دانلود ترجمه مقاله پایداری دارویی در واکنش های مربوط به lncRNA و mRNA در ۱۹ نوع سرطان (ساینس دایرکت – الزویر ۲۰۱۹) (ترجمه ویژه – طلایی ⭐️⭐️⭐️)

پایداری دارویی در واکنش های مربوط به lncRNA و mRNA در ۱۹ نوع سرطان

Drug Resistance-Related Competing Interactions of lncRNA and mRNA across 19 Cancer Types

مقدمه

نتایج

شبکه ها و الگو های ceRNA

الگو های مهم مرتبط با مقاومت دارویی

تحلیل پان دراگ در الگو های مهم در LUAD

تحلیل پان کانسر برای الگو های مهم باسوتینیب

مطالعه موردی مکانیزم های احتمالی ceRNA در مقاومت داروئی

بحث

مواد و روش

گرداوری اطلاعات و پیش پردازش

ساختار شبکه ceRNA

شناسایی الگو ها در شبکه ceRNA

شناسایی خطوط سلول مقاوم در برابر دارو و حساسیت های دارویی

شناسایی الگو های مهم مرتبط با مقاومت دارویی

تحلیل کاربردی الگو های مهم

دسترسی به اطلاعات و مواد

منابع

مقاومت دارویی یکی از دلایل رایج عدم موفقیت درمان در درمان های سرطان است و مکانیزم های مولکولی نیازمند بررسی بیشتر هستند. RNAs (ceRNAs) درون زای رقیب می توانند از طریق مشارکت در فرایندهای مختلف زیست شناسی بر واکنش دارویی تاثیر گذار باشند، از جمله این فرایندها می توان به تنظیم نوع سلول، انتقال سیگنال و غیره اشاره کرد. در این تحقیق، ما به بررسی سیستماتیک مقاومت از چشم انداز الگو های ceRNA پرداخته ایم. در ابتدا، یک شبکه عمومی از ceRNA ساخته ایم که در برگیرنده ۸۳ RNA بلند بدون کد (lncRNAs) و ۳۷۹ mRNAs می باشد. سپس، الگو های مقاومت دارویی را برای ۱۳۸ دارو و ۱۹ نوع سرطان شناسایی کردیم که مجموع آنها ۷۵۸ موقعیت دارویی سرطان را شامل می شوند. تحلیل عملکرد نشان داد که فرایندهای زیست شناسی مقاومت دارویی در این الگو ها زیاد اتفاق می افتند. تحلیل های پان دراگ و پان کانسر نشان دهنده الگو های مشابه و ویژه برای داروها و سرطان های متفاوت می باشند. به علاوه، ما پی بردیم که جفت های دارویی دارای الگو های مشترک دارای ساختار یکسان هستند که این عامل دلالت بر ریسک بالای مقاومت چند دارویی (MDR) دارد. در نهایت، ما پیش بینی می کنیم که ceRNA جفت شده با GAS5-RPL8 می تواند مقاومت دارویی را تنظیم کند زیرا بیان پایین GAS5 باعث افزایش بازدارندگی میکرو RNA (miRNA)- در RPL8 می شود. در مجموع، ما به بررسی مقاومت دارویی از طریق استفاده از الگو های ceRNA پرداخته ایم و بیان کردیم که الگو های ceRNA می توانند شاخص های جدید برای مقاومت دارویی باشند و دلالت بر وجود مکانیزم جدید دارند.

شناسایی خطوط سلول مقاوم در برابر دارو و حساسیت های دارویی

ما در ابتدا موقعیت درمان دارویی را به عنوان خط سلول در سرطان درمان شده با یک دارو تعریف کردیم. برای هر کدام از موقعیت ها، یک خط سلول به عنوان خط سلول مقاوم در داروی خاص در نظر گرفته می شود اگر مقدار IC50 بیشتر از مقدار میانگین ۰٫۸ برای SD تمام خطوط سرطانی باشد). به عبارت دیگر، خط سلول دارای مقدار IC50 کمتر از مقدار میانگین منهای SD به عنوان خط سلول حساسیت دارویی در نظر گرفته می شود. علاوه بر این، تعداد خطوط سلولی مقاوم و حساس نباید کمتر از سه برای هر موقعیت باشند. بنابراین، ۷۵۸ موقعیت دارای معیار بالا هستند که در برگیرنده ۱۹ نوع سرطان و ۱۳۸ دارو می باشند (جزئیات در S3). تعداد نهایی خطوط سلولی مقاوم و حساس برای ۱۹ سرطان در جدول ۲ نشان داده شده اند.

Drug resistance is a common cause of treatment failure in cancer therapy, and molecular mechanisms need further exploration. Competing endogenous RNAs (ceRNAs) can influence drug response by participating in various biological processes, including regulation of cell cycle, signal transduction, and so on. In this study, we systematically explored resistance from the perspective of ceRNA modules. First, we constructed a general ceRNA network, involving 83 long non-coding RNAs (lncRNAs) and 379 mRNAs. Next, we identified the drug resistance-related modules for 138 drugs and 19 cancer types, totaling 758 drug-cancer conditions. Function analysis showed that resistance-related biological processes were enriched in these modules, such as regulation of cell proliferation, DNA damage repair, and so on. Pan-drug and pan-cancer analyses revealed some common and specific modules across multiple drugs or cancers. In addition, we also found that drug pairs with common modules have similar structure, indicating high risk for multidrug resistance (MDR). Finally, we speculated that ceRNA pair GAS5-RPL8 could regulate drug resistance because low expression of GAS5 would enhance microRNA (miRNA)-mediated inhibition of RPL8. In total, we investigated the drug resistance by using ceRNA modules and proposed that ceRNA modules may be new markers for drug resistance that indicated a possible novel mechanism.

Identification of Drug-Resistant and -Sensitive Cell Lines

We first defined drug treatment condition as the cell lines of one cancer type treated with one drug. For each condition, a cell line was considered as a resistant cell line of the specific drug if its IC50 value was greater than the mean value plus 0.8 times of the SD of all cell lines of the specific cancer type. Otherwise, a cell line with IC50 less than the mean value minus 0.8 times of the SD was defined as a drug-sensitive cell line. Moreover, the numbers of both resistant and sensitive cell lines should be not less than three for each condition. Thus, 758 conditions satisfied the above criteria, which included 19 cancer types and 138 drugs (details in Data S3). The total numbers of resistant and sensitive cell lines of the 19 cancer types were shown in Table 2.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

پایداری دارویی در واکنش های مربوط بهlncRNA و mRNAدر ۱۹ نوع سرطان

Drug Resistance-Related Competing Interactions of lncRNA and mRNA across 19 Cancer Types