دانلود ترجمه مقاله تنوع ژنتيکی Pyricularia grisea، عامل موثر ایجاد بلاست برنج توسط SRR – مجله SemanticScholar 2015

تنوع ژنتيکی Pyricularia grisea، عامل موثر ایجاد بلاست برنج توسط SRR

GENETIC DIVERSITY OF Pyricularia grisea, THE CAUSAL AGENT OF RICE BLAST BY SRR

چکیده

مقدمه

مواد و روش ها

جمع آوری و کشت جدایه های قارچی

بررسی و شناسایی جدایه های قارچی

تجزیه و تحلیل مولکولی. استخراج DNA

رقیق سازی DNA ژنومی استخراج شده

تکثیر PCR آلل ها در لوکوس SSR

تجزیه و تحلیل داده ها

نتایج و بحث

نتیجه گیری

چکیده

Pyricularia grisea، قارچ بلاست برنج، تهدید اصلی آسیب به برنج در ایران و در سراسر جهان است. در اين تحقيق، تنوع ژنتيکي P. grisea جمع آوري شده از مزارع مختلف استان گيلان با استفاده از 14 آغازگر ريزماهواره مورد ارزيابي قرار گرفت. این پرایمرها 64 باند پلی مورفیکی، با میانگین 57/4 باند برای هر نشانگر تولید می کنند. میانگین محتوای اطلاعات پلی مورفیک در تمام پرایمرها 734/0 بود، میانگین تعداد آلل ها 68/2، میانگین هتروزيگوسيتي نی 7334/0 و میانگین شاخص اطلاعات شانون 05/1 بود. آغازگر SSR43،44 داراي بيشترين اطلاعات پلي مورفيک (PIC = 0.85)، تعداد آلل مشاهده شده (n = 8)، تعداد موثر آلل ها (ne = 3.76)، هتروزيگوسيتي مورد انتظار نی (Ne = 0.861)، شاخص اطلاعات شانون (I = 1.38) بود. این نشانگر بهترین آغازگر بین 14 آغازگر مورد استفاده در ارزیابی تنوع ژنتیکی P. grisea بود. تجزیه و تحلیل خوشه ای با استفاده از ماتریس شباهت تطابق ساده و UPGMA انجام شد. نتايج نشان داد که جدايه هاي مطالعه شده از طريق برش دندروگرام در سطح پیوند مشابه 76/0، در 3 دسته طبقه بندي شدند. شماره 1 گروه اصلی و نشان-دهنده ی بیشتر این جدایه ها بود. نتایج تجزیه و تحلیل مختصات اصلی نیز جداسازی ها را به سه گروه تقسیم می-کنند که دقیقا مشابه با تجزیه خوشه ای است. به طور كلي، نتايج ما نشان داد كه آغازگرهای ريزماهواره به عنوان نشانگرهاي خوب و مناسب براي تجزيه و تحليل ساختار P. grisea هستند.

Sere و همکاران [2007] تنوع ژنتیکی را در 55 جدایه P. grisea از نقاط مختلف بورکینا فاسو با استفاده از 10 آغازگر RAPD-PCR بررسی کرده و بیان کردند که شباهت این جدایه ها بالا بود و ضریب همبستگی بین استرین ها از 63/0 تا 1 متغیر بود. آن ها همچنین با برش نمودار تجزیه خوشه ای از نقطه تشابه 65/0، جدایه ها را به پنج گروه جداگانه تقسیم کردند.
توزیع جدایه ها با استفاده از دو جزء اولیه حاصل از PIC، جدایه ها به سه گروه تقریبا یکسان با استفاده از تجزیه خوشه ای تقسیم کرد یا به عبارت دیگر نتایج این دو تجزیه و تحلیل مشابه بود. در PIC، اجزای اصلی اولیه، مقداری کمی از تفاوت فنوتیپی را توجیه کرد. این نشان می دهد که پرایمرهای مورد استفاده در این تحقیق توزیع ثابتی در ژنوم جدایه های P. grisea داشتند. کمتر بودن تفاوت اجزای اولیه در PIC در داده های مولکولی نشان-دهنده ی ارتباط کمتر محل های تکثیر شده با یکدیگر یا به عبارت دیگر ارتباط آن ها در ژنوم و توزیع مناسب آن در ژنوم بود.

Abstract

Pyricularia grisea, the rice blast fungus is the main pathological threats to rice crop in Iran and worldwide. In this research was evaluated the genetic diversity of P. grisea collected from different fields of Guilan province by using of 14 microsatellite primers. These primers produced 64 polymorphic bands by an average of 4.57 bands for each marker. An average of polymorphic information content in whole primers was 0.734, an average of effective number of alleles was 2.68, an average of Nei’s expected heterozygosity was 0.734 and an average of Shannon’s information index was 1.05. Primer SSR43,44 had the most polymorphic information content (PIC = 0.85), observed number of alleles (na = 8), effective number of alleles (ne = 3.76), Nei’s expected heterozygosity (Ne = 0.861) and Shannon’s information index (I = 1.38). This marker was the best primer between 14 used primers for evaluation the genetic diversity of P. grisea. Cluster analysis was done with simple matching similarity matrix and UPGMA method. The results showed that the studied isolates were classified into 3 lineages by cutting off the dendrogram at 0.76 similar linkage level. Number 1 was the major group and represented most of those isolates. Results of principal coordinate analysis also divided the isolates into three groups exactly similar to obtained with cluster analysis. Overall, our results confirmed that microsatellite primers were good and suitable markers for analyzing structure of P. grisea.

Séré et al. [2007] studied the genetic diversity in 55 isolates of P. grisea collected from the different regions of Burkina Faso by using 10 RAPD-PCR primers and declared that the similarity of those isolates was high and the similarity coefficient among the strains was variable from 0.63 to 1. They also divided the isolates into five separated groups by cutting the cluster analysis diagram from the similarity point of 0.65. Distribution of isolates by using two initial components resulting from PIC divided the isolates into three almost the same groups by the cluster analysis or in the other words the results of these two analyses were the same. In the PIC, the initial main components justified a small amount of phenotypic variance. This suggested that the used primers in this research had a constant distribution on the genome of P. grisea isolates. The lower of the initial components variance in the PIC in the molecular data showed the less relation of amplified sites with each other or in other words it was their linkage on the genome and its suitable distribution on the genome.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

تنوع ژنتيکی Pyricularia grisea، عامل موثر ایجاد بلاست برنج توسط SRR

GENETIC DIVERSITY OF Pyricularia grisea, THE CAUSAL AGENT OF RICE BLAST BY SRR