آن حساس است همان‌طور که در مسیرهای علائم نیز مسئله همین است. نمودار سطح ۱ فرایند SBGN شش نوع اصلی از تصویر نگاره‌ها را تعریف می‌کند: ائتلاف نقاط اتصال موجود، نقاط اتصال فرایندی، نقاط اتصال حاوی، نقاط اتصال مرجع، قوس‌های ارتباطی و عوامل منطقی (یادداشت تکمیلی ۱). در شکل ۳ الف، ما نمونه‌ای کامل از نمودار فرایند SBGN را نشان می‌دهیم. تعداد نمادهای سطح ۱ نمودار فرایند SBGN عمداً محدودشده‌اند تا به‌آسانی حفظ شوند. نمادها را در سطوح بالاتر SBGN(شاید با استفاده از خرده نمادها) می‌توان تقویت کرد. جدول ۳ فهرستی از پروژه‌های نرم‌افزاری که هم‌اکنون از نمودار سطح ۱ فرایند حمایت می‌کنند را نشان می‌دهد (یادداشت تکمیلی ۲ را نیز ببینید). برخی از این‌ها بر اساس طراحی دستی مسیرها هستند درحالی‌که مابقی مانند Arcadia، به‌طور اتوماتیک SBGN PD را از روی مدل‌های SBML می‌سازند که حاشیه‌نویس آن‌ها از سیستم‌های هستی‌شناسی زیست‌شناسی گرفته‌شده است. رمزگشایی نمودار SBGN با استفاده از فرمت‌های قابل خوانش رایانه‌ای، گامی اساسی در جهت تبادل و استفاده مجدد از نمودارهای SBGN است که هم‌اکنون توسط فرمت‌های مختلفی چون SBML،GML و graphML با ابزارهای مختلف پشتیبانی می‌شود و نیز فرمت کلی تبادلی XML بنیان برای SBGN هم‌اکنون در دست بررسی است. نمودار رابطه موجود SBGN نماد SBGN در روابط موجود بیشتر بر تأثیراتی که موجودات بر تغییر شکل یکدیگر دارند تأکید دارد تا خود تغییر شکل‌ها. می‌توان تصور کرد که هریک از روابط نشان‌دهنده یک نتیجه مشخص از آزمایش علمی یا مقاله است. نکات اضافی روی نقشه نشان‌دهنده دانشی که ما از تأثیر موجودات بر یکدیگر داریم، می‌باشد. برخلاف نمودار فرایند، که فرایندهای مختلف بر یکدیگر تأثیر داشتند، روابط مستقل هستند و این استقلال اجتناب از انفجارهای ترکیبی اصلی در نمودارهای فرایند است. برعکس نمودارهای فرایند یک موجود داده‌شده ممکن است یک‌بار ظاهر شود. خوانندگان با اولین نگاه تأثیرات محتمل و تراکنش‌هایی که بر موجود تأثیر می‌گذارد را درمی‌یابند بدون اینکه مجبور باشند کل نمودار را برای کشف حالت‌های مختلفی که یک موجود ممکن است در آن باشد بگردند، یا تمامی لبه‌ها را در جستجوی نقاط اتصال فرایند مربوط جستجو کنند. |
