دانلود رایگان ترجمه مقاله بینش هایی نسبت به سیستم CRISPR/Cas در گاردنلاواژینالیس (نشریه BMC 2012) (ترجمه ارزان – نقره ای ⭐️⭐️)

BMC

 

 

این مقاله انگلیسی ISI در نشریه BMC در ۱۱ صفحه در سال ۲۰۱۲ منتشر شده و ترجمه آن ۲۰ صفحه میباشد. کیفیت ترجمه این مقاله ارزان – نقره ای ⭐️⭐️ بوده و به صورت کامل ترجمه شده است.

 

دانلود رایگان مقاله انگلیسی + خرید ترجمه فارسی
عنوان فارسی مقاله:

بینش هایی نسبت به سیستم CRISPR/Cas در گاردنلاواژینالیس

عنوان انگلیسی مقاله:

Insights into the CRISPR/Cas system of Gardnerella vaginalis

 
 
 
 
 

 

مشخصات مقاله انگلیسی (PDF)
سال انتشار ۲۰۱۲
تعداد صفحات مقاله انگلیسی ۱۱ صفحه با فرمت pdf
رشته های مرتبط با این مقاله پزشکی و زیست شناسی
گرایش های مرتبط با این مقاله میکروبیولوژی، باکتری شناسی پزشکی و علوم سلولی و مولکولی
چاپ شده در مجله (ژورنال) میکروبیولوژی BMC
کلمات کلیدی Gardnerella vaginalis، واژینوز باکتریال، CRISPR/cas، فاصله انداز spacer، تکرار، PAM
ارائه شده از دانشگاه موسسه بیوتکنولوژی، دانشگاه ویلنیوس، لیتوانی
رفرنس دارد 
کد محصول F1376
نشریه BMC

 

مشخصات و وضعیت ترجمه فارسی این مقاله (Word)
وضعیت ترجمه انجام شده و آماده دانلود
تعداد صفحات ترجمه تایپ شده با فرمت ورد با قابلیت ویرایش  ۲۰ صفحه (۲ صفحه رفرنس انگلیسی) با فونت ۱۴ B Nazanin
ترجمه عناوین تصاویر و جداول ترجمه نشده است 
ترجمه متون داخل تصاویر ترجمه نشده است  
ترجمه متون داخل جداول ترجمه نشده است 
درج تصاویر در فایل ترجمه درج شده است  
درج جداول در فایل ترجمه درج شده است  
منابع داخل متن درج نشده است 
کیفیت ترجمه کیفیت ترجمه این مقاله متوسط میباشد 

 

فهرست مطالب

چکیده
زمینه
نتایج
نتیجه گیری ها
روش اجرا
سوشهای G. vaginalis
تکثیر CRISPR و تعیین توالی آن
تکثیر و تعیین توالی ژنهای cas
آنالیز توالی CRISPR
نتایج
معماری جایگاه ژنی CRISPR/Cas در سوشهای G. vaginalis
مشخصات توالی های تکرار و spacer CRISPR
آنالیز توالی های spacer CRISPR
بحث
نتیجه گیری ها

 

 

