دانلود ترجمه مقاله ترکیب ژنوم و واگرایی ویروس جدید کرونا (2019-nCoV) (ساینس دایرکت – الزویر 2020)

ترکیب ژنوم و واگرایی ویروس جدید کرونا (2019-nCoV) با منشا چین

Genome Composition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV) Originating in China

گزارمانی جامع بر ژنوم ویروس کرونای تازه کشف شده (2019-nCoV) نمایانگر تفاوتی هایی میان 2019-nCoV و کرونا ویروس های عامل سندرم تنفسی حاد شدید (سارس) یا کروناویروس های شبه سارس بوده است. انجام مقایسه ای سازمان یافته به شناسایی 380 استخلاف آمینواسید در میان این کروناویروس ها انجامیده است که این امر ممکن است تنوع عملکردی و بیماری زایی ویروس کرونای نوظهور 2019 را موجب شده باشد.

ویروس کرونای (CoV) جدیدی که سازمان جهانی بهداشت به آن نام «ویروس کرونای نوظهور 2019» یا «2019-nCoV» را اطلاق کرده است، مسئول همه گیری اخیر ذات الریه‌ای است که در اوایل دسامبر 2019 در شهر ووهان چین از ایالت هوبئی آغاز گردید . این همه گیری در ارتباط با بازار گسترده حیوانات و غذاهای دریایی بوده و تحقیقات به منظور تعیین منشأ عفونت در جریان است. تا به امروز، هزاران عفونت انسانی در چین و نیز بسیاری موارد سرایت در سراسر جهان تایید شده است .

ویروس های کرونا عمدتاً منجر به عفونت های تنفسی و دستگاه گوارشی می گردند و از نظر ژنتیکی به چهار سرده طبقه بندی میشوند: آلفا-کروناویروس، بتا-کروناویروس، گاماکروناویروس و دلتاکروناویروس . دو سرده ی اول عمدتاً پستانداران را آلوده می نمایند؛ درحالی که دو سرده ی گاما و دلتا غالباً پرندگان را آلوده می سازند . شش نوع از کروناویروس های انسانی پیشتر شناخته شده اند. این انواع عبارتند از HCoV-NL63 و HCoV-229E که متعلق به سرده آلفاکروناویروس ها می باشند؛ و HCoV-OC43 و HCoV-HKU1، ویروس کرونای عامل سندرم تنفسی حاد شدید (SARS-CoV) و ویروس کرونای عامل سندرم تنفسی خاورمیانه‌ای (MERS-CoV) که به سرده بتاکروناویروس ها تعلق دارند . ویروس کرونا تا زمان همه گیری جهانی (پاندمی) سارس سال 2003، و پس از آن مرس 2012 و اخیراً همه گیری ویروس کرونای نوظهور 2019 توجه عمومی را به خود جلب نکرد . SARS-CoV و MERS-CoV شدیداً بیماری زا درنظر گرفته شده اند و احتمال بالایی وجود دارد که هردو از خفاش ها به زبادهای نخلی یا شترهای یک کوهانه و درنهایت به انسان ها انتقال یافته باشد .

ژنوم ویروس های کرونا، که اندازه آنها بین حدود 26000 تا 32000 باز متغیر است، شامل تعداد متغیری (6 الی 11) چارچوب خوانش باز (ORFs) می باشند . نخستین ORF که دربردارنده حدود 67 درصد از کل ژنوم است، 16 پروتئین غیرساختاری (nsps) را تولید می نماید؛ درحالی که باقی ORFها مسئولیت رمزگردانی پروتئین های کمکی و پروتئین های ساختاری را برعهده دارند . چهار پروتئین ساختاری اصلی عبارتند از گلیکوپروتئین سطحی گرزی شکل (S)، پروتئین کوچک پوشش ویروس (E)، پروتئین ماتریکس (M) و پروتئین نوکلئوکپسید (N). گلیکوپروتئین سطحی گرزی شکل در اتصال به گیرنده های سلول میزبان نقش حیاتی داشته و تعیین کننده گرایش ویروس به میزبان است . پروتئین های گرزی شکل کروناویروس های عامل سارس و مرس از طریق دامنه های متفاوت متصل شونده به گیرنده (RBDs) به گیرنده های مختلف میزبان متصل میگردند. کروناویروس عامل سارس از آنزیم تبدیل کننده آنژیوتانسین 2 (ACE2) به عنوان یکی از گیرنده های اصلی خود استفاده می نماید . گیرنده ی ثانوی آن CD209L می باشد . این درحالی است که کروناویروس عامل مرس دی پپتیدیل پپتیداز 4 (DPP4 که تحت عنوان CD26 نیز شناخته میشود) را به عنوان گیرنده اصلی خود به کار می برد. ارزیابی های اولیه نشان دهنده این است که ویروس کرونای نوظهور 2019 همبستگی تکاملی نزدیکی با کروناویروس های خفاشی سارس مانند دارد . در اینجا، بر مبنای سه ژنوم ابتدایی تعریف شده برای کروناویروس نوظهور (2019-nCoV)، شامل ووهان/IVDC-HB-01 (شماره دستیابی در GISAID: EPI_ISL_402119) (HB01)، ووهان/IVDC-HB-04/2019 (شماره دستیابی: EPI_ISL-402120) (HB04) و ووهان/IVDC-HB-05/2019 (شماره دستیابی: EPI_ISL_402121) (HB05)، گزارمان ژنومی جامعی بر روی این ویروس در مقایسه با کروناویروس های مشابه صورت گرفته است. این دسته شامل 1008 کروناویروس عامل سارس انسانی، 338 کروناویروس خفاشی شبه سارس و 3131 کروناویروس عامل مرس انسانی می باشند که ژنوم هایشان پیشتر، از طریق پایگاه داده عوامل بیماری زای ویروسی و منابع آزمایشی (ViPR) و NCBI در 12 ژانویه 2020 منتشر شده است (تاریخ انتشار: 12 سپتامبر 2019).