دانلود رایگان ترجمه مقاله توالی یابی به روش پایرو سکیوانسینگ ترانسکریپت روده سوسکچه های خرطوم دار موز – PLOS 2016

Plos

 

دانلود رایگان مقاله انگلیسی + خرید ترجمه فارسی
عنوان فارسی مقاله:

توالی یابی به روش پایرو سکیوانسینگ ترانسکریپت روده سوسکچه های خرطوم دار موز حاکی از رونوشت های شبه پروتئاز چندگانه است

عنوان انگلیسی مقاله:

Pyrosequencing the Midgut Transcriptome of the Banana Weevil Cosmopolites sordidus (Germar) (Coleoptera: Curculionidae) Reveals Multiple Protease-Like Transcripts

 
 
 
 
 

 

مشخصات مقاله انگلیسی (PDF)
سال انتشار ۲۰۱۶
تعداد صفحات مقاله انگلیسی ۱۶ صفحه با فرمت pdf
رشته های مرتبط با این مقاله زیست شناسی و کشاورزی
گرایش های مرتبط با این مقاله ژنتیک، علوم سلولی و مولکولی، علوم گیاهی، ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک
ارائه شده از دانشگاه گروه تولید کشاورزی، دانشگاه کلاداس، مانیزالس، کلمبیا
رفرنس دارد  
کد محصول F1148
نشریه PLOS

 

مشخصات و وضعیت ترجمه فارسی این مقاله (Word)
وضعیت ترجمه انجام شده و آماده دانلود
تعداد صفحات ترجمه تایپ شده با فرمت ورد با قابلیت ویرایش  ۱۶ صفحه با فونت ۱۴ B Nazanin
ترجمه عناوین تصاویر و جداول ترجمه نشده است 
ترجمه متون داخل تصاویر ترجمه نشده است  
ترجمه متون داخل جداول ترجمه نشده است 
درج تصاویر در فایل ترجمه درج شده است  
درج جداول در فایل ترجمه درج شده است  
منابع داخل متن به صورت عدد درج شده است 
کیفیت ترجمه کیفیت ترجمه این مقاله متوسط میباشد 
توضیحات یک بخش ترجمه نشده و مقاله نسبتا خلاصه ترجمه شده است.

 

فهرست مطالب

چکیده

مقدمه

مواد و روش ها

تشخیص حشره و استخراج DNA روده

آماده سازی کتابخانه cDNA نرمال روده سوردیدوس

توالی یابی و مونتاژ

جست و جوی همولوژی و تفسیر توالی

تحلیل فیلوژنتیکی و ارایش توالی پروتین

RT-PCR نیمه کمی

نتایج

توالی یابی، مونتاژ و تفسیر

طبقه بندی های کارکردی، جست و جو های همولوژی و تحلیل انتولژی ژن

ژن های مربوط به کارکرد های متابولیکی روده و متابولیسم زنوبیوتیکی

همسو سازی پروتین انزیم شبه پروتئاز و تحلیل فیلوژنتیکی

RT-PCR نیمه کمی

بحث

ارسال توالی

اطلاعات مکمل

 

 

بخشی از ترجمه
 چکیده
سوسکچه های خرطوم دار موز یک آفت حشره ای مهم در بسیاری از مناطق کشت موز و موز سبز در دنیا است.علی رغم اهمیت اقتصادی این حشره آفت، اطلاعات ژنومی و رونوشتی کمی برای این گونه وجود دارد. در این مطالعه، ما ترانسکریپتوم روده C. sordidus(سوسکچه های خرطوم دار) را با استفاده از پیرو توالی یابی ۴۵۴ مشخص کردیم.۵۹۰۰۰۰ قطعه توالی تولید شد که به ۳۰۸۴۰ کانتیگ با بیش از ۴۰۰ bp مونتاژ شد که بیانگر توسعه قابل توجه توالی های موجود برای این آفت است. در این میان ۱۶۴۲۷ کانتیک شامل یک یا چند GO است. به علاوه،۱۵۶۲۳ کانتیگ یک عدد EC را داشتند. تحلیل ترانسکریپتوم عمیق ، ژن های دخیل در مقاومت آفت کش به شناسایی بیوسنتز غشای پری تروفیک، عملکرد مربوط به ایمنی و دفاع در برابر پاتوژن ها و پروتین های پیوندی توکسین Bacillus thuringiensis و نیز آنزیم های متعدد درگیر هضم پروتینی کمک کرد. این ترانسکریپتوم یک منبع ارزشمند را برای درک فیزیولوژی لارو و شناسایی سایت های هدف جدید و رویکرد های مدیریتی برای این آفت حشره ای مهم در اختیار گذاشت.
 
