دانلود ترجمه مقاله آزمون بر اساس ترانسکریپتوم آلرژن دانه گرده برنج – نشریه CellPress

• فهرست مطالب:

چکیده
مقدمه
نتایج و توضیحات
آلرژی زاهای گروه اصلی گردۀ ۱
Ory s 1
Ory s 2
آلرژی زاهای گروه بالقوۀ ۱،۲و۳
پروفیلین Ory s 12) A)
Ory s 23
دیگر الرژی زاهای مفروض
ارزیابی پروتئین ها به منظورفعالیت آلرژی زایی بالقوه
بیان و تقویت بالقوۀ آلرژی زاهای گردۀ مفروض
روش ها
ریزآرایه
ایزوله سازی گرده
آماده سازی RNA
هیبریدشدگی ریزآرایۀ اولیگونوکلئوتید و مجموعۀ داده ها

• بخشی از ترجمه:

از آنجائیکه میزان کل  RNAآغازین کم بود، در نتیجه کیت سنتز cDNA Two-Cycle GeneChip از Affymetrix برای آماده سازی هدف با تقویت نشانه استفاده شد. آرایۀ اولیگونوکلئوتید Affymetrix GeneChip Rice Genome برای هیبریدشدگی (۴۵ درجۀ سانتی گراد به مدت ۱۶ ساعت) توام با ترکیب حاوی ۱۵ lg cRNA قطعه قطعه استفاده شد.مراحل لکه گیری و شستشوی متعاقب با Gene-Chip Fluidics Station 450 انجام شد و chipها بااستفاده از GeneChip Scanner 3000 اسکن شدند. در تمام رویه های آزمایشی دستورالعمل های تصریح شده در Affymetrix GeneChipExpression Analysis Technical Manual انجام شد.کنترل ابزار و مجموعۀ داده ها با نرم افزار  GeneChip Operating(GCOS, ver. 1.1.1)انجام گرفت. به منظور به حداقل رسانی تغییرپذیری آزمایشی، عملیات ریزآرایۀ استاندارد شده توسط محقق مجرب در طول مطالعه انجام  شد.کیفیت و کمیت نمونه های اصلی RNA و ردیاب های cRNA بوجود آمده با Bioanalyzer2100(Agilent (Technologies, Palo Alto, CA, USA و اندازه گیری های طیف نورسنجی در ۲۶۰ و ۲۸۰ با طیف سنج Nanodrop ND-1000( Nanodrop Technologies, Wilmingon, DE, USA) تعیین شد. داده های ریزآرایه ایی حاصل از تمام chipها، معیارهای کنترل کیفیت تنظیم شده با Affymetrix را دارا بودند. همخوانی و تطابق داده ها از طریق ضریب همبستگی پیرسون (r) حمایت شد. این ضریب برای رونوشت های بیولوژیکی/تکنیکی گرده عبارت بود از ۰٫۹۸۹۸،۰٫۹۹۳۱ و ۰٫۹۹۷۱ و برای رونوشت های جوانۀ کنترل عبارت بود از ۰٫۹۹۱۸, ۰٫۹۹۲۵ و ۰٫۹۹۲۹٫ دعوت( (Callرونوشت ها بر اساس روش Affymetrix PM/MM و بااستفاده از نرم افزار GCOS(نسخۀ ۱٫۱٫۱) به صورت حاضر(p , 0.05)، غائب (p . 0.10) یا حاشیه ایی (۰٫۰۵ , p , 0.10) محاسبه شد. ارزش تنظیم بالادست و شدت دستگاه ردیاب با استفاده از GC Robust Multi-array Average (GCRMA) تنظیم زمینه، نرمالسازی چارک، و خلاصه سازی polish میانی با داده های سطح ردیاب ریزآرایۀ Affymetrix با استفاده از afflmGUI محاسبه شد.