بخشی از ترجمه
 چکیده
زمینه: گاردنلاواژینالیس (Gardnerella vaginalis) به عنوان کلنی غالب کانال واژینال زنان با تشخیص واژینوز باکتریال یا BV شناسایی شده است. G. vaginalis می تواند از زنان سالم جداسازی بشود، و یک حالت بدون نشانه BV هم تشخیص داده شده است. رابطه G. vaginalis با انواع مختلف فنوتیپ های بالینی را می توان با انواع مختلف سیتوتوکسیته سوشها بنا به پیش فرض براساس محتوای ژن جداگانه توضیح داد. نقش انتقال ژن افقی در شکل گیری ژنوم G. vaginalis مورد تایید می باشد. محل CRISPR سیستم دفاعی میکروبی CRISPR/Cas یک دیدگاه تاریخی را درباره تماس پرویوکاریوتها با انواع عناصر ژنتیکی خارجی فراهم می سازد.
نتایج: جایگاه ژنی CRISPR/Cas با استفاده از داده های توالی موجود از سه ژنوم کامل G. vaginalis و ۱۸ ژنوم پیش نویس G. vaginalis در پایگاه داده NCBI و نیز آمپلی کون های PCR ی DNA ژنومی ۱۷ سویه بالینی آنالیز گردیدند. ژنهای cas در جایگاه CRISPR/Cas در G. vaginalis متعلق به زیرنوع E. coli بوده است. تقریبا ۲۰٪ از spacer ها در پایگاه داده GenBank مطابقت داشتند. تجزیه و تحلیل توالی از آرایه های CRISPR نشان داد که تقریبا نیمی از فاصله ها با توالی های کروموزومی G. Vaginalis همسان بودند. اسپاررها که توالی کروموزومی G. vaginalis همسان بودند تعیین شدند که خود هدف نباشند و احتمالا نه اجزای ژنهای مرتبط با عناصر متحرک و نه از پلاسمید ها / ویروس های مشتق شده بودند. spacer های اصلی هدف قرار داده شده توسط این spacer ها نشان دهنده موتیف های مجاور spacer های اصلی حفظ شده است.
نتیجه گیری ها: سیستم CRISPR / Caa در حدود نیمی از سوشهای آنالیز شده G. vaginalis را شناسایی کرده است. تجزیه و تحلیل ما روی توالی CRISPR یک ارتباط بالقوه را بین وجود آنها و بیماریزیایی گونه های G. vaginalis نشان نمی دهد. بر اساس منشا فاصله اندازهای spacer موجود در آرایه های CRISPR ی G. vaginalalis، ما این فرضیه را ارائه می کنیم که انتقال ماده ژنتیکی بین سوشهای G. vaginalis می تواند با مکانیزم CRISPR / Cas تنظیم شود. این مطالعه اولین تلاش برای تعیین و تجزیه و تحلیل جایگاه ژنی CRISPR باکتری جدا شده از کانال واژینال انسان است.
 