۱- مقدمه
سوسکچه های خرطوم دار موز Cosmopolites sordidus (Germar) (Coleoptera: Curculionidae) به عنوان یکی از مخرب ترین و مهاجم ترین آفات موز در سراسر دنیا شناخته می شود(۱). لارو C. sordidus یکی از عوامل محدود کننده تولید موز زرد و موز سبز در بسیاری از مناطق است که در آن این محصولات به خصوص در افریقا کشت می شود(۲-۵) در این مناطق افات حشره ای عامل اصلی تخریب کشتزار ها و پدیده موسوم به سندرم کاهش محصول در غرب افریقا می باشد.
لارو سوسکچه خرطوم دار که مخرب ترین مرحله رشد حشره است عامل اصلی خسارت وارده بر غلات می باشند که موجب اختلال در اغاز رشد ریشه، جذب آب و عناصر مغذی و رشد گیاه می شوند. وقتی که این حشره به شدت الودگی ایجاد می کند، کاهش صد درصدی محصول نیز گزارش شده است. بدیهی است که کنترل شیمیایی این آفت حشره ای نامطلوب و پر هزینه است. گزینه های مربوط به کنترل زیستی محدود بوده و دام گذاری حشره به صورت فرومونی منجر به میزان کاهش حشره کم تری شده است(۸-۹).
بسیاری از پیشرفت ها ناشی از مطالعه سوسکچه خرطوم دار از جمله مطالعات مربوط به مقاومت افات، ژرم پلاسم مقاومت افات، مواد مترشحه گیاهی، عملیات کنترل فرهنگی و کنترل زیستی بوده است.علی رغم مطالعات فیزولوژیکی و شیمیایی اخیر، اطلاعات ژنومیکی محدودی به خصوص برای بافت های مهم نظیر روده وجود دارد. قابلیت دسترسی توالی های ترانسکریپتوم ها از بافت های روده حشرات موجب تسهیل شناسایی ژن های بیان شده در دستگاه گوارشی و نقش های کارکردی و متابولیکی مربوطه می شود. گفته می شود که کورکولینویید ها بزرگ ترین خانواده سوسک ها هستند که به طور کلی مهم ترین افات برای بافت های گیاهی محسوب می شوند نظیر سوسکچه خرطوم دار موز.
مواد و روش ها
آزمایشات تحت پروتوکل استاندارد در ازمایشکاه انجام شده و مجوز هایی برای فعالیت های مربوطه انجام شد. به علاوه، این مطالعه شامل گونه های حفاظت شده یا در معرض خطر نبود.
تشخیص حشره و استخراج DNA روده
لارو C. sordidus از نهالستان کشت شده در کلمبیا بدست امد. لارو های جمع اوری شده در زیر استریسکوپ شناسایی شده و چهارمین لاروب ر اساس اندازه کپسول سر انتخاب شده و سپس برای تشریح روده انتخاب شد. بافت روده با تشریح در آب مقطر فراوری شده با DEPC بدست امد. محتوی روده و ماتریس پرتروفیک خارج شده و بافت روده شست و شو شده با استفاده از نیتروژن مایع منجمد شده و در دمای -۸۰ ذخیره شد. استخراج RNA با استفاده از معرف تریوزول بر اساس دستور العمل های کارخانه انجام شد.RNA با استفاده از کیت پاک سازی RNeasy MinElute تخلیص شد.و این کار بعد از پاک سازی الایندگی DNA با استفاده از کیت توربو بر طبق دستور العمل های تولید کننده صورت گرفت.

 

بخشی از مقاله انگلیسی

Abstract

The banana weevil Cosmopolites sordidus is an important and serious insect pest in most banana and plantain-growing areas of the world. In spite of the economic importance of this insect pest very little genomic and transcriptomic information exists for this species. In the present study, we characterized the midgut transcriptome of C. sordidus using massive 454-pyrosequencing. We generated over 590,000 sequencing reads that assembled into 30,840 contigs with more than 400 bp, representing a significant expansion of existing sequences available for this insect pest. Among them, 16,427 contigs contained one or more GO terms. In addition, 15,263 contigs were assigned an EC number. In-depth transcriptome analysis identified genes potentially involved in insecticide resistance, peritrophic membrane biosynthesis, immunity-related function and defense against pathogens, and Bacillus thuringiensis toxins binding proteins as well as multiple enzymes involved with protein digestion. This transcriptome will provide a valuable resource for understanding larval physiology and for identifying novel target sites and management approaches for this important insect pest

۱ Introduction

The banana weevil Cosmopolites sordidus (Germar) (Coleoptera: Curculionidae) is considered one of the most invasive and destructive pests of banana worldwide [1]. The larvae of C. sordidus are a severe constraint on banana and plantain production in most areas where these crops are cultivated, especially in Africa [2–۵] where this insect pest has been associated with rapid plantation decline [6] and with a phenomenon called “yield decline syndrome” in West Africa. The larvae of the banana weevil, which are the most destructive stage of the insect, is responsible for considerable damage of the plant corm, interfering with root initiation, nutrient and water uptake and plant development [6]. When a severe weevil infestation occurs, crop losses of up to 100% have been reported [7]. It is well known that chemical control of this insect pest is not only undesirable but also expensive. Options for biological control are limited and pheromone-based insect trapping results in either low or ineffective captures [8, 9]. Many basic advances have been made by studying the banana weevil, including, studies regarding pest resistance [10], insect resistant germplasm [2, 11, 12], plant antifeedants [13], cultural control practices [14] and biological control [15]. Despite extensive and recent biochemical and physiological studies, limited genomic information exists, especially for important tissues such as the midgut. The availability of transcriptome sequences from insect midgut tissues will facilitate identification of genes that are expressed in the intestinal tract and their respective metabolic and functional roles. It is well known that the curculionids are the largest family of beetles [16], which in general are important plant tissue damaging pests such as the banana weevil C. sordidus[1]. The rapid growth of next-generation DNA sequencing technologies such as 454-based pyrosequencing [17, 18] have allowed the characterization of the transcriptome of many important, non-model insect species [19–۲۳], thus providing valuable and unprecedented opportunities to increase our knowledge of expressed genes, especially in those insect pests where little or no genomic resources exist [24]. In this study, we used a 454-based pyrosequencing platform to sequence the C. sordidus larval midgut transcriptome allowing the characterization of transcripts encoding different genes associated with metabolic functions and potential insecticide targets. Many of these transcripts were protease-like genes from different digestive enzyme families, mainly associated with aminopeptidases, carboxypeptidases, serine proteases and cysteine proteases. The C. sordidus transcriptome represents an important contribution to understanding the biology of this insect pest and for the identification of potential target genes involved in protein digestion and many other metabolic pathways.

Materials and Methods

The experiments were carried out under a standard protocol in the lab and no specific permissions were required for these locations/activities. In addition, these study did not involve any endangered or protected species.

Insect dissection and of midgut RNA extraction

C. sordidus larvae were collected from corms obtained at a plantain field near Manizales, Colombia (1058 m, 5° ۴’ ۱۳٫۲” N, 75° ۴۱’ ۷٫۷” O). Collected larvae were inspected under a stereoscope and the fourth instar larvae were selected based on the size of the head capsule as described by [25] and then used for midgut dissection (Fig 1). Gut tissue was obtained by dissecting in DEPC-treated distilled water. The gut content and peritrophic matrix were removed and the washed midgut tissue was flash-frozen using liquid nitrogen and stored at -80°C. RNA extraction was performed using TRIzol reagent (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) following the manufacturer’s instructions. RNA was then purified using the RNeasy MinElute Cleanup Kit (Qiagen, Chatsworth, CA) after removing genomic DNA contamination using the TURBO DNA-free™ Kit (Ambion, Carlsbad, CA) according to manufacturer’s instructions.

 

 

 

دانلود رایگان مقاله انگلیسی + خرید ترجمه فارسی
عنوان فارسی مقاله:

توالی یابی به روش پایرو سکیوانسینگ ترانسکریپت روده سوسکچه های خرطوم دار موز حاکی از رونوشت های شبه پروتئاز چندگانه است

عنوان انگلیسی مقاله:

Pyrosequencing the Midgut Transcriptome of the Banana Weevil Cosmopolites sordidus (Germar) (Coleoptera: Curculionidae) Reveals Multiple Protease-Like Transcripts

 
 
 
 
 

 

 

ارسال دیدگاه

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *