دانلود ترجمه مقاله یک سرور وب برای پیش بینی و آنالیز بر اساس داروشناسی شبکه (Oxford Journals ۲۰۱۶) (ترجمه ویژه – طلایی ⭐️⭐️⭐️)

سیستم های بارانداز: یک سرور وب برای پیش بینی و آنالیز بر اساس داروشناسی شبکه

systemsDock: a web server for network pharmacology-based prediction and analysis

چکیده:

مقدمه

روش سیستم های بارانداز و سطح مشترک

آماده سازی مولکول

شبیه سازی پیوند و عملکرد آن

خروجی و ملاحظه ی نتایج

کاربرد ومورد پژوهشی

نتیجه گیری و چشم انداز

منابع

چکیده

در حال حاضر، سیستم های بارانداز یک وب سرور برای پیش بینی و تجزیه و تحلیل مبتنی بر داروشناسی شبکه می باشد که اجازه ی شبیه سازیِ اتصال و ترسیم مسیر مولکولی را برای مشخصه ای جامع از انتخاب لیگاند و تفسیر عملکرد لیگاند بر یک شبکه مولکولی پیچیده می دهد. این، یک تابع امتیازدهی که به خوبی طراحی شده است را، برای پیوند مولکولی برای ارزیابی پتانسیل اتصال پروتئین لیگاند در نظر می گیرد. برای آزمایش در مقیاس بزرگ و سهولت بررسی، سیستم های بارانداز یک رابط کاربری ساده ی GUI دارند، برای آماده سازی مولکول، تعیین کردن پارامتر و بازرسی نتایج. پتانسیل اتصال دهنده لیگاند در برابر پروتئین های فردی می تواند به طور مستقیم بر روی یک نقشه متقابل مولکولی آپلود شده، نمایش داده شود و به کاربران اجازه دهد تا به طور سیستماتیک اثر وابسته به شبکه ی یک نامزد مواد دارویی یا دارو را بررسی کنند. یک مطالعه موردی برای نشان دادن چگونگی استفاده از سیستم بارانداز برای کشف یک فعالیت چند هدفه ی آزمایشی، مورد استفاده قرار گرفته است. سیستم بارانداز به صورت رایگان در سایت http://systemsdock.unit.oist.jp/ در دسترس می باشد.

نتیجه گیری و چشم انداز

سیستم های بارانداز اولین سرویس وب است که توسعه دهندگان دارو را قادر می سازد پیش بینی و تجزیه و تحلیل مبتنی بر داروشناسی شبکه را با تلفیق نتایج زیست شناسی ساختاری با زیست شناسی سیستم انجام دهند. رابط گرافیکی کاربر پسند (GUI)، عملیات ضروری برای غربالگری در مقیاس وسیع را ساده می کند. با استفاده از رویکرد پیش بینی بارانداز، سیستم های بارانداز می توانند تعداد زیادی از پروتئین های هدف را با دقت پیش بینی خوب آزمایش کنند. این، تعداد آزمایشات را برای آزمایش زیست شناسی کاهش می دهد. به عنوان مثال، ما استفاده از سیستم های بارانداز را در تحقیق عوامل و اهداف ضد آنفلوانزا با استفاده از داروشناسی شبکه نشان دادیم. پیشرفت در مسیر درمان و همچنین منابع باز، فرصتی عالی برای بهینه سازی داروهای polypharmacology برای تحقیقات دارویی است. با نقشه مسیرها، سیستم های بارانداز کمک می کند تا به طور جامع مکانیزم پایه یک نامزد دارو را توصیف کنیم و اثرات جامع ناشی از آن را تفسیر کنیم، پیش بینی اثربخشی دارو و ایمنی آن را بهبود ببخشیم.

Abstract

We present systemsDock, a web server for network pharmacology-based prediction and analysis, which permits docking simulation and molecular pathway map for comprehensive characterization of ligand selectivity and interpretation of ligand action on a complex molecular network. It incorporates an elaborately designed scoring function for molecular docking to assess protein–ligand binding potential. For large-scale screening and ease of investigation, systemsDock has a user-friendly GUI interface for molecule preparation, parameter specification and result inspection. Ligand binding potentials against individual proteins can be directly displayed on an uploaded molecular interaction map, allowing users to systemically investigate networkdependent effects of a drug or drug candidate. A case study is given to demonstrate how systemsDock can be used to discover a test compound’s multi-target activity. systemsDock is freely accessible at http://systemsdock.unit.oist.jp/.

CONCLUSION AND OUTLOOK

systemsDock is the first web service enabling drug developers to carry out network pharmacology-based prediction and analysis by integrating results from structural biology with systems biology. Its user-friendly GUI interface simplifies essential operations for large-scale screening. Using the predictive docking approach, systemsDock can test a large number of target proteins with good prediction accuracy. This will reduce the number of tests for bioassay. As an example, we demonstrated the application of systemsDock in investigation of anti-influenza agents and targets using network pharmacology. Progress in pathway curation as well as open resources provide a great opportunity to rationally optimize drug polypharmacology for pharmaceutical research. Together with a curated pathway map, systemsDock helps to comprehensively characterize the underlying mechanism of a drug candidate and to interpret its cascading effects, improving the prediction of drug efficacy and safety.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

سیستم های بارانداز: یک سرور وب برای پیش بینی و آنالیز بر اساس داروشناسی شبکه

systemsDock: a web server for network pharmacology-based prediction and analysis