دانلود ترجمه مقاله تشخیص شکار با استفاده از qPCR – مجله Oxford Journals 2008

تشخیص شکار با استفاده از qPCR: اثر میزان شکار، زمان سپری شده، رژیم غذایی دنبال کننده و حفظ نمونه در مقدار قابل تشخیص از DNA شکار

Detection of predation using qPCR: Effect of prey quantity, elapsed time, chaser diet, and sample preservation on detectable quantity of prey DNA

چکیده

مقدمه

مواد و روش ها

شکار

شکارگرها

پروتکل عمومی تغذیه

اثر ذخیره سازی نمونه

پروتکل تغذیه ای: مقدار و سن تخم شکار

پروتکل تغذیه ای: اثر زمان شروع تغذیه و رژیم غذایی دنبال کرده

استخراج DNA

تکثیر DNA و سنجش کمی

تجزیه و تحلیل داده ها

نتایج

اثر تعداد تخم بر مقدار توالی هدف

اثر تثبیت کننده در قابلیت تشخیص توالی هدف، مقدار و DNA کل

تاثیر رژیم دنبال کرده و زمان شروع تغذیه بر مقدار توالی DNA هدف

بحث

چکیده

با استفاده از PCR کمی تکثیرکننده ی یک امپلیکون ۲۱۴ جفت بازی mtDNA اختصاصی شکار از ژن میتوکندریایی COi سوسک کلرادو، Leptinotarsa decemlineata (Say) (Coleoptera: Chrysomelidae)، به منظور واضح کردن اثرات زمان و رژیم غذایی مصرف شده، تعداد تخم های شکار و روش-های تثبیت و حفظ نمونه بر مقدار DNA هدف شناسایی شده، از تخم های شکار با سن و تعداد مشخص برای تغذیه یک شکارگر عمومی Coleomegilla maculata (De Geer) (Coleoptera: Coccinellidae) استفاده شد. سیگنال، به طور مستقیم پس از قطع تغذیه به شدت ضعیف شد، حتی زمانی که شکارگرها بلافاصله در دمای ۲۰- درجه سلسیوس منجمد شده بودند. با این حال، مقدار هدف ردیابی شده، ارتباط معنی داری با تعداد تخم های مصرف کرده و زمان سپری شده از تغذیه دارد. کاهش DNA ردیابی شده ی شکار، با یک مدل نمایی منفی سازگار بود. توالی DNA هدف از شکارگرهای گرسنگی دیده ناپدید شد (نیمه عمر کمی برآورد شده ۵۹ دقیقه) که خیلی آهسته تر از آن هایی بود که از شته های سیب زمینی، پس از تغذیه از تخم های شکار مورد نظر تغذیه کرده بودند (برآورد نیمه عمر ۱۶ دقیقه)، در حالی که در آن هایی که از تخم های C. maculate به عنوان یک chaser استفاده کرده بودند، نرخ تخریب توالی DNA شکار مورد نظر در حد متوسط بود.

بحث
تضعیف سیگنال DNA ردیابی شده توسط qPCR در حین مصرف سریع، قابل توجه و متغیر بود، اما مقدار نهایی ردیابی شده، با مقدار شکار خورده شده مرتبط بود. این کاهش در DNA قابل ردیابی، طی چند دقیه تغذیه لارو شکارگر از تخم های ۱، ۳ و ۵ روزه ی L. decemlineata اتفاق افتاد. با استفاده از تکنیک اولیه حفاظت یعنی انجماد خشک در دمای ۲۰- درجه سلسیوس، دامنه ۰۰۱۲۸/۰- ۶۰/۴۳% از DNA هضم شده قابل ردیابی بود که نشان دهنده ی ۲۹/۲ تا ۷۸٫۱۲۵ برابری تضعیف سیگنال بود. تخریب سریع DNA هدف حتی قبل از t=0 پس از تغذیه نیز توسط Nejstgaard و همکاران (۲۰۰۸) در cope pod ها مشاهده شد، که در آن بازیابی qPCR جلبک تک سلولی مصرف شده در t=0، با کنترل های مثبت qPCR مقایسه شد (ارگانیسم شکار دست نخورده، مانند مطالعه ما) و همچنین از فلوروسانس کلروفیل و میکروسکوپی استفاده شد. مقدار بازیابی شده در t=0، به طور موافق کمتر از مقدار مورد انتظار بود، که تخمین ها از ۲ تا ۳۲ % با استفاده از خوانش فلورسانس و از ۱۱ تا ۲۰% در روش کلاسیک میکروسکوپی بود. Nejstgaard و همکاران (۲۰۰۸) سه منبع ممکن از این کاهش شدید در سیگنال را مورد بررسی قرار دادند: مهار توسط DNA شکارگر، منجمد کردن پس از تیمار، ذوب شدن و منجمد شدن (بخشی از پروتکل پس تغذیه ای آن ها)، هضم سریع توسط copepod ها. نتیجه گیری آن ها این بود که تداخل DNA شکارگر، حداقل در سبت کمتر از ۱۰٫۰۰۰: ۱ DNA شکارگر: شکار بی اهمیت بود. در سیستم ما، نسبت DNA شکارگر: شکار، کمتر از ۳۰: ۱ تخمین زده شد و این نگرانی که ممکن است بازدارندگی اتفاق بیفتد (Juen and Traugott 2006)، در مورد مطالعه ما قابل اغماض بود.

Abstract

Using quantitative PCR that amplified a prey-specific mtDNA 214 bp amplicon from the COI mitochondrial gene of the Colorado potato beetle, Leptinotarsa decemlineata (Say) (Coleoptera: Chrysomelidae), prey eggs of known age and number were fed to larvae of the generalist predator lady beetle Coleomegilla maculata (De Geer) (Coleoptera: Coccinellidae), to elucidate the effects of time and diet since consumption, number of prey eggs, and methods for sample fixation and preservation, on the quantity of target DNA detected . Signal was strongly attenuated directly after cessation of feeding, even when predators were immediately frozen at −۲۰°C. However, the quantity of target detected was significantly related to the number of eggs consumed and the time elapsed time since eating. Decrease in detected prey DNA was consistent with a negative exponential model. The target DNA sequence disappeared from starved predators (quantitative half-life estimate of 59 min) more slowly than those fed potato aphids after consuming the target prey eggs (half-life estimate 16 min), whereas those fed C. maculata eggs as a chaser were intermediate in the rate at which they degraded the target prey DNA sequence.

تصویری از مقاله ترجمه و تایپ شده در نرم افزار ورد

تشخیص شکار با استفاده از qPCR: اثر میزان شکار، زمان سپری شده، رژیم غذایی دنبال کننده و حفظ نمونه در مقدار قابل تشخیص از DNA شکار

Detection of predation using qPCR: Effect of prey quantity, elapsed time, chaser diet, and sample preservation on detectable quantity of prey DNA