دانلود ترجمه مقاله تغییر الگو در تصدیق تشخیص مولکولی – وایلی ۲۰۱۴

ترتیب گذاری نسل جدید:تغییر الگو در تصدیق تشخیص مولکولی

Next Generation Sequencing: A Change of Paradigm in Molecular Diagnostic Validation

چکیده

آیا باید هر واریانت تایید شود؟

آیا ما می توانیم حساسیت / اختصاصیت / دقت / محدودیت تشخیص (LOD) را برای هر هدف و برای هر نوع نمونه محاسبه کنیم؟

چطور ما اصول بیوانفورماتیک و گزینش (curation) نتایج را تایید کنیم؟

آیا زمان برگشت (TAT) رقابتی است؟

مینیمم تعداد اهدافی که NGS را در تشخیص مقرون به صرفه می سازند، کدام است؟

چطور NGS با مواد نمونه بالینی روتین اجرا می شود؟

NGS – یک روش فنی تشخیص طیف گسترده

چکیده

توالی یابی نسل جدید (NGS) آغاز شده است تا پتانسیل کامل آن برای کاربردهای درمانی و تشخیصی را نشان دهد. به ویژه، این نشان دهنده ی ظرفیت آن برای کمک به یک تاکسونومی مولکولی از سرطان می باشد که باید به عنوان یک روش استاندارد برای تشخیص موتاسیون تشخیصی، و باز کردن گزینه های درمانی جدید که اختصاصی اندام نیستند، مورد استفاده قرار بگیرد. اگر این صحت داشته باشد، چه حد از تایید ضروری است و اینکه کدام استراتژی تایید باید مورد استفاده قرار بگیرد و چه زمانی NGS به درون عملکرد تشخیصی / بالینی وارد شود؟ این استراتژی تایید باید موضوعات کلیدی مانند موارد زیر را پیگیری کند: اندازه ی کلی تایید چقدر است؟ آیا شاخص های ضروری کارایی تست مانند شدت اختصاصیت باید برای هر نوع هدف یا نمونه مورد ارزیابی قرار بگیرد؟ آیا روش های تفسیر بیوانفورماتیک باید با دقت مشابهی تایید شوند؟ زمان برگشت بالینی رقابتی برای یک تست مبتنی بر NGS کدام است و چه زمانی آن تبدیل به یک گزاره ی تست مقرون به صرفه می شود؟ اگرچه ما این و سایر عناوین مرتبط را در این تفسیر پیگیری کرده ایم، اما همچنین یک مجموعه ی منفرد از دستورالعمل های بین المللی را برای تایید استفاده از تکنولوژی NGS در تشخیص های روتین پیشنهاد کردیم که ممکن است این امکان را برای ما فراهم کند تا یک استفاده ی موثرتر از منابع داشته باشیم.

NGS – یک روش فنی تشخیص طیف گسترده

اگرچه بیشتر پنل های NGS که به صورت تجاری در دسترس هستند، تنها به دنبال واریانت های تک نوکلئوتیدی و اضافه شدگی ها و حذف های کوچک هستند، اما این تکنولوژی امید بزرگی را در تشخیص سایر تغییرات ژنتیکی علایم تشخیصی یعنی ترانس لوکاسیون در لوکمیا، سارکوما، لنفوما و سایر تومورهای جامد مانند NSCLC یا اختلاف در تعداد کپی ژن در سرطان پستان (تکثیر HER2)، سرطان های اطفال (تکثیر N-MYC) و لنفوما (تکثیر C-MYC)، ایجاد کرده است. این امید تشخیص تغییرات ژنومی در چندین سطح، اگر کاملا به دست بیاید، درجه ی پچیدگی فنی که ما اخیرا در آزمایشگاه های تشخیصی تجربه کرده ایم، یعنی جایی که چندین تکنولوژی مانند RQ-PCR، توالی یابی سنجر، FISH و IHC که می تواند به آسانی برای نمونه ی تک ژنی امروزی به کار رود، را کاهش خواهد داد.

Abstract

Next Generation Sequencing (NGS) is beginning to show its full potential for diagnostic and therapeutic applications. In particular, it is enunciating its capacity to contribute to a molecular taxonomy of cancer, to be used as a standard approach for diagnostic mutation detection, and to open new treatment options that are not exclusively organ-specific. If this is the case, how much validation is necessary and what should be the validation strategy, when bringing NGS into the diagnostic/clinical practice? This validation strategy should address key issues such as: what is the overall extent of the validation?; should essential indicators of test performance such as sensitivity of specificity be calculated for every target or sample type?; should bioinformatic interpretation approaches be validated with the same rigour?; what is a competitive clinical turnaround time for an NGS-based test and when does it become a cost-effective testing proposition? While we address these and other related topics in this commentary, we also suggest that a single set of international guidelines for the validation and use of NGS technology in routine diagnostics may allow us all to make a much more effective use of resources.

NGS – a broad-range detection technical approach.

While most commercially available NGS panels only look for single nucleotide variations and small insertion and deletions, the technology is showing great promise in the detection of other key genetic alterations of diagnostic interest, namely translocations in leukaemias, sarcomas, lymphomas, and other solid tumours such as NSCLC or gene copy number variation in breast cancer (HER2 amplification), paediatric cancers (N-MYC amplification) and lymphomas (C-MYC amplification), among others. This promise of detection of genomic alterations at several levels, if fully achieved, will diminish the degree of technological complexity that we currently experience in our diagnostic laboratories, where multiple technologies such as RQ-PCR, Sanger sequencing, FISH and IHC can easily be applied to one single specimen today.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

ترتیب گذاری نسل جدید:تغییر الگو در تصدیق تشخیص مولکولی

Next Generation Sequencing: A Change of Paradigm in Molecular Diagnostic Validation