۱- زمینه
گاردنرلا واژینالیس، یک باکتری بی هوازی اختیاری از خانواده Bifidobacteriaceaeاست و قویا با واژینوز باکتریایی (BV) مرتبط است: یک بیماری با تخلیه واژینال بدبو می باشد. زنان مبتلا به BV در معرض خطر نتایج سلامتی ضعیف باروری و اکتساب برخی بیماری های منتقله جنسی هستند. BV بنا به تعریف تغییر گونه های میکروبی از لاکتوباسیل های تولیدکننده پراکسید هیدروژن گرفته تا باکتریهای بی هوازی مانند G. vaginalis، Atopobium vaginae، Prevotella، Peptostreptococcus، و Bacteroides spp .. می باشند. استاندارد طلایی برای تشخیص آزمایشگاهی BV، رنگ آمیزی گرم است که برای تعیین غلظت نسبی لاکتوباسیل ها و باکتری مشخصه BV استفاده می شود. وضعيت BV بدون علامت نيز تشخیص داده شده است، هرچند رنگ آميزی هاي گرم،کاهش لاکتوباسيل ها و افزايش فراواني بي هوازي هاي مشخصه BV را آشکار کرده است. همان G. vaginalis که به عنوان ساکن غالب مجاری واژینال زنان مبتلا به BV بازیابی شده است در زنان BV منفی هم دیده می شود، هرچند در تعداد بسیار پایین تری می باشد. مسئله همسفرگی G. vaginalis هنوز معلوم نیست، زیرا جمعیت باکتری واژن دینامیک و در حال تغییر است و در طول چرخه قاعدگی تمایل به تغییر دارد تا غلبه موقتیG. vaginalis را در زنان سالم ایجاد کند. با استفاده از تکنیک های مستقل کشت، نشان داده شد که مجموعه فلور میکروبی واژینال ممکن است در میان جمعیت های انسانی متفاوت باشد: زنان سیاه پوست اسپانیایی و غیر اسپانیایی نسبت به زنان آسیایی و قفقازی دارای غیرهوازی های بیشتر معنی دار و لاکتوباسیل های کمتری می باشند. بنابراین، تعداد کم Lactobacillus لزوما نشان دهنده حالت BV نیست. ارتباط G. vaginalis با فنوتیپ های مختلف بالینی می تواند با سیتوتوکسیته مختلف سویه ها توضیح داده شود، که احتمالا براساس تفاوت های موجود در محتوای ژن آنها است. تا همین اواخر، با تعجب زیاد، اطلاعات اندکی از ژنتیک G. vaginalis در دست بود. در سال ۲۰۱۰، ژنومهای گونه های متعدد G. vaginalis از واژن بیماران مبتلا بهBV و بیماران غیر BV مورد بررسی قرار گرفت، که اطلاعاتی در مورد باکتریوم ارائه کرده و امکان تجزیه و تحلیل ژنومی مقایسه ای را فراهم کردند. تلاشهایی نیز برای گسترش دانش تنوع ژنوتیپ و فنوتیپی سوش های G. vaginalis از نظر فاکتورهای بیماریزایی، به خصوص واژینولیسین، سیالیداز و پروتئین های تشکیل دهنده بیوفیلم انجام گرفته است. ابداع روش های تمایز ژنوتیپی G. vaginalalis نشان داد که ژنوم ها دارای تغییرات و تنوع زیادی هستند. از اینرو، برخی روش های متداول، از جمله الکتروفورز ژل فیلد پالس، پلی مورفیسم طول فراگمنت محدودیت، تعیین نوع ریبوزومی کلاسیک با نقطه گذاری ساترن، و انالیز انزیم محدودیت برای تعیین نوع این گونه ها قابل استفاده نیستند. روش تجزیه و تحلیل محدودیت DNA ی ریبوزومی تکثیر شده، در حالی برای متمایز کردن ژنوتیپی G. vaginalisقابلیت کاربرد دارد، به اندازه کافی برای مطالعات پاتوژنیک و اپیدمیولوژیک G. vaginalis. تمیز دهنده نیست. داده های اخیر از تجزیه و تحلیل ژنومی تطبیقی ژن G. vaginalalis نشان می دهد که باکتری دارای ژنوم هسته ای کوچکی است که شامل ۷۴۶ ژن است که تنها ۲۷ درصد از پان ژنوم این گونه را تشکیل می دهد. تعداد کمی از ژن های منحصر به فرد در سوشهای انفرادی G. vaginalis و قابلیت انعطاف ژنومی در میان سوش ها نشان می دهد که انتقال ژن افقی (HGT) فعال است؛ اما نوترکیبی همولوگ تکراری در میان سوشهای G. vaginalis و نیز جذب DNAی خارجی از سایر گونه ها وجود دارد. تکرارهای پالیندرومیک کوتاه بین فاصله ای منظم خوشه بندی شده یا CRISPRها و ژنهای cas مرتبط با آن، یک مکانیزم دفاع باکتریایی و اکثرا باکتریایی را علیه اسیدهای نوکلئیک خارجی تشکیل می دهد. اکثریت آرکه ها و تقریبا نیمی از ژنوم های باکتریایی حاوی جایگاه ژنی CRISPR هستند. جایگاه ژنی CRISPR شامل توالی های منحصر به فرد (Spacers) است که بین توالی های تکراری حفاظت شده کوتاهی قرار می گیرد. توالی spacer اغلب از نفوذ ویروس ها و پلاسمید های مهاجم ناشی می شود. مکانیزم دفاعی CRISPR / cas بر تداخل RNA تأثیر می گذارد که مانع از بروز عفونت باکتریوفاژ و کونژوگاسیون پلاسمید می شود و بنابراین دو راه HGT را محدود می کند. تجزیه و تحلیل توالی CRISPR در بسیاری برنامه های کاربردی شامل تعیین ژنوتیپ سوش و مطالعه اپیدمیولوژیکی، تشخیص رویدادها و موانع تکاملی، بررسی تاریخچه تماس با ویروس و تغییرات جمعیت میزبان، با ارائه بینش هایی در مسیرهای غالب HGT استفاده شده است. در این تحقیق هدف تشخیص و تجزیه و تحلیل جایگاه ژنی CRISPR در ژنوم های ۱۷ تا سوش G. vaginalis جدا شده از کانال واژینال زنان مبتلا به BV، و نیز در ژنوم ۲۱ سوش G. vaginalis ذخیره شده در پایگاه داده ژنوم NCBIمی باشد. در مطالعه حاضر، منشا فاصله های CRISPR را که نمایانگر که حافظه ایمونولوژیک سوشهای G. vaginalis می باشد، مورد بررسی قرار دادیم و در مورد تاثیر CRISPR / Cas بر ظهور تغییرات ژنتیکی سوشهای G. vaginalis فرضیه هایی ارائه کردیم. همچنين، توزيع محدودي از جایگاه ژنی CRISPR را در بين سوش هاي G. vaginalis نشان داديم.

