| عنوان فارسی مقاله: | Drug Guru : یک برنامه نرم افزار کامپیوتری برای طراحی دارو با استفاده از قوانین شیمی دارویی |
| عنوان انگلیسی مقاله: | Drug Guru: A computer software program for drug design using medicinal chemistry rules |
| دانلود مقاله انگلیسی: | برای دانلود رایگان مقاله انگلیسی با فرمت pdf اینجا کلیک نمائید |
| سال انتشار | 2006 |
| تعداد صفحات مقاله انگلیسی | 12 صفحه |
| تعداد صفحات ترجمه مقاله | 14 صفحه |
| مجله | بیوارگانیک و شیمی دارویی |
| دانشگاه | سن دیگو |
| کلمات کلیدی | – |
| نشریه | Elsevier |
فهرست مطالب:
چکیده
۱ مقدمه
۲ مواد و روشها
۱ ۲ قوانین Drug Guru
۲ ۲ ساختار ورودی
۳ ۲ ارزیابی خروجی
۴ ۲ ویژگیهای خاص Drug Guru
۳ نتایج
۱ ۳ مثال کاربرد Drug Guru در سیستم دارویی شناخته شده
۲ ۳ مقایسه با سایر نرم افزارهای شیمی محاسباتی
۳ ۳ محدودیت های این شیوه
۴ نتایج
بخشی از ترجمه:
۱ مقدمه
سنت غنی استراتژیهای طراحی آنالوگ برای ایجاد ترکیبات جدید در تحقیق شیمی دارویی به منظور ارزیابی زیستی، تکامل یافته است. وقتی خصوصیات فیزیکی مشابه بین ترکیب اصلی و آنالوگ مطلوب باشد، آنگاه معمولاً از روش جایگزینی بیوایزواستری استفاده می شود. در صورت مطلوب بودن اختلافات سازگار و تغییر یافته بین ترکیب اصلی و آنالوگ، هیچ گونه تعویض و جایگزینی غیر کلاسیکی انجام نمی شود. این وضعیت زمانی رخ می دهدکه شیمیدان از ساختارهایی فراتر از حد خصوصیات فکری رقیب استفاده کرده یا سعی کرده باشد به تغییرات چشمگیری در موجودیت زیستی و توان و قدرت دست یابد. در کل، این قبیل جایگزینی ها شیمیدان های پزشکی مجرب را بر آن داشته است تا دست به طراحی دارو بزنند. دو مثال قوانین عمومی طراحی ، به نامهای جایگزینی کربوکسیلات به تترازول و آمید به رتروآمید، که در شکل ۱ نشان داده شده است، از لحاظ تاریخی آنالوگی با بازده بالا در برنامه های شیمی دارویی حاصل می کند. در متون علمی از صدها تبدیل ساختاری از این دست خبر داده شده و از پتانسیل قابل توجهی برای کاربرد و پذیرش عمومی به عنوان قوانین طراحی برخوردار می باشند. اگرچه برای نیل به بازده نهایی مطلوب، هیچ قانون واحدی تضمین نشده است، اما قوانین سنتی معرف جایگاه آغاز کننده مفیدی در امر تلاش در زمینه کشف دارو می باشند، به ویژه زمانی که دانش و آگاهی در موارد دیگر ، از جمله مدلهای pharmacophore ، ساختار گیرنده ۳ بعدی، یا داده های مربوط به رابطه فعالیت- ساختار ، محدود، ودارای کیفیت پائین بوده یا داده هایی در این زمینه وجود نداشته باشد. دراین راستا، ازبرنامه کامپیوتری اینترنتی به نام دراگ گرو استفاده کرده ایم که محتوی قوانین عمومی تاریخی به صورت خطوط کد SMIRKS می باشد. نام برنامه مخفف تولید دارو با استفاده از قوانین می باشد. این برنامه از کتابخانه قوانین برای ساختارهای ورودی استفاده کرده و سپس ساختارهای خروجی را به صورت بصری یا محاسباتی ارزیابی می نماید. با توجه به اطلاعات موجود، هیچ نرم افزار تجاری یا قبلاً توصیف شده ای وجود ندارد که بتواند کلیه کارهای را انجام دهد و به همین خاطر پیشنهاد می کنیم که مکملی برای سایر شیوه های محاسباتی به شمار می رود. در این مقاله، ویژگیهای پایه نرم افزار را شرح داده، راجع به نحوه استفاده از آن در مطالعه گذشته صحبت کرده و با مقایسه آن با سایر نرم افزارهای طراحی دارو به کمک کامپیوتر، مقاله را به پایان می رسانیم.
4. نتایج
در این گزارش، برنامه کاربردی کامپیوتری بر اساس وب جدیدی توصیف می کنیم که از کتابخانه قوانین تبدیل شیمی دارویی برای ساختار ورودی استفاده کرده و سپس ساختارهای خروجی حاصله را ارزیابی می نماید. نام نرم افزار جدید ، حامل فرایند فکری تولید دارو با استفاده از قوانین می باشد که به طور مخفف دراگ گرو خوانده می شود. امیدآن می رود که دراگ گرو راهبردی فکری برای کشف ترکیبات جدید به عنوان نامزدهای دارویی بالقوه دراختیار شیمیدان های پزشکی قرار دهد.
بخشی از مقاله انگلیسی:
Introduction
A rich tradition of analog design strategies has evolvedfor creating new compounds within medicinal chemistryresearch for biological evaluation. When similar physicalproperties between lead compound and analog aredesired, ‘bioisosteric’ replacements are commonly employed.Where more structurally altered yet still compatibledifferences between lead compound and analog aredesired, non-classical replacements are considered. Thislatter situation occurs when a chemist desires structuresthat are outside of the intellectual property of a competitoror when attempting to achieve more dramaticchanges in potency or bioavailability. Collectively, thesereplacements are known to experienced medicinal chemistsas ‘rules-of-thumb’ for drug design. Two examplesof well-known design rules-of-thumb, the carboxylateto-tetrazole and amide-to-retroamide replacements,illustrated in Figure 1, have historically been consideredto yield analogs of high interest in medicinal chemistryprograms. Hundreds of these structural transformationshave been reported in the literature and have potentialfor general applicability and acceptance as designrules.1–9 While no single rule is ever guaranteed toachieve the desired endpoint, the traditional rules represent a useful starting place in a drug discovery effort,particularly when other knowledge such as pharmacophoremodels, 3D receptor structure, or structure–activity relationship data is limited, low quality, ornon-existent.We have written a web-based computer application,called ‘Drug Guru,’10 that contains the historical rulesof-thumb as lines of SMIRKS code.11 The name ofthe program is an acronym for drug generation usingrules. The program applies a library of rules to any inputstructure and then permits visual or computational evaluationof the output structures. To our knowledge, nopreviously described or commercially available software accomplishes all of the tasks of Drug Guru, and we proposethat it nicely complements other computationalapproaches. In this article, we describe the basic featuresof the software, illustrate its use in a retrospective studyof sildenafil, and end with a comparison to other computer-aided drug design software.2. Materials and methods2.1. Drug Guru rulesThe most important and novel aspect of Drug Guru isthe collection of rules. We found the SMIRKS transformationprotocol useful for encoding rules.11 SMIRKS isa linear text string that represents a graph transformationwhich, when applied, converts a representation ofan input structure (a SMILES code) into a new structure(a new SMILES code). Ten illustrative rules and theircorresponding SMIRKS codes are given in Table 1.
| عنوان فارسی مقاله: | Drug Guru : یک برنامه نرم افزار کامپیوتری برای طراحی دارو با استفاده از قوانین شیمی دارویی |
| عنوان انگلیسی مقاله: | Drug Guru: A computer software program for drug design using medicinal chemistry rules |
خرید ترجمه فارسی مقاله با فرمت ورد