• بخشی از مقاله انگلیسی:

Pollen allergens represent a major human health challenge that is particularly pernicious among wind-pollinated seed plants and particularly the grasses (Mohapatra et al., 2005). Often, these proteins are among the most abundantly produced proteins in their life history. These proteins may play a biological role in facilitating and enabling the elongation of the pollen tube, which may occur through controlling the internal metabolism of the tube and modifying the immediate environment of the tube. In anemophilous plants such as rice, pollen is at least partially desiccated and is protected by a thick layer of proteins and a lipid coat which together provide a barrier effect. Both proteins and lipids in rice may be implicated in allergic response to pollen (Asero et al., 2007; Sen et al., 2003). Not surprisingly, genes that produce these proteins are frequently present in multiple copies, and are frequently closely situated to one another. Grasses have evolved a group of allergens that appear to be largely restricted to species of Poaceae. In maize, the recent proliferation of Group 1 pollen allergens has been well documented, suggesting a rapid diversification of cell wall modifying genes that also occupy a role in human allergy (Valdivia et al., 2007). A similar pattern of expression was proposed using the rice genome to identify putative pollen allergens with these domains and other motifs (Jiang et al., 2005). In the rice genome, pollen allergens represent conspicuous and highly transcribed groups of genes with conserved sequences. In order to further understand their relationship and diversification, an investigation was conducted on their genomic sequence and placement, as well as the nature of conservation of coding and regulatory sequences. Given the known doubling of chromosomes in rice and the age of this event (Wang et al., 2007), conservation of pollen allergens could be reflected in copy numbers, positioning and diversifi- cation of function of expressed proteins. In general, the pollen transcriptome has been found to be the most highly divergent of flowering plant life history according to microarrays of Arabidopsis (Becker and Feijo, 2007 and references therein) and MPSS (massively parallel signature sequencing of transcripts, Nobuta et al., 2007). Proteomic data indicate that pollen transcripts are translated at high expression levels at anthesis in Arabidopsis (Holmes-Davis et al., 2005; Noir et al., 2005; Sheoran et al., 2006), tomato (Sheoran et al., 2007) and in rice (Dai et al., 2006), and that dynamic changes occur during pollen germination and initial elongation of the tube (Dai et al., 2007). We undertook this examination of pollen expression in rice employing the Affymetrix 57K rice genome chip to assess whether suspected allergens indeed express a pollen enhanced profile. Genomic features will then be examined that may contribute to explaining their high level of expression. RESULTS AND DISCUSSION Pollen allergens of Oryza sativa recognized by the International Union of Immunological Societies (IUIS) official list of allergens (www.allergen.org/) include Ory s 1, which represents a beta-expansin gene; Ory s 7, which represents an EFhand protein; and Ory s 12, which represents profilin A. Non-IUIS Ory s 2, Ory s 11, and Ory s 23 are largely designated from rice genome annotations of homologues of Phl p 2, Phl p 11, and Cyn d 23. In a survey of the rice genome for potential allergens, Jiang et al. (2005) used homologues of three general pollen allergen motifs: Ole e 1, expansins and ribonucleases, but their occurrence was not validated for pollen expression. There are additional candidate protein families that were not considered, as well. In the current study, Affymetrix rice genomic microarray tests revealed the most highly expressed and up-regulated pollen genes bearing similarities with grass allergens. These findings were confirmed by MPSS signatures of anthesis rice pollen (dataset NPO at www.mpss.udel.edu/rice/), expressed sequence tags (ESTs, at TIGR and NCBI), and proteome data from developing and mature rice anthers (Kerim et al., 2003a, 2003b; Imin et al., 2004; Dai et al., 2006, 2007). Canonical pollen allergens are characteristically highly expressed in pollen, often largely restricted to gametophytic expression, and involved in unique attributes of pollen physiology. Radauer and Breiteneder (2006) examined pollen allergens known to elicit allergenic response and categorized them into prevalent protein groups, which we then screened to identify candidates based on high expression and up-regulation in pollen. Intheonlyothergenomic survey ofrice pollenallergens, Jiang et al.

دانلود رایگان مقاله انگلیسی

خرید ترجمه فارسی مقاله