 

بخشی از مقاله انگلیسی

Abstract

Background: Gardnerella vaginalis is identified as the predominant colonist of the vaginal tracts of women diagnosed with bacterial vaginosis (BV). G. vaginalis can be isolated from healthy women, and an asymptomatic BV state is also recognised. The association of G. vaginalis with different clinical phenotypes could be explained by different cytotoxicity of the strains, presumably based on disparate gene content. The contribution of horizontal gene transfer to shaping the genomes of G. vaginalis is acknowledged. The CRISPR loci of the recently discovered CRISPR/Cas microbial defence system provide a historical view of the exposure of prokaryotes to a variety of foreign genetic elements.

Results: The CRISPR/Cas loci were analysed using available sequence data from three G. vaginalis complete genomes and 18 G. vaginalis draft genomes in the NCBI database, as well as PCR amplicons of the genomic DNA of 17 clinical isolates. The cas genes in the CRISPR/Cas loci of G. vaginalis belong to the E. coli subtype. Approximately 20% of the spacers had matches in the GenBank database. Sequence analysis of the CRISPR arrays revealed that nearly half of the spacers matched G. vaginalis chromosomal sequences. The spacers that matched G. vaginalis chromosomal sequences were determined to not be self-targeting and were presumably neither constituents of mobile-element-associated genes nor derived from plasmids/viruses. The protospacers targeted by these spacers displayed conserved protospacer-adjacent motifs.

Conclusions: The CRISPR/Cas system has been identified in about one half of the analysed G. vaginalis strains. Our analysis of CRISPR sequences did not reveal a potential link between their presence and the virulence of the G. vaginalis strains. Based on the origins of the spacers found in the G. vaginalis CRISPR arrays, we hypothesise that the transfer of genetic material among G. vaginalis strains could be regulated by the CRISPR/Cas mechanism. The present study is the first attempt to determine and analyse the CRISPR loci of bacteria isolated from the human vaginal tract.

۱ Background

Gardnerella vaginalis, a facultatively anaerobic bacterium of the Bifidobacteriaceae family, is strongly associated with bacterial vaginosis (BV): a disease characterised by malodorous vaginal discharge [1-3]. Women with BV are at risk of poor reproductive health outcomes and the acquisition of some sexually transmitted diseases [2,4]. BV is defined as a shift in microbial species from hydrogen peroxide producing Lactobacillus to anaerobic bacteria including G. vaginalis, Atopobium vaginae, Prevotella, Peptostreptococcus, and Bacteroides spp. [5,6]. The gold standard for laboratory diagnosis of BV is the Gram stain, which is used to determine the relative concentrations of lactobacilli and the bacteria characteristic of BV [7]. The state of asymptomatic BV has also been recognised, although Gram stains revealed a decrease in lactobacilli and an increase in the abundance of anaerobes specific to BV [8]. The same G. vaginalis that is recovered as the prevailing inhabitant of the vaginal tracts of women diagnosed with BV is also found in BV-negative women, though at much lower numbers [5,9,10]. The issue of G. vaginalis commensalism is still unclear, as the vaginal bacterial community is dynamic and tends to change during the menstrual cycle to produce transient dominance of G. vaginalis in healthy women [11,12]. Using culture- independent techniques, it was demonstrated that the vaginal microbiota may differ among human populations: Hispanic and non-Hispanic black women have significantly more anaerobes and fewer lactobacilli than Asian and Caucasian women [12]. Thus, low counts of Lactobacillus do not necessarily indicate the BV state [6,13].

The association of G. vaginalis with different clinical phenotypes could be explained by different cytotoxicity of the strains, presumably based on disparities in their gene content. Until recently, surprisingly little has been known about the genetics of G. vaginalis. In 2010, the genomes of several G. vaginalis strains from the vaginas of BV and non-BV patients were sequenced, providing information about the bacterium and enabling comparative genomic analyses [14,15]. Attempts have also been made to expand the knowledge of the genotypic and phenotypic diversity of G. vaginalis strains in terms of virulence factors: particularly vaginolysin, sialidase, and biofilm-forming proteins [16-18]. The development of methods for the genotypic differentiation of G. vaginalis revealed that the genomes exhibit great variability. Therefore, some conventional methods, including pulse field gel electrophoresis, restriction fragment length polymorphism, classical ribotyping with Southern blot, and restriction enzyme analysis, are not applicable for typing this species [19-21]. The amplified ribosomal DNA restriction analysis method, while applicable to the genotypic differentiation of G. vaginalis, has been found to not be discriminatory enough for pathogenetic and epidemiological studies of G. vaginalis [17,18].

Recent data from G. vaginalis comparative genomic analyses have indicated that the bacterium possesses a small core genome, consisting of 746 genes, that accounts for only 27% of the pan-genome of the species [22]. The small number of unique genes (21) in the individual strains of G. vaginalis and the genomic plasticity among the strains suggest that horizontal gene transfer (HGT) is active; but there is frequent homologous recombination among G. vaginalis strains, as well as the intake of foreign DNA from other species [15,22].

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) and their associated cas genes constitute a bacterial and archaeal defence mechanism against exogenous nucleic acids [23]. The majority of archaea and approximately half of bacterial genomes contain CRISPR loci [24]. CRISPR loci consist of unique sequences (spacers) that intercalate between short conserved repeat sequences. The spacer sequences often originate from invading viruses and plasmids [25,26]. The CRISPR/Cas defence mechanism relies on RNA interference that prevents bacteriophage infection and plasmid conjugation, thus restricting two routes of HGT [27]. Analyses of CRISPR sequences have been used in a variety of applications including strain genotyping and epidemiological study, detection of evolutionary events and bottlenecks, investigation of the history of virus exposure, and host population dynamics, providing insights into the dominant routes of HGT [28-32]. The current study targeted the detection and analysis of CRISPR loci in the genomes of 17 G. vaginalis strains isolated from the vaginal tracts of women diagnosed with BV [18], and also in the genomes of 21 G. vaginalis strains deposited in the NCBI genome database.

In the current study, we examined the origins of CRISPR spacers representing the immunological memory of G. vaginalis strains, and we hypothesised about the impact of CRISPR/Cas on the emergence of genetic variability of G. vaginalis strains. Also, we demonstrated the restricted distribution of the CRISPR loci among the G. vaginalis strains.

 

 

 

دانلود رایگان مقاله انگلیسی + خرید ترجمه فارسی
عنوان فارسی مقاله:

بینش هایی نسبت به سیستم CRISPR/Cas در گاردنلاواژینالیس

عنوان انگلیسی مقاله:

Insights into the CRISPR/Cas system of Gardnerella vaginalis

 
 
 
 
 

 

 

ارسال دیدگاه